장기보유특별공제를 배제한 처분이 정당한지 여부(기각)

쟁점토지는 유휴토지이므로 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세를 과세한 처분은 정당

1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 은평구 OO동 OOOOOOO 소재 전 202㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 77.1.1(의제취득일) 취득하여 92.1.27 양도하고 양도소득세를 예정신고납부하였다. 처분청은 쟁점토지가 양도일 현재 나대지에 해당된다고 하여 양도소득세계산에서 장기보유특별공제를 배제하고 93.1.16 청구인의 92년 양도소득세 16,991,790원을 부과하였다. 청구인들은 이에 불복하여 93.1.28 심사청구를 거쳐 93.4.23 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구인은 쟁점토지 위에 건축물을 건축할 목적으로 서울특별시 은평구청에 토지형질변경행위 신청서를 제출하였으나 도시기반 미비로 반려되었으므로 이는 관련법규에 의거 불가피한 건축제한에 해당되어 유휴토지로 볼 수 없기 때문에 양도소득세를 계산할 때의 장기보유특별공제를 하여야 한다는 주장이다.

나. 국세청장은 쟁점토지는 나대지로서 서울특별시 은평구청장의 90.9.19 토지형질변경행위 허가신청서의 반려공문에 의하면 도시기반(진입도로 미확보, 상하수도 미설치)이 미비하여 반려한다고 되어 있는 바, 이것은 법령의 규정으로 인한 사용이 금지되거나 부득이한 사유에 해당되지 아니하여 청구인주장이 이유없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 소득세법 제23조 제2항 제2호 및 같은법시행령 제46조의 3 에서는 “양도소득금액계산시 그 자산의 보유기간이 5년이상인 것에 대하여는 양도차익에서 “장기보유특별공제액”을 공제하도록 하되 나대지는 제외하나 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조 의 규정에 의한 유휴토지등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니한다”라고 규정하고, 토지초과이득세법 제8조 제3항 및 같은법시행령 제23조 제1호에서는 “토지의 취득후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지로 유휴토지등에 해당하게 된 토지는 그 사용이 금지 또는 제한된 날부터 3년간은 이를 유휴토지등으로 보지 아니한다”라고 규정하고 있다.

나. 쟁점토지는 전 202㎡로서 청구인이 64.8.8(의제취득일 77.1.1)취득하여 92.1.27 양도하여 10년이상 보유한 사실은 토지대장 및 처분청의 전산자료에 의하여 확인되나, 청구인이 법령상 규정에 의하여 건축행위를 제한받고 있다는 것으로 제시한 서울특별시 은평구청장의 토지형질변경(건축물의 건축목적)행위 허가신청서 반려공문(은평구 도정 30310-1035, 90.9.19)에 의하면 쟁점토지는 도시기반시설이 미비(진입도로 미확보, 상하수도 미설치)하여 서울특별시 토지의 형질변경등 행위허가 사무취급요령 제5조 제2항 제1호의 규정에 의하여 허가할 수 없다는 것으로 이러한 경우는 토지초과이득세법 제8조 제3항 및 같은법시행령 제23조 제1호에서 규정하는 “법령의 규정에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 경우”에 해당되지 아니한다 할 것이다.(국세청 재이 012540-2373, 91.8.12 및 재이 01254-2673, 91.8.30 참조) 따라서 쟁점토지는 소득세법시행령 제46조의3 단서규정에 의한 유휴토지등에 해당하지 아니하는 토지로 볼 수 없다 할 것이고, 처분청이 장기보유특별공제를 배제하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.