수용재결에서 정한 손실보상금액을 기준으로 한 부과처분이 정당한지 여부(기각)

대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에 해당되므로 소득세법상 양도차익의 산정을 위한 토지의 양도시기는 등기부상의 등기접수일이 되는 것임.

1. 처분개요

OOO는 성OOOOOOOOOOO에 편입된 OOO OOO OOO OOO OOOOO 소재 전 4,400㎡ 및 같은동 269-12 소재 대지 251㎡ 합계 4,651㎡ 중 4411.35/4663 지분(그 중 269-1 소재 토지 부분을 이하 “쟁점토지”이라 한다)에 대하여 2004.10.19. OOOOOOOOO의 수용재결을 거쳐 청구인의 수령거절을 이유로 위 재결에서 정한 손실보상금 3,988,817,230원을 2004.12.17. 공탁한 후 2004.10.21. 쟁점토지에 대하여 토지수용을 원인으로 하여 OOO 명의로 소유권이전등기를 경료하였다. 처분청은 위 소유권이전등기일을 양도시기로 하여 2006.3.2. 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 975,629,500원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.5.3. 이의신청을 거쳐 2006.11.27 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인이 OOOOOOOOO의 재결에서 정한 손실보상금액에 불복하여 위 양도소득세 부과처분 후 판결에 의하여 손실보상금액이 증액되었는 바, 당초 수용재결에서 정한 손실보상금액에 기초하여 한 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

(2) 쟁점토지가 수용되기 전에 주식회사 OOOO(이하 OOOOOO이라 한다)이 2001.12.24. 청구인으로부터 쟁점토지를 실질적으로 양수하였으므로 청구인은 그 이후에 수용된 쟁점토지의 양도인이 아니다.

(3) 쟁점토지의 소유권을 주장하는 OOOO이 청구인과 분쟁 끝에 위 손실보상금 중 25억원을 수령하였으므로 청구인이 실제로 수령한 손실보상금만을 양도가액으로 하여 청구인에게 양도소득세를 과세하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 토지 소유자가 수용재결에서 정한 손실보상금액을 다투며 그 수령을 거절해 사업시행자가 손실보상금를 공탁하고 토지수용을 원인으로 소유권이전등기를 하였는데 토지 소유자가 이에 불복하여 변경된 손실보상금을 수령하더라도 토지수용의 양도시기는 손실보상금증액이 확정되는 날과 소유권이전등기 접수일 중 빠른 날이 되는 것이다.

(2) OOO가 쟁점토지를 수용하면서 그 등기부상 소유자로 되어 있는 청구인을 피공탁자로 하여 손실보상금을 공탁하였으므로 청구인을 양도인으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 타당하다.

(3) OOOO이 청구인을 상대로 쟁점토지에 대한 소유권이전등기청구의 소를 제기하여 1심에서 승소하였음에도 등기를 한 후 손실보상금 전부를 수령하지 아니하고 청구인으로부터 손실보상금 중 25억원만을 수령하기로 청구인과 합의하고 청구인이 항소를 취하하였는바, 이는 OOOO과 청구인이 쟁점토지에 대한 매매계약을 합의해제하고 OOOO이 매매대금을 반환받은 것이라고 보이므로 위 25억원을 양도가액에서 제외하거나 필요경비로 공제할 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구인이 수용재결에서 정한 손실보상금액에 대하여 불복하여 손실보상금액이 증액되었으므로 수용재결에서 정한 손실보상금액을 기준으로 한 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다는 주장의 당부

(2) 청구인은 쟁점토지의 양도인이 아니라는 주장의 당부

(3) 쟁점토지에 대한 손실보상금 중 청구인이 실제로 수령한 금액만을 기준으로 양도소득세를 과세하여야 한다는 주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

(2) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

3. 삭 제 (2000. 12.

29)

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

(3) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(4) 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ①법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(5) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제40조 【보상금의 지급 또는 공탁】

① 사업시행자는 제38조 또는 제39조의 규정에 의한 사용의 경우를 제외하고는 수용 또는 사용의 개시일(토지수용위원회가 재결로서 결정한 수용 또는 사용을 개시하는 날을 말한다. 이하 같다)까지 관할 토지수용위원회가 재결한 보상금을 지급하여야 한다.

② 사업시행자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 수용 또는 사용의 개시일까지 수용 또는 사용하고자 하는 토지등의 소재지의 공탁소에 보상금을 공탁할 수 있다 .

