5년 이상 사업을 계속 영위하지 아니 하였다 하여 구조세감면규제법 제40조의 6 의 주주 등의 자산양도에 따른 양도소득세 감면규정을 배제한 처분의 당부(기각)

청구인은 1998. 12. 28 개정된 조세특례제한법 부칙 제6조 제3항의 규정을 내세워 「주주 등이 속한 법인」의 사업기간에 관한 요건으로 1998. 12. 31 개정된 같은법시행령 제37조 제1항 「3년 이상 계속 사업을 영위한 법인」의 규정을 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 같은법시행령 제37조 제1항은 그 시행령 부칙 제1조 및 제2조에서 1999. 1. 1 최초로 양도하는 분부터 적용토록 하고 있어 1998. 12. 3 양도된 쟁점부동산에 대하여는 적용할 수 없는 바, 청구외법인의 등기부 등에 의하면, 청구외법인은 1994. 1. 6 설립되어 1994. 1. 12 사업이 개시되었으므로 쟁점부동산의 양도일까지는 5년 이상 되지 아니하는 것으로 확인되므로 1998. 12. 28 개정되기 전의 구조세감면규제법 제40조의 6 제1항의 규정을 적용하여 감면신청을 배제하여 과세한 이건 부과처분은 정당함.

1. 처분 개요

청구인이 경상북도 ○○군 ○○면 ○○동 XXX-XX번지외 2필지 토지 2,301.3㎡(소유지분은 1,117.603/2,301.300이며, 이하 “쟁점부동산”이라고 한다)를 1998. 11. 25 청구외

○○○○

공사에 양도한 후 그 양도대금 364,608,000원을 청구인이 주주로 있는 청구외

□

□

□

□

□주식회사(이하 “청구외법인”이라고 한다)에게 증여하고, 청구외법인은 청구인으로부터 증여받은 돈으로 1998. 12. 10까지 금융기관에 대한 부채를 상환하였다.청구인이 쟁점부동산 양도와 관련한 양도소득세 확정신고시 구조세감면규제법(1998. 12. 28 법률 제5584호로 개정되기 전의 것으로 이하 “구조감법”이라 한다) 제40조의 6 【주주 등의 자산양도에 따른 양도소득세 감면】의 규정에 의거 세액면제신고를 한 데 대하여 처분청은 청구외법인이 5년 이상 사업을 계속 영위하지 아니하였다 하여 위 감면규정을 적용하지 아니하고 2001. 4. 17 청구인에게 1998년 귀속분 양도소득세 116,921,510원을 결정고지하였다.청구인은 이에 불복하여 2001. 7. 13 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점부동산을

○○○○

공사에 양도하고 양도대금전액을 청구인이 주주로 있는 청구외법인에 증여하였으며 청구외법인은 증여받은 돈으로 법인의 금융부채를 즉시 변제한 후구조세감면규제법제40조의 6의 규정에 의거 양도소득세 감면신청을 하였는데, 처분청은 수증법인인 청구외법인이 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 법인에 해당하지 아니한다 하여 양도소득세 감면신청을 배제하고 이건 양도소득세를 과세하였는 바,1998. 12. 28 법률 제5584호로 개정된 조세특례제한법(이하 “신법”이라 한다) 제40조 제1항 및동법시행령 제37조제1항에서 수증법인이 당해 부동산양도일까지 계속하여 3년 이상 사업을 한 법인이면 양도소득세 감면요건에 해당되는 것으로 규정하고 있고, 동법 부칙(제6조 제3항)에서 위 개정조항을 1998. 2. 24 이후 최초로 양도한 것부터 적용토록 규정하고 있으므로 청구외법인이 쟁점부동산 양도일로부터 계속하여 3년 이상 사업을 영위하였다는 사실과 쟁점부동산을 1998. 11. 25 양도한 사실에 다툼이 없는 이건의 경우 신법 규정에 의거 양도소득세를 감면하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 신법 부칙 제6조 제3항의 규정에 의거 1998. 2. 24 이후 최초로 양도하는 것부터는 당해 법인이 양도시점 현재 3년만 계속하여 사업을 영위한 법인이면 된다고 주장하나 신법 부칙 제6조 제3항의 적용부분은 제40조 제1항의 본문내용이 아니고 제40조 제1항 제1호와 제2호 부분만을 적용하는 것이고, 제40조 제1항의 대통령령이 정하는 법인은 시행령 제37조 제1항에 위임하였는 바, 대통령령 제15976호 부칙 제2조 제2항에 양도소득세, 특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행(1999. 1. 1)후 최초로 양도하는 분부터 적용한다라고 규정되어 있으므로 1998. 11. 25 양도된 쟁점부동산에 대하여구조세감면규제법제40조의 6제1항을 적용하여 청구인의 양도소득세 감면신청을 배제하고 이건 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점이건 심판청구는 쟁점부동산의 양도에 대하여 「주주 등의 자산양도에 따른 양도소득세의 감면」 요건 중의 하나인 수증받은 법인의 사업기간이 “5년 이상”에서 “3년 이상”으로 개정된신법 제40조제1항 및 같은법시행령(1998. 12. 31 개정된 시행령임) 제37조 제1항의 규정을 적용할 수 있는지의 여부에 그 다툼이 있다.

