개발비가「조세특례제한법상 연구 및 인력개발비에 대한 법인세액공제 대상인지 여부 (취소)

쟁점개발비가 발생한 사업연도의 직전 4년간 연구 및 인력개발비가 전혀 발생하지 아니한 경우는 산식을 그대로 적용하여 연평균발생액을 계산하여야 하고 결과 연평균발생액은 0원이 되므로 사업연도에 최초로 발생한 청구법인의 쟁점개발비 전부를 연평균발생액을 초과하는 금액으로 인정하는 것이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.7.1. 플라스틱 컴파운드 제조업을 영위하는 중소기업으로 설립된 후, 2006.3.10.「기술개발촉진법」에 의하여 한국산업기술진흥협회장에게 기업부설연구소의 설립을 신고하였고,2006.1.1.～2006. 12.31.사업연도(이하 “2006사업연도”라 한다)에 대한 법인세 신고시 당해 연도에 발생한 연구 및 인력개발비 100,538,333원(이하 “쟁점개발비”라 한다)에 대하여 구「조세특례제한법」(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) 제1항 제2호의 규정에 따라 쟁점개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액15,080,749원을 법인세액에서 공제하였다가, 2009.12.15. 처분청에 같은 조항 제1호의 규정을 근거로 연평균발생액을 초과하여 발생한 연구 및 인력개발비의 100분의 50에 상당하는 50,269,166원을 세액공제액으로 재계산하여 기납부세액 중 35,188,410원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 청구법인의 쟁점개발비가 2006사업연도에 최초로 발생한 바, 연구 및 인력개발비가 최초로 발생한 사업연도는 2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된「조세특례제한법」제10조 제1항 제1호 가목에서 규정하는 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방식을 적용받을 수 없다는 이유로 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.30. 이의신청을 거쳐 2010.8.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

중소기업인 청구법인이 2006사업연도에 발생한 쟁점개발비에 대한 법인세액 공제를 적용받기 위해서는 구「조세특례제한법」(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항 및 같은 법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제9조 제3항에 따라, 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과한 금액의 50%와 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비의 15% 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있는바,위 시행령 제9조 제3항의 “최초 과세연도개시일”이라 함은「법인세법」의 사업연도 개시일의 규정[같은 법 시행령 제3조(사업연도의 개시일)]에 따라 실제 사업개시일을 의미하는 것으로서, 청구법인이2000.7.1. 사업을 개시하였고, 쟁점개발비는 2006사업연도에 발생한 바, 청구법인의 쟁점개발비와 관련하여서는 위 제3항 후단의 환산규정이 적용될 여지가 없는 점, 구「조세특례제한법」(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제10조의 입법취지가 연구 및 인력개발비 투자에 대하여 납세의무자에게 세액공제의 혜택을 주기 위한 것인 점, 같은 법 제10조 제1항 제1호 및 위 제3항에서 규정하는 바, 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 직전 4년간 지출되지 아니한 경우에는 연평균발생액을 “0”으로 보고, 당해 과세연도에 지출된 금액(쟁점개발비 100,538,333원)을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 금액으로 보아 법인세액에서 공제하여야 할 금액을 계산하는 것이 타당하므로, 당초 법인세 신고내용과는 달리 위 제10조 제1항 제1호의 규정에 따라 연평균발생액을 초과하여 발생한 연구 및 인력개발비의 100분의 50에 상당하는

50,269,166원을 2006사업연도 법인세액에서 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 연구·인력개발비 세액공제를 적용함에 있어서 구「조세특례제한법」제10조 제1항 제1호에 따라 4년간 발생한 동 개발비의 연평균발생액 계산시 발생금액이 없는 연도는 동 개발비를 “0”원으로 계산하는 것이 보편타당하다고 주장하나, 같은 조 제2항으로부터 위임된 같은 법 시행령 제9조 제3항에서 그 연평균발생액의 계산방식을 구체적으로 규정하고 있는 바, 청구법인과 같이 2006사업연도에 최초로 발생한 연구 및 인력개발비의 경우에는 초과발생액의 비교가 되는 연평균발생액 자체가 없어, 청구법인이 당초 같은 법 같은 조항 제2호에 따라 쟁점개발비의 100분의 15에 상당하는 15,080,749원을 법인세 공제액으로 하여 법인세를 신고한 것이 정당하므로 이 건 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점2006사업연도에 발생한 쟁점개발비가「조세특례제한법」제10조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제9조 제3항의 연구 및 인력개발비에 대한 법인세액공제 대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인(소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.1.당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의100분의 40(중소기업의 경우에는100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

② 제1항 제1호의 규정에 의한4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것)제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것)제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

③ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다.당해 과세연도개시일부터소급하여 4년간 발생한 연구및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수────────────── × ───────────4 12

(4) 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된것)제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

④ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다.당해 과세연도개시일부터소급하여 4년간 발생한 연구및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수────────────── × ───────────4 12

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2000.7.1. 플라스틱 컴파운드 제조업을 영위하는 중소기업으로 설립된 후, 2006.3.10.「기술개발촉진법」에 의하여 한국산업기술진흥협회장에게 기업부설연구소의 설립을 신고하였고, 2006사업연도에최초로 연구 및 인력개발비로 100,538,333원의 쟁점금액이 발생한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청이 이를 다투지 아니한다.

