종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1997.2.6. 취득한 서울특별시OOO(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 서울특별시 OOO OOO OOO OOOOOOOO OOO-OOOO (2001.12.21. 사용승인, 이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하였으며, 2006.6.12. 신축주택을 이OOO에게 OOO원에 양도하고 양도소득세 산출세액 OOO 원에 대하여 「조세특례제한법」제99조의3 (신축주택의 취득자에 대 한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 2006년 귀속 양도소득 전액을 감면신고하였다.

나. 처분청은 「조세특례제한법」제99조의3 규정을 적용함에 있어 종전주택의 취득일로 부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상소득이 아니라고 보아 당초 감면소득금액에서 차감하여 2012.5.29. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.5. 이의신청을 거쳐 2012.10.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」제99조의3 제1항은 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있으므로 취득일로부터 5년 이내 양도한 이 건 신축주택의 경우 양도소득세 100% 감면대상임에도, 처분청이 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항 산식의 분모와 분자에 동일하게 규정된 취득당시의 기준시가를 세법상 근거없이 이 건 신축주택에 임의로 준용하여 조세법률주의 원 칙을 위배하였고, 「조세특례제한법」제99조의3 의 규정을 청구인과 같은 재건축주택 취득자와 일반분양자에게 달리 적용하는 것은 과세형평에 어긋나는 부당한 처분이므로 취소하여야 한다 .

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3 의 감면대상은 신축주택 취득일부터 5년이내 양도한 때까지 발생한 소득으로 한정하는 것이지 종전주택을 취득한 때부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득에 대하여 감면을 적용할 수 없으므로 주택취득후 재건축·재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전주택 취득일로부터 신축주택취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당되지 아니하므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 적용시 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 ‘신축주택 감면세액 적정여부 검토서’에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 신축주택 완공일부터 5년 이내 양도소득금액에 대하여만 감면 을 적용하여야 하므로 구주택 또는 나대지 등의 취득시점부터 신축주택 완공일 전일 까지의 양도소득금액에 대하여는 감면을 배제한다. (나) 감면소득금액 적정여부를 검토한 바, 양도소득금액OOO원,

② 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가(취득일부터 5년 경과하지 않은 경우 양도일 기준시가) OOO원,

③ 신축주택 취득당시 기준시가 OOO원, 양도당시 기준시가 OOO원 종전주택 취득당시 기준시가 OOO원으로 적정한 감면소득금액〔 ×(②-③)/( - )〕은 OOO원임에도 OOO원을 신고하여OOO원을 과다하게 신고하였다. (다) 감면세액 적정여부 검토한 바, 산출세액 OOO원,

② 감 면대상 양도소득금액OOO원,

③ 기본공제 0원

④ 과세표준 OOO원으로 적정한 감면세액〔 ×(②-③)/ 〕은OOO 원임에도 OOO,OOO O원을 신고하여 OOO원을 추가결정고지한다고 기재하고 있다.

(2) 청구인은 「조세특례제한법」제99조의3 제1항은 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세 전액을 감면한다고 규정하고 있으므로 취득일로부터 5년 이내에 양도한 이 건 신축주택의 경우 양도소득세 전액 감면대상임에도 처분청이 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항 산식의 분모, 분자에 있는 “취득 당시 기준시가”를 세법상 근거없이 임의로 상이하게 적용한 것은 법령의 입법취지를 훼손하는 것이며, 분양계약을 체결한 날로부터 분양주택의 취득일의 전일까지 발생한 분양권 양도소득까지도 양도세 감면대상인 일반분양자와 청구인과 같은 재건축주택 취득자에게 동일하게 적용되어야 할 「조세특례제한법」제99조의3 의 규정을 재건축 취득자에게는 달리 적용하는 것은 과세형평에 어긋나는 부당한 처분이므로 취소하여야 한다고 주장한다.

(3) 이에 대하여 처분청은 「조세특례제한법」제99조의3 의 규정은 신축주택 취득자에 대하여 신축주택 취득일부터 5년 동안 발생한 양도소득금액에만 한정하는 것이지 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에까지 감면하는 것은 아니므로, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득을 계산함에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택 또는 종전 나대지의 취득당시 기준시가’를 적용하는 것이어서, 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액이 차지하는 비율만큼 감면양도소득금액을 계산하여 과세하는 것이며, 조세심판결정례(조심 2010서2935, 2011.6.30.외 다수)도 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다’고 판단하고 있으므로 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

(4) 살피건대, 청구인은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 「조세특례제한법」제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상이라고 주장하고 있으나, 「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택 또는 종전 나대지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 조세심판결정례(조심 2010서2935, 2011.6.30.외 다수) 등도 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다고 해석하고 있는 점 등으로 볼 때, 신축주택에 대한 양도소득세 감면은 신축 후 5년 이내에 양도하는 양도소득에 대하여 감면하는 것으로 해석하는 것이 타당하므로 처분청이 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면대상 소득이 아닌 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.