나. 관련법령

구조세감면규제법제40조의 6【주주 등의 자산양도에 따른 양도소득세의 감면】 제1항에서 「제40조의 4 제1항 제1호의 사업을 5년 이상 계속하여 영위한 법인으로서 대통령령이 정하는 법인의 주주 등(이하 “이 절에서 주주 등”이라 한다)이 소유하는 자산(1997. 12. 31 이전에 취득한 것으로서 부동산, 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식ㆍ출자지분 기타 대통령령이 정하는 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)을 1999. 12. 31 이전에 양도하고 그 양도대금을 당해 법인에게 증여하는 경우로서 다음각호의 요건을 갖춘 경우에는 그 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도대금 중 증여금액(주주 등의 주식보유비율 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)에 상당하는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 당해 법인이 다음 각목의 구분에 따라 재무구조개선계획 또는 자구계획의 승인(승인된 내용에 대한 변경승인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 얻을 것가. 금융기관이 아닌 법인의 경우 : 대통령령이 정하는 금융기관부채(이하 “금융기관부채”라 한다)를 상환하기 위하여 주주 등의 자산의 양도, 그 양도대금의 증여내용 및 금융기관부채 상환계획 등이 포함된 재무구조개선계획을 금융기관협의회에 제출하여 승인을 얻을 것나. (생 략)

2. 제1호의 규정에 의하여 승인을 받은 재무구조개선계획 또는 자구계획에 따라 주주 등이 자산을 양도하고 그 양도한 날(장기할부조건의 경우에는 대통령령이 정하는 날)부터 대통령령이 정하는 기한내에 자산의 양도대금을 당해 법인에게 증여할 것

3. (생 략)」이라고 규정하고 있다.한편 1998. 12. 28 법률 제5584호로 개정된신법 제40조【주주 등의 자산양도에 따른 양도소득세의 감면】 제1항에서 「대통령령이 정하는 법인의 주주 등(이하 “이 절에서 주주 등”이라 한다)이 소유하는 자산(1997. 12. 31 이전에 취득한 것으로서 부동산 및 주식ㆍ출자지분 기타 대통령령이 정하는 것에 한한다. 이 하 이 조에서 같다)을 1999. 12. 31 이전에 양도하고 그 양도대금을 당해 법인에게 증여하는 경우로서 다음 각호의 요건을 갖춘 경우에는 그 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도대금 중 증여금액(주주 등의 주식보유비율 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)에 상당하는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 당해 법인(중소사업자를 제외한다)이 다음 각목의 구분에 따라 재무구조개선계획 또는 자구계획의 승인(승인된 내용에 대한 변경승인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 얻을 것가. 금융기관이 아닌 법인의 경우 : 금융기관부채를 상환하기 위하여 주주 등의 자산의 양도, 그 양도대금의 증여내용 및 금융기관부채 상환계획 등이 포함된 재무구조개선계획을 금융기관협의회에 제출하여 승인을 얻을 것나. (생 략)

2. 주주 등이 자산을 양도하고 그 양도한 날(장기할부조건의 경우에는 대통령령이 정하는 날)부터 대통령령이 정하는 기한내에 자산의 양도대금을 당해 법인에게 증여할 것. 다만, 당해 법인이 중소사업자가 아닌 경우에는 제1호의 규정에 의하여 승인을 얻은 재무구조개선계획 또는 자구계획에 따른 경우에 한한다.

