사실과 다른세금계산서로 매입세액을 공제할 수 없는 세금계산서인지 여부(취소)

부가가치세법 제9조 제2항 및 동법시행령 제22조 에 규정한 중간지급조건 용역으로서 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때 쟁점세금계산서를 교부받았음이 확인되므로 쟁점세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제함이 타당함

1. 원처분 개요청구법인은 92.9.21 청구외 주식회사 OO종합건설(이하 “공사수급자”라 한다)과 서울특별시 서초구 OO동 OOOOO에 건물 1,053.80㎡(이하 “이 건 건물” 이라 한다)를 공사대금 605,000,000원(공급가액 550,000,000원, 부가가치세 55,000,000원)에 신축하기로 약정하였고 공사진척도에 따라 공사수급자에게 92.12.28 1차기성금(10%) 60,500,000원(부가가치세 포함), 93.1.19 2차기성금(10%) 60,500,000원, 93.3.17 3차기성금(18.18%) 110,000,000원, 93.5.10 4차기성금(14.5%) 88,000,000원을 지급하고, 지급할 때에 공사수급자로부터 각각 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받았다.처분청은 청구법인이 교부받은 쟁점세금계산서는 계약서에 약정한 시기에 교부받은 세금계산서가 아니므로 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 공제하지 아니하고 93.8.16 청구법인에게 92년 제2기분 부가가치세 6,050,000원을 결정고지하고, 93년 제1기분 부가가치세 468,340원을 환급결정 통지하였다.청구법인은 이에 불복하여 93.10.14 심사청구를 거쳐 93.12.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구법인 주장청구법인은 주식회사 OO종합건설과 공사도급계약을 체결하고 기성고금으로 4회에 걸쳐 공사대금을 지급하고 정당하게 세금계산서를 교부 받아 매출세액에서 매입세액을 공제하여 해당세액을 신고·납부하였음에도 불구하고, 처분청이 청구법인과 주식회사 OO종합건설이 92.9.21 작성한 “민간건설공사 표준도급계약서”에서 “기성부분급의 시기 및 방법”에 “1차기성 20%, 2차기성 30%, 3차기성 30%, 준공시 20% 지급”이라고 약정하고서도 실지로는 4회에 걸쳐 1차 10%, 2차 10%, 3차 18.18%, 4차 14.55%로 지급한 것은 당초의 약정한 시기에 지급한 것이 아니므로 공급시기가 사실과 다른 세금계산서라고 보아부가가치세법 제17조제2항을 적용하여 매출세액에서 매입세액을 공제하지 아니하고 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견청구법인이 교부받은 세금계산서를 보면,첫째, 1차기성부분급으로 20%에 해당하는 공급가액 110,000,000원을 92.12.28 공급가액 55,000,000원, 93.1.19 공급가액 55,000,000원으로 나누어 교부받고, 2차기성부분급으로 30%에 해당하는 공급가액 165,000,000원을 93.3.17 100,000,000원으로, 3차기성부분금으로 30%에 해당하는 공급가액 165,000,000원을 93.5.10 80,000,000원으로 교부받음으로서 계약서의 지급방법과 일치되지 않고 있으며,둘째, 공사수급자의 기성부분급 청구에 대한 청부법인의 기성확인 내용과 세금계산서 발행된 내용을 비교하여 보면 거래일자 및 공급가액이 상호일치되지 않고 있으며 대금지급에 대한 증빙(어음 등) 제시도 없으므로 실제로 공사대금 지급시 교부받은 세금계산서인지 의문시 되고,셋째, 이 건의 경우와 같이 계약서에 공사용역대금 지급방법을 기성횟수로 나누어 지급하고 각 기성확정시 마다 지급할 금액을 약정하였으면서도 그와 방법을 달리하여 세금계산서를 교부받았고, 또한 청구인과 공사수급자간에 당초 지급방법을 변경하는 수정계약서도 확인되지 않으므로 위 세금계산서는 용역의 공급시기에 교부받은 세금계산서가 아니므로 그 매입세액을 공제하지 아니한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서는 기성부분급에 관한 계약조건과 다르게 발행되어 사실과 다른 세금계산서로 매출세액에서 매입세액을 공제할 수 없는 세금계산서 인지에 다툼이 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제17조제2항 제1호에서 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있으며 재화나 용역의 거래시기를 규정하고 있는부가가치세법 제9조,동법시행령 제21조및 제22조를 종합하여 보면 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화, 시설물 또는 권리가 사용되는 때이고, 완성도기준지급, 중간지급, 연불 또는 기타조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 보도록 규정하고 있다.

다. 청구법인과 주식회사 OO종합건설이 92.9.21 작성한 “민간건설공사 표준도급계약서”를 보면공사도급 금액은 605,000,000원이고 1차기성시 20%, 2차기성시 30%, 3차기성시 30%, 준공후 20%를 지급하도록 약정되어 있고, 청구법인은 공사수급자에게 92.12.18 1차기성시 10%에 상당하는 60,500,000원, 93.1.19 2차기성시 10%에 상당하는 60,500,000원, 93.3.17 3차기성시 18.18%에 상당하는 110,000,000원, 93.5.10 4차기성시 14.5% 상당하는 88,000,000원, 93.7.12 준공급으로서 잔금 286,000,000원을 지급하고 지급시기 마다 해당세금계산서를 교부받았으며, 잔금의 공급시기에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없고, 다만 기성부분급을 지급하고 교부받은 세금계산서에 다툼이 있다.

라. 이 건 기성부분급 319,000,000원의 공급시기가 언제인지에 대하여처분청은 위 공사도급계약서의 기성부분급의 시기 및 방법에서 “1차기성시 20%, 2차기성시 30%, 3차기성시 30%, 준공후 20% 지급”으로 약정되어 있는 공급시기와 쟁점계산서의 발행일자가 일치하지 아니한다하여 사실과 다른 세금계산서로 보고 있으나, 동 도급계약서 제17조에서 기성부분급은 시공자가 도급자에게 기성부분검사를 청구하면 검사후 지급하도록 되어 있어 그 지급시기가 정하여지지 아니하고 기성급 청구한도는 약정된 범위 내에서 기성고를 검사한 부분에 상당하는 대가만 청구하도록 되어 있어, 이 건 기성 부분급 청구 및 지급과정을 보면 공사수급자가 청부법인에게 기성고 검사를 요청하면 청구법인은 감리용역회사인 청구외 OOOO(종합건축사무소)에 기성청구검토의뢰하고 청구법인은 그 검토결과 범위 내에서 기성고 결재 및 지급을 하였음이 공사수급자의 기성청구서, 위 건축사의 기성청구검토서 및 청구법인이 비치하고 있는 “기성청구에 대한 검토”사본에 의하여 확인된다.

마. 쟁점세금계산서에 기재된 공사금액이 실지로 지급되었는지에 대하여청구법인이 국세심판소에 심리자료로 제출한 동 공사대금지급시 사용된 약속어음(금융기관이 발행한 어음)증서(발행번호: OOOOOOOOOO～OOOOOOOOOO)와 동 어음이 결재된 사실이 가계종합 및 당좌거래명세장에 의하여 확인된다.위의 사실을 종합하면 청구법인은 기성부분급을 공사도급계약서에서 약정된 범위 내에서 기성검사된 부분에 대한 대가를 지급하고 지급시기마다 쟁점세금계산서를 교부받았으므로 이는부가가치세법 제9조제2항 및동법시행령 제22조에 규정한 중간지급조건 용역으로서 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때 쟁점세금계산서를 교부받았음이 확인되므로 쟁점세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제함이 타당하다 할 것이다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.