(2)「조세특례제한법」(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항은 내국인(소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다) 중 중소기업의 경우 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액(제1호) 또는 당해 과세연도에 지출한 연구 및 인력개발비의 100분의 15(제2호)에 상당하는 금액을 선택하여 당해 과세연도의 법인세액공제를 적용받을 수 있도록 규정하고 있으며, 같은 조 제2항은 제1항 제1호의 규정에 의한 연평균발생액의 계산에 관하여 같은 법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제9조 제3항에 위임하였고, 동 시행령 제9조 제3항은 연평균발생액을 계산하는 산식을 규정하면서, 같은 항 후단에 “당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다”고 규정하고 있으며, 위 제9조 제3항의 “최초 과세연도개시일”은「법인세법」의 사업연도의 개시일의 규정을 준용하는 바, 같은 법 시행령 제3조(사업연도의 개시일) 제1항 제1호는 내국법인의 최초 사업연도 개시일을 내국법인의 경우에는 설립등기일로 규정하고 있다.

(3) 청구법인은 2006사업연도에 최초로 발생한 연구 및 인력개발비, 즉 쟁점개발비가 당해 과세연도 법인세액에서 공제되는 금액인지 여부에 대하여 당초 법인세 신고시 구「조세특례제한법」제10조 제1항 제2호에 따라 쟁점개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 15,080,749원을 당해 과세연도의 법인세액에서 공제하는 것으로 하여 신고하였다가, 위 제10조 제1항 제1호에 따라 공제금액을 쟁점개발비의 100분의 50에 상당하는 50,269,166원으로 재계산하여 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

(4) 처분청은 심판청구에 대한 답변서 및 심판사건분석표에서 이 건 처분근거로 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된「조세특례제한법 시행령」제9조 제4항을 들고, 연평균발생액을 계산함에 있어서 연구 및 인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비가 없는 경우에는 연평균발생액을 기준으로 한 세액공제를 받을 수 없으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분이 정당하다는 의견인 바, 동 조항의 후단은 개정전 규정(당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터)과는 달리 동 조항 중 ‘48월’의 개시일을 “당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터”라고 규정하고 있어, 연구 및 인력개발비의 연평균발생의 계산시점이 “최초 과세연도개시일”에서 “연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일”로 개정되었으며, 동 개정 시행령의 시행일에 대해서는 개정 부칙(2007.2.28. 대통령령 제19888호) 제1조에서 “공포한 날부터 시행한다”고 규정하는 것 외에 별도의 소급적용의 근거를 두지는 아니하였으나, 이 건은 2006사업연도에 최초로 발생한 분에 대한 다툼인 바, 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전 동 시행령의 규정을 적용받는다.

(5)「조세특례제한법」및 같은 법 시행령에서 규정하는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제제도의 취지는내국인이 각 과세연도에 연구 및 인력개발비가 발생한 경우 일정액을 세액공제함으로써 기업의 연구 및 인력개발을 촉진하여 기업이 기술을 축적하고 우수한 인력의 확보를 용이하게 함으로써 기업의 대외경쟁력을 향상시키고 성장잠재력을 확충하기 위함에 있으며, 대부분의 세액공제가 일정조건에 대한 설비투자액에 대한 공제제도인 데 비하여 이는 비용에 대한 세액공제로서 기술개발비용 발생액에 대한 위험부담을 특별히 경감시켜 주고자 하는 데 있다고 할 것이다.

(6) 살피건대, 쟁점개발비가 발생한 사업연도는 2006년도이고 당시 「조세특례제한법」제10조 제1항(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)과 같은 법 시행령 제9조 제3항(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것)이 연구 및 인력개발비가 최초로 발생한 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 직전 4년간 연구 및 인력개발비가 지출되지 아니한 경우를 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상에서 배제하지 않고 있는 점과 연구 및 인력개발비 세액공제 제도의 취지 등에 비추어, 쟁점개발비가 발생한 2006사업연도의 직전 4년간 연구 및 인력개발비가 전혀 발생하지 아니한 이 건의 경우는 같은 시행령 제9조 제3항 전단에 따라 동 항에서 규정하는 산식을 그대로 적용하여 연평균발생액을 계산하여야 하는 바, 그 결과 연평균발생액은 “0원”이 되므로 같은 법 제10조 제1항 제1호에 따라 2006사업연도에 최초로 발생한 청구법인의 쟁점개발비 전부를 연평균발생액(“0원”)을 초과하는 금액으로 인정하는것이 타당하다 할 것이어서, 처분청이 청구법인이 한 경정청구를 거부한 처분은잘못이 있는 것으로 판단된다OOO.

4. 결론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의에서 심리한 결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.