조세특례제한법상 소기업에 대한 중소기업특별세액 감면을 받아야 한다는 청구주장의 당부

개정 조특법 시행령 부칙 제2조에서 ‘개정법률 시행 당시’를 2016 사업연도로 해석함이 합리적인 점, 개정 조특법 시행령 부칙 제22조에서 종전규정에 따라 소기업에 해당하는 기업이 개정법률 시행 이후 개정규정에 따른 소기업이 해당하지 아니하게 된 경우 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 보도록 경과규정을 두고 있는 바, 청구법인은 2016.2017사업연도 매출액이 종전 조특법 시행령 및 개정 조특법 시행령을 적용하더라도 소기업에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구법인은 건설업을 영위하는 법인으로 2016사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조의 중소기업특별세액감면을 적용하지 아니하였다가 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 「조세특례제한법 시행령」(이하 “개정 조특법 시행령”이라 하고, 그 전의 것을 “종전 조특법 시행령”이라 한다) 부칙 제22조를 적용할 경우 소기업에 해당하므로 중소기업특별세액감면 적용대상이라고 보아 2018.6.10. 2016사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였고, 2017사업연도 법인세 신고시조특법 제7조의 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어 소기업 감면율인 OOO를 적용하여 감면세액을 OOO원으로 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인의 2016사업연도 매출액이 OOO원으로 종전 및 개정조특법 시행령 제6조제5항에 따른 소기업에 해당하지 아니하여 중소기업특별세액감면 적용대상이 아니라고 보아 2018.8.9. 경정청구를 거부하는 한편, OOO의 처분청에 대한 종합감사의견에 따라 2017사업연도 법인세 신고분도 청구법인이 소기업에 해당하지 아니한다고 보아 중소기업특별세액감면을 배제하고 2018.10.24. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.11.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

개정 조특법 시행령 부칙 제22조에서 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다”고 규정하고 있는바, 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시(2016.1.1.) 종전조특법 시행령 제6조제5항에 따라 소기업 기준을 충족하면 2019사업연도까지는 중소기업특별세액감면을 적용받을 수 있고, 청구법인은 2015사업연도에 매출액 OOO원, 근로자수 10명으로 소기업 요건(매출액 OOO원 미만, 종업원 수 50면 미만)을 충족하였으므로 2016～2017사업연도에 동 감면을 적용받을 수 있다.청구주장과 같은 취지로 조세심판원(조심 2017전4105, 2018.2.12.)은 “개정 조특법 시행령 부칙 제22조에서 경과조치 적용대상 소기업이 개정 조특법 시행 당시(2016.1.1.) 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이라고 하고 있어, 2016사업연도 매출액이나 종업원 수가 확정되지 아니한 2016.1.1. 당시에는 종전 규정에 의한 소기업 기준인 매출액과 종업원 수를 직전 사업연도인 2015년 말을 기준으로 하여 산정하고 이에 따라 소기업 해당 여부를 판단하는 것이 합리적”이라고 판단한바 있다.

나. 처분청 의견

개정조특법 시행령 제6조제5항과 관련한 경과규정인 부칙 제22조는 소기업에 해당하는 법인이 시행령이 개정됨에 따라 소기업에 해당하지 않는 경우에 적용되는 것으로, 청구법인은 2016사업연도 매출액이 OOO원, 2017사업연도 매출액이 OOO원이고 이는 중소기업특별세액감면 적용시 종전 조특법 시행령(매출액 OOO원 미만, 상시 종업원 50명 미만)이나 개정 조특법 시행령(매출액 OOO원 이하) 둘 중 어느 규정을 적용하더라도 매출액 기준을 초과하여 소기업에 해당하지 아니하므로 개정 조특법 시행령 부칙 제22조의 적용대상에 해당하지 아니한다.청구주장에 따를 경우 2015사업연도에 소기업이었던 법인은 2016.1.1. 이후 매출액 증대로 규모가 커지더라도 무조건 4년의 유예기간이 적용되어 2019사업연도까지 과도한 조세혜택을 누리게 되는 반면, 2015.12.31. 이전에 중기업이었다가 2016사업연도에 종전규정에 의한 소기업에 해당하는 다른 법인들은 소기업 혜택을 받지 못하므로 조세혜택이 과도하게 제한되고, 동 규정은 매출액이 일정규모 이하인 소기업이 고용을 많이 하여 상시 근로자 수가 일정요건 이상이 되면 소기업 혜택을 받지 못하게 되는 기존 규정을 소기업의 고용촉진을 위하여 소기업 판정기준을 매출액 기준으로 일원화하여 개정한 것으로써 종전 및 개정 조특법 시행령에 따른 기준에 의하여 소기업 요건을 충족하지 못하는 경우까지 경과규정을 적용할 이유가 없다(조심 2018서1776, 2018.6.21., 사전-2017-법령해석법인-217, 2017.5.12., 같은 뜻임).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조특법상 소기업에 대한 중소기업특별세액 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

: [별지] 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, 청구법인은 OOO에서 건설업을 영위하고 있고, 2015～2017사업연도 중 상시 사용하는 종업원의 수가 50명 미만(연말정산인원 2015년 10명, 2016년 10명, 2017년 13명)인 것에는 이견이 없으며, 사업연도별 매출액은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

청구법인의 과세연도별 매출액 현황

(2) 청구법인은 2016사업연도 법인세 신고시 중소기업특별세액감면을 적용하지 아니하였다가 2018.6.10. 청구법인이 소기업에 해당하므로 OOO 감면율을 적용하여야 한다며 2016사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 청구법인이 2016사업연도 매출액이 OOO원으로 종전 및 개정 조특법 시행령을 적용하더라도 소기업에 해당하지 아니한다고 보아 경정청구를 거부하였다.