3. (생 략)」이라고 규정하고 있고,같은법 부칙 제1조【시행일】에서는 「이 법은 1999. 1. 1부터 시행한다. 다만, 제38조ㆍ제39조 및 제45조 내지 제48조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다」고 규정하고 있으며,같은 부칙 제2조【일반적 적용례】 제2항에서 「이 법 중 양도소득세와 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다」고 규정하고 있고,같은 부칙 제6조【기업의 재무구조개선 등을 위한 양도소득세의 면제 등에 관한 적용례】 제1항에서 「제36조 제2항 제1호ㆍ제37조 제2항 제1호ㆍ제40조 제1항 제3호 및 제41조 제1항 제3호의 개정규정은 이 법 시행일전에 부동산을 양도하거나 증여받고 이 법 시행일까지 금융기관부채의 상환기한이 도래하지 아니한 분부터 적용한다」고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서는 「제40조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제41조 제1항 제2호와 동조 제4항의 개정규정은 1998. 2. 24 이후 최초로 양도하거나 증여받는 분부터 적용한다」고 규정하고 있다.1998. 12. 31 대통령령 제15976호로 개정된신법시행령 제37조【주주 등의 자산양도에 따른 양도소득세의 감면】 제1항에서 「법 제40조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 법인”라 함은 부동산양도일까지 계속하여 3년 이상 제34조 제1항 제1호 각목의 1에 해당하는 사업(당해 사업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 사업별 수입금액 중 당해 사업의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 내국법인을 말한다. 다만, 다음 각호에 모두 해당하는 법인을 제외한다. (각호 생략)」고 규정하고 있고,동 시행령 부칙 제1조【시행일】에서 「이 영은 1999. 1. 1부터 시행한다.

다만, 제25조 제1항 제8호ㆍ제2항 제11호, 제35조, 제36조, 제42조 내지 제44조와 제46조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다」고 규정하고 있고,같은 부칙 제2조【일반적 적용례】 제2항에서는 「이 영 중 양도소득세ㆍ특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다」고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구외법인은 1994. 1. 12부터 사업을 개시하여 청구인이 쟁점부동산을 양도할 때(1999. 11. 25)까지 사업영위기간이 약 4년10개월 정도가 되어구조세감면규제법제40조의 6제1항 본문에서 규정하고 있는 “사업을 5년 이상 계속하여 영위한 법인”에는 해당되지 아니하지만,신법시행령 제37조제1항 본문의 규정에 의한 “부동산양도일까지 계속하여 3년 이상 사업을 영위하는 내국법인”에는 해당된다는 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(2) 앞의 관련법령에서 살펴본 바와 같이 주주 등의 자산양도에 따른 양도소득세의 감면과 관련하여 수증법인의 사업영위기간에 대한 요건을구조세감면규제법제40조의 6제1항에서 “… 사업을 5년 이상 계속하여 영위한 법인으로서 …”로 규정하고 있다가 동 조항이 1999. 12. 28신법 제40조제1항으로 개정되면서 동 조항 본문에서 “대통령령이 정하는 법인…”으로 규정하여 수증법인의 사업영위기간 요건을 시행령에 위임함에 따라 신법시행령(1998. 12. 31 개정된 것임) 제37조 제1항에서 “…‘대통령령이 정하는 법인’이라 함은 부동산양도일까지 계속하여 3년 이상 … 사업을 영위한 법인…”으로 규정하면서 그 시행시기를 시행령 부칙 제1조 및 제2조에서 1999. 1. 1 최초로 양도하는 분부터 적용토록 하고 있다.

살피건대, 청구인은 1998. 12. 28 개정된 신법 부칙 제6조 제3항의 규정을 내세워 이건 수증법인인 청구외법인이 쟁점부동산 양도당시 1998. 12. 31 개정된신법시행령 제37조제1항에서 정한 「3년 이상 계속 사업을 영위한 법인」에 해당되므로 쟁점부동산 양도와 관련된 양도소득세를 감면하여야 한다는 주장이나, 신법 부칙 제6조 제3항은같은법 제40조제1항 본문의 적용시기를 정한 것이 아니라 같은조 같은항 제1호 또는 제2호에서 규정된 부분만 소급적용하도록 규정한 것으로 보아야 할 것이고, 법 개정시구조세감면규제법제40조의 6제1항 본문의 수증법인의 사업기간에 관한 규정은신법 제40조제1항 본문에서 시행령에 위임토록 규정하였으며 모법의 위임을 받아 수증법인의 사업기간을 3년 이상으로 규정한신법시행령 제37조제1항은 동시행령 부칙 제1조 및 제2조의 규정에 의거 1999. 1. 1 이후 최초로 양도하는 분부터 적용토록 되어 있으므로 1998. 11. 25 양도된 쟁점부동산의 경우 신법 부칙 제6조 제3항의 적용대상이 될 수 없다 하겠다. 사실이 이러하다면 청구외법인이 쟁점부동산의 양도일까지 5년 이상 계속하여 사업을 영위하지 아니하였다는 사실에 다툼이 없는 이건의 경우구조세감면규제법제40조의 6제1항의 규정을 적용하여 감면신청을 배제하고 이건 양도소득세를 과세한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 결 론이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.