1. 보상금을 받을 자가 그 수령을 거부 하거나 보상금을 수령할 수 없는 때

(6) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제85조【행정소송의 제기】 ①사업시행자·토지소유자 또는 관계인은 제34조의 규정에 의한 재결에 대하여 불복이 있는 때에는 재결서를 받은 날부터 60일 이내에, 이의신청을 거친 때에는 이의신청에 대한 재결서를 받은 날부터 30일 이내에 각각 행정소송을 제기할 수 있다. 이 경우 사업시행자는 행정소송을 제기하기 전에 제84조의 규정에 따라 증액된 보상금을 공탁하여야 하며, 보상금을 받을 자는 공탁된 보상금을 소송 종결시까지 수령할 수 없다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 명의의 쟁점토지가 OOO가 시행하는 택지개발사업지구에 편입되었는데 청구인이 OOO의 수용협의에 응하지 않으므로 OOOOOOOOO가 쟁점토지에 대하여 2004.10.19. 수용시기를 2004.12.7.로 하는 수용재결을 한 사실, OOO는 청구인이 위 재결에서 정한 손실보상금의 수령을 거절하자 2004.12.4. 위 재결에서 정한 손실보상금을 청구인을 피공탁자로 하여 법원에 공탁한 후 2004.12.21. 쟁점토지에 관하여 OOO 앞으로 토지수용을 원인으로 한 소유권이전등기를 한 사실, 이에 처분청은 쟁점토지의 수용으로 인한 양도에 대하여 위 소유권이전등기일을 양도시기로 하여 청구인에게 양도소득세를 결정고지한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구인은 위 수용재결에서 정한 손실보상금액에 불복하여 손실보상금액이 증액되었으므로 당초 수용재결에서 정한 손실보상금액에 기초하여 한 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다고 주장한다. (나) OOOOOO OOOOOOOOOO 판결문 및 OOO 홈페이지에서 제공하는 사건진행내역에 의하면, 청구인은 위 소유권이전등기일 이후인 2004.12.7. 쟁점토지에 대하여 수용재결에서 정한 손실보상금의 증액을 구하는 소송을 OOOOOO에 제기하여 OOOOOO 2006.2.8. 선고 OOOOOOOOOO호 판결 및 OOOO법원 2007.2.9. 선고 OOOOOOOOO호 판결을 거쳐 손실보상금액이 3,815,349,463원으로 증액되었고, 이에 이은 청구인의 상고가 2007.6.15. 기각되어 위 손실보상금액이 확정된 사실이 확인된다. (다) 소득세법 제98조 는 “자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다."고 규정하고, 그 위임에 따라 소득세법시행령 제162조 제1항은 “법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다."고 하면서 각 호에서 당해 자산의 대금을 청산한 날로 보지 아니하는 경우를 별도로 규정하고 있는바, 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석·적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이라고 할 것이므로(OOO OOOO.

6.

22. 선고 OOOOOO 판결 참조), 법률의 규정에 의한 소유권이전이 있는 경우에도 법률행위에 의한 소유권이전이 있는 경우와 마찬가지로 위 각 규정에 의하여 자산의 양도 및 취득시기를 정하여야 할 것이다. (라) 살피건대, 청구인이 쟁점토지에 대한 손실보상금의 수령을 거절하여 이를 공탁하고 소유권이전등기를 경료한 이 건은 소득세법 제98조 및 동법시행령 제162조 제1항 제2호의 “대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우”에 해당하므로 소득세법상 양도차익의 산정을 위한 쟁점토지의 양도시기는 등기부상의 등기접수일인 2004.12.21.이 된다(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO 판결 등 참조). 설사 수용된 토지에 대하여 소득세법상의 과세방법에 따라 양도소득세가 과세된 후 행정소송에 의하여 손실보상금이 증액되었다 하더라도 과세관청으로서는 증액된 손실보상금을 기초로 세액을 산출한 다음 여기에서 선행처분의 결정세액을 공제하는 이른바 증액경정의 방법으로 그 세액을 결정하여 과세하면 되고 선행과세 처분은 이에 흡수되는 것이지 선행과세 처분을 취소하고 새로운 과세처분을 하여야 하는 것은 아니다. (라) 따라서 소유권이전등기일을 양도시기로 하여 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세를 과세한 처분은 타당하다고 판단된다.

(4) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구인은 OOOO과 청구인간의 2000.8.11.자 합의에 따라 OOOO이 이 건 수용전인 2001.12.24. 청구인에게 합의금을 지급하고 매매예약완결의 의사표시를 하여 쟁점토지를 사실상 양수하였으므로 등기부의 기재와 상관없이 청구인은 이 건 수용으로 인한 쟁점토지의 양도인이 아니라고 주장한다. (나) OOOO법원 2003.10.21. 선고 OOOOOOOOOOOO 판결 및 관련 소송서류, OOOOOO OOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO 판결 및 관련 소송서류, OOOOOO OOOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOOO 판결 및 관련 서류 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (다) OOOO은 1999.7.9. 쟁점토지를 청구인으로부터 매수하는 계약을 체결한 후 청구인에게 그 매매대금을 지급하였음에도 청구인이 소유권이전등기절차에 협조하지 않아 추가로 2000.8.11. 위 토지에 대한 소유권이전등기절차에 협조하는 조건으로 청구인에게 6억원을 주기로 청구인과 합의한 후 2001.12.24. 청구인에게 위 합의금을 지급하면서 매매예약완결의 의사표시를 하였다고 주장하며 청구인을 상대로 OOOOOO OO지원에 위 토지에 대한 소유권이전등기를 구하는 소를 제기하여 승소하였다.

