부가가치세법상 면세사업에서 과세사업으로 전환한 경우, 과세사업전환후의 6월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위에서 재고납부세액이 공제되어야 하는지 여부(기각)

처분청이 청구법인의 사업중 면세사업에서 과세사업으로의 전환 당시의 재고품에 대한 매입세액상당액중 그 후 6월간의 거래분에 대한 납부세액의 범위에서 공제하고 나머지를 공제하지 아니한 처분에는 잘못이 없음

1. 처분개요

가.부가가치세법 제12조제1항 제17호 및동법시행령 제38조제2항이 93.12.31 개정되어 청구법인이 영위하는 소매업이 94.7.1 면세사업에서 과세사업으로 전환되었다.청구법인은 94.10.25 부가가치세 94년 제2기분 예정신고를 하면서 과세사업으로의 전환당시의 소매업의 재고자산에 대한 매입세액상당액 5,592,200원을 매출세액에서 공제하여 산출한 환급세액 6,505,009원을 처분청에 신고하였다.

나. 청구법인은 94년 제2기 확정신고분 부가가치세를 95.1.25 신고하면서 과세사업으로의 전환당시의 소매업의 재고자산에 대한 매입세액을 매출세액에 공제하지 아니한 것으로한 납부세액 1,778,248원을 처분청에 신고하였다.

다. 청구법인은 94년 제2기분 부가가치세 수정신고를 95.7.25 처분청에 하면서 과세사업으로 전환시의 전시 재고매입세액 5,592,200원이 포함된 94년 제2기 예정신고시의 환급세액 6,505,000원에서 동 확정신고시의 납부세액 1,778,248원을 차감한 나머지 4,OOO,769원이 환급세액이라는 수정신고를 하였다.

라. 청구법인의 위와 같은 수정신고에 대하여 처분청이 환급을 하지 아니하자 청구법인은 이에 불복하여 95.9.3 심사 청구를 거쳐 95.12.21 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장청구법인은 농업협동조합법에 의거 설립된 법인으로서 부가가치세가 면세되고 있었으나 94.7.1부터 면세사업에서 과세사업으로 전환됨에 따라 부가가치세법 시행규칙 부칙 제6조 제1항에서 의거 재고품을 신고한 후 94년 제2기 부가가치세 예정신고시 재고매입세액 5,592,200원을 포함한 환급세액 6,505,000원을 신고한 후 94년 제2기 확정신고시 1,778,248원을 공제하고 94년 제2기 수정신고시 미환급세액 4,OOO,760원을 신고한 바 처분청은 매입세액 4,OOO,760원을 청구법인에게 환급하지 않고 있다.청구법인은 미환급된 재고매입세액 4,OOO,760원은 청구법인의 사업과 관련한 재화에 대한 매입세액으로 매출세액을 초과하는 매입세액으로서 환급받을 세액이므로 부가가치세법 시행규칙 부칙 제6조 제2항에 매출세액을 초과하는 재고매입세액은 없는 것으로 한다는 명문규정을 두고 있지 아니하므로 쟁점재고매입세액은 환급되어야 한다.

3. 국세청장의견재정경제원 소비 46015-35호(95.2.7)에 의하면 “농업협동조합법, 축산업협동조합법, 수산업협동조합법에 의하여 설립된 조합 및 중앙회와 공무원연금관리공단이 부가가치세법 시행규칙「별표5」의 규정에 의하여 94.7.1부터 면세사업에서 과세사업으로 전환되거나 과세사업이 추가되는 경우 재무부령 제1957호 부칙 제6조의 규정에 의하여 94.7.1 현재 당해 과세사업과 관련하여 취득한 상품등 재고품(세금계산서 수취분에 한한다)에 대한 매입세액은 94.7.1 이후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액 범위내에서 공제한다는 것”이라고 규정하는 바,처분청이 위에서 언급한 법 규정에 재고매입세액을 청구법인의 6개월간의 납부할 세액 범위내에서 공제하고 나머지 재고매입세액 4,OOO,760원을 환급하지 않은 당초처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점이 건은 부가가치세법상 면세사업에서 과세사업으로 전환한 경우, 과세사업전환후의 6월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위에서 재고납부세액이 공제되어야 하는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령부가가치세법 제17조제1항 본문에서 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다고 규정하면서 그 단서에서 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급세액으로 한다고 규정하고 있으며,동법시행규칙 제11조의 5및 별표 5의 제5호에서 정부대행업체의 단체명을 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회로 규정하면서 면세사업의 범위를농업협동조합법 제58조, 제125조 및 제153조에 규정된 사업. 단, 식품가동사업과 서울특별시·직할시 및 시지역에서 소매업을 영위하는 경우를 제외한다고 규정하고 있다.한편 부가가치세법 시행규칙 부칙(재무부령 제1957호, 93.12.31 개정) 제1조 제1항 단서에서 동 규칙 제11조의 5의 개정규정은 1994년 7월 1일부터 시행한다고 규정하고 있고, 제6조 제1항에서 동규칙 제11조의 5 제1항의 규정에 의한 별표 5중 제5호·제6호·제15호·제16호 및 제19호의 면세사업의 범위란의 개정규정에 의하여 면세사업자에서 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자로서 이 규칙 시행일 현재 당해 사업과 관련하여 취득한 상품 등 재고품(세금계산서 수수분에 한한다)에 대한 매입세액을 공제받고자 하는 자는 1994년 7월 25일까지 소관세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있으며, 제2항에서 제1항의 규정에 의한 사업자가 신고한 재고품에 대하여는 법 제17조 제1항의 규정에 의한 매입세액을 안분하여 이 규칙 시행후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다고 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단지금까지 농·임·수·축협 및 공무원연금관리공단의 소매사업에 대하여는 부가가치세를 면제하여 왔으나 사경제부분과의 경합등으로 94.7.1부터 부가가치세를 과세하도록 하였는 바, 재고매입세액 공제도 당해 면세사업과 관련된 재고재화에 대하여 부가가치세를 기부담한 부분만큼 공제하겠다는 것이나 과세사업으로의 전환 후 6월간의 거래에 대한 납부세액에서 공제하고 이를 초과한 재고품매입세액은 공제하지 않겠다는 것이 위 법령규정의 취지로 해석된다. (재정경제원 소비 46015-35, 95.2.7 같은뜻임)그러하다면 처분청이 청구법인의 사업중 면세사업에서 과세사업으로의 전환 당시의 재고품에 대한 매입세액상당액중 그 후 6월간의 거래분에 대한 납부세액의 범위에서 공제하고 나머지를 공제하지 아니한 처분에는 잘못이 없다.

라. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.