(3) 한편, 청구법인은 2017사업연도 법인세 신고시조특법 제7조의 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어 소기업 감면율인 OOO를 적용하여 감면세액을 OOO원으로 신고하였고, 처분청은 OOO의 처분청에 대한 종합감사의견에 따라 청구법인이 소기업에 해당하지 아니한다고 보아 2018.10.24. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하였다.

(4) 기획재정부에서 발간한 ‘2015년 개정세법 해설’ 자료에 의하면, 소기업이 고용을 늘리더라도 세제지원이 유지될 수 있도록 소기업 기준을 개선하기 위하여 개정조특법 시행령 제6조를 개정한다고 기재되어 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 개정 조특법 시행령 및 관련 부칙에 의하면 2016.1.1. 현재의 매출액을 2015년말을 기준으로 산정하고, 유예기준에 따라 2016～2017사업연도에 소기업으로 보아야 한다고 주장하나, 개정 조특법 시행령 부칙 제2조에서 2016.1.1. 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다고 규정하고 있어, ‘개정법률 시행 당시’를 2016사업연도로 해석함이 합리적인 점, 개정 조특법 시행령 부칙 제22조에서 종전 규정(매출액 OOO원 미만, 상시종업원 수 50명 미만)에 따라 소기업에 해당하는 기업이 개정법률 시행 이후 개정규정(매출액 OOO원 이하)에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 보도록 경과규정을 두고 있는바, 청구법인은 2016사업연도 매출액이 OOO원, 2017사업연도 매출액이 OOO원으로 종전 조특법 시행령 및 개정 조특법 시행령을 적용하더라도 소기업에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.[별지] 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것)제7조[중소기업에 대한 특별세액감면]

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종사. 건설업

2. 감면 비율가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장 : 100분의 10나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 20다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 30라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장: 100분의 5마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장 : 100분의 10바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 15

(2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것)제6조[중소기업에 대한 특별세액감면]

⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 작물재배업·어업·축산업·광업·건설업·출판업·물류산업 또는 운수업중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

(3) 조세특례제한법 시행규칙(2015.3.13. 기획재정부령 제478호로 일부개정된 것)제5조[상시 사용하는 종업원 수]

① 영 제6조 제5항에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 다음 각 호에 해당하는 자를 제외한 자(이하 이 조에서 "상시 사용하는 종업원"이라 한다)를 말한다.

1. 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자 중 주주인 임원2.「소득세법 시행령」 제20조에 따른 일용근로자

3. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따른 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담요원4.「근로기준법」 제2조제1항 제8호에 따른 단시간근로자(이하 이 조에서 "단시간근로자"라 한다) 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 미만인 근로자

② 제1항에 따른 상시 사용하는 종업원의 수는 해당 과세연도의 매월 말일 현재 제1항 각 호에 해당하는 자의 수를 합하여 해당 과세연도의 월수로 나누어 계산한다. 이 경우 단시간근로자 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다.

(4) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정된 것)제7조[중소기업에 대한 특별세액감면]

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종사. 건설업

2. 감면 비율가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장: 100분의 10나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 30라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장: 100분의 5마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장: 100분의 10바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 15부칙 ＜제13560호, 2015.12.15.＞제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제29조의5, 제126조의2 및 제127조 제2항ㆍ제3항의 개정규정과 제132조 제1항 제3호ㆍ제2항 제3호의 개정규정(제29조의5를 추가하는 부분만 해당한다) 및 제144조 제1항ㆍ제2항의 개정규정(제29조의5를 추가하는 부분만 해당한다)은 2015년 12월 31일부터 시행하고, 제104의26 제1항 제1호의 개정규정은 2016년 3월 2일부터 시행하며, 제107조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행하고, 제106조의9(같은 조 제6항 중 가산세의 세율에 관한 부분은 제외한다), 제108조의2, 제108조의3 및 제122조의4의 개정규정은 2016년 10월 1일부터 시행하며, 제5장의9(제121조의25)의 개정규정은 2016년 10월 4일부터 시행한다.제2조(일반적 적용례)

① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

(5) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정된 것)제6조[중소기업에 대한 특별세액감면]

⑤ 법 제7조 제1항 제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 "평균매출액등"은 "매출액"으로 본다.부칙 ＜제26959호, 2016.2.5＞제1조[시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행한다.제2조[일반적 적용례]

① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.제22조[소기업의 범위에 관한 경과조치] 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.

(6) 중소기업기본법 시행령(2015.6.30. 대통령령 제26356호로 개정된 것)[별표 3]주된 업종별 평균매출액등의 소기업 규모 기준(제8조 제1항 관련)

해당 기업의 주된 업종

분류기호

규모 기준

17. 농업,임업 및 어업

A

평균매출액등

80억원 이하

18. 광업

B

19. 담배 제조업

C12

20. 섬유제품 제조업(의복 제조업은 제외한다)

C13

21. 목재 및 나무제품 제조업(가구 제조업은 제외한다)

C16

22. 펄프, 종이 및 종이제품 제조업

C17

23. 인쇄 및 기록매체 복제업

C18

24. 고무제품, 및 플라스틱제품 제조업

C22

25. 의료, 정밀, 광학기기 및 시계 제조업

C27

26. 그 밖의 운송장비 제조업

C31

27. 그 밖의 제품 제조업

C33

28. 건설업

F

29. 운수업

H

30. 금융 및 보험업

K