청구인은 위 민사재판 과정에서 OOOO이 법원에 위조된 매매계약서 등을 제출하였다며 OOOO의 부사장 OOO을 OOOO법원 OO지청에 사문서위조 등 혐의로 고발하여 OOO에 대하여 OOOO법원 OO지원에 사문서위조 등 혐의로 공소제기 되었으나, OOO은 OOOO이 청구인으로부터 위 토지 및 그 지상 건물을 매수하고 그 매매대금을 지급한 것은 사실이라며 일관되게 혐의사실을 부인하면서 그 근거로 위 토지가 농지인 관계로 위 토지에 대하여 OOOO 명의로 소유권이전등기를 하지 못하고 있었을 뿐 위 토지 지상의 건물에 대하여는 OOOO 명의로 소유권이전등기를 하여 이 건 수용시 건물등 위 토지 지상물에 대한 손실보상금을 OOOO이 수령하였을 뿐 아니라, 위 토지에 대한 2000년 내지 2002년 귀속 종합토지세를 부담한 것도 OOOO이었고, OOOO 명의로 소유권이전등기를 하기 위해 청구인으로부터 위 토지에 대한 사용승락을 얻어 토지형질변경허가신청을 하기도 하였다는 점에 대한 증거를 제출하여 결국 이에 대하여 무죄판결을 받았다.

(마) 살피건대, 부동산에 대한 소유권의 변동은 등기함으로써 그 효력이 생기므로 이건 수용 당시 쟁점토지가 청구인 명의로 등기되어 있었고, 청구인이 OOOO으로부터 쟁점토지에 대한 매매잔금을 정산받았는지 여부도 확인되지 아니하며, OOO가 쟁점토지에 대한 손실보상금을 청구인을 피공탁자로 하여 공탁한 이상 특별한 사정이 없는 한 토지수용으로 인하여 OOO에 쟁점토지를 양도하게 된 자는 쟁점토지의 등기부상 소유자인 청구인이라고 보아야 할 것이며, OOOO이 청구인으로부터 쟁점토지를 매수하여 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 구할 수 있는 자의 지위에서 쟁점토지를 인도 받아 사용하고 있었다는 점만으로는 이 건 토지수용으로 인하여 쟁점토지를 OOO에 양도하게 된 자가 등기부상 소유자인 청구인이 아니라고 할 수는 없다. (바) 따라서, 청구인에게 쟁점토지에 대한 양도소득세를 과세한 처분은 타당하다고 판단된다.

(5) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 청구인은 OOOO이 청구인을 상대로 쟁점토지에 대하여 소유권이전등기를 구하는 소를 제기하여 1심에서 승소한 후, 쟁점토지에 대한 손실보상금 중 25억원을 수령하는 조건으로 위 판결에 기한 권리를 포기하기로 하였으므로 청구인의 양도소득 산정 시 OOOO이 수령한 25억원을 공제하여야 한다고 주장한다. (나) OOOOOO OOOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOOOO 판결 및 관련 소송서류, 청구인과 OOOO이 2004.11.27. 작성한 약정서, 2004.11.30.자 채권양도통지서에 의하면, OOOO이 청구인을 상대로 쟁점토지에 대하여 소유권이전등기를 구하는 소를 제기하여 1심에서 승소하자, 청구인은 이에 항소하였다가 2004.11.27. 청구인이 OOOO에게 25억원을 지급하는 조건으로 OOOO은 위 판결에 기한 권리를 포기하고 청구인은 항소를 취하하기로 OOOO과 합의한 후, 2004.11.29. 위 항소를 취하하여 쟁점토지에 대한 위 재판이 종료되었으며, 2004.11.30. OO시장에게 쟁점토지와 관련하여 OO시장에 대하여 보유하고 있는 보상금청구권 중 25억 부분을 OOOO에 양도한다는 취지로 OO시장에게 채권양도통지도 한 것으로 나타난다.

(라) 살피건대, 쟁점토지에 대한 등기 명의자인 청구인을 이 건 수용으로 인한 양도에 있어서 양도인으로 본 이상 쟁점토지에 대한 손실보상금 전부를 양도가액으로 하여야 하며, 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 산정함에 있어 양도가액에서 공제하는 필요경비는 소득세법 제97조 및 같은법 시행령 제163조 에 열거된 항목에 한하는 것으로서, 당해 자산의 양도와 직접적인 관련 없이 그 이전에 발생한 채권채무관계로 인하여 지출하게 된 금액은 양도가액에서 공제되는 필요경비에 해당한다고 보기 어려우므로(OOO OO OOOOOOOOO, 2004.8.20. 참조) 결국 위 25억원을 양도가액에서 공제하여 달라는 취지의 이 부분 주장도 받아들이기 어렵다. (마) 따라서 쟁점토지에 대한 손실보상금 전부를 양도가액으로 하여 양도차익을 계산하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.