쟁점세금계산서의 공급가액 중 일부를 가공원가로 보아 손금불산입한 처분이 타당한지의 여부(경정)

공사대금지급관련 잡기장에 의하면 하도급 대금을 받았음을 확인하고 서명하여 가공매입부분이 있다고는 보여지지 않고 도급가액을 산출한 과정은 단지 추정일 뿐이어서 과세근거자료로 채택하기는 어려워 부과 처분은 위법함

1. 처분 개요

처분청은 청구법인이 청구외 주식회사 OO그린(이하 “청구외법인”이라 한다)으로부터 수취한 95.11.30자 세금계산서(공급가액 89백만원) 및 95.12.31자 세금계산서(공급가액 95백만원, 이하 2장의 세금계산서를 “쟁점세금계산서”라 한다)를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액불공제하고, 위 공급가액 중 30,826,720원을 가공원가로 보아 손금불산입하여 96.12.16 청구법인에게 95.2기분 부가가치세 20,240,000원 및 95사업연도분 법인세 8,920,920원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 97.1.22 이의신청 및 97.4.21 심사청구를 거쳐 97.9.11 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장

① 청구법인은 경남 마산시 소재 OO병원과 OOOO주식회사 매장의 의장공사를 발주받아 OO병원의 공사 중 철거, 바닥공사 및 벽체공사 등과 OOOO매장의 의장공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 청구외법인에 도급주었고 쟁점공사의 진행은 청구외법인의 직원인 청구외 OOO의 주도하에 이루어졌으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보는 것은 부당하고,

② 처분청은 쟁점공사의 도급금액중 일부를 손금불산입하였으나 실제로 청구법인은 도급금액 전부를 지급하였으므로 전액 손금으로 인정되어야 한다 나. 국세청장 의견

① 청구외 OOO이 1)청구법인의 직원인지 2)청구법인을 대리하여 쟁점공사에 대해 감독만 하였는지 등의 사실이 확인되지 않는 반면, 청구외 OOO의 확인서 및 청구법인 대표 OOO의 확인서에 의하면 청구법인이 쟁점공사의 도급을 청구외 OOO에게 주었으므로 청구외법인 명의의 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이어서 쟁점세금계산서는 매입세액불공제되어야 하고,

② 쟁점공사의 도급가액은 구체적인 증빙이 없어 불분명하므로 원도급계약서, 견적서 등에 의하여 산정한 도급가액만을 외주가공비로서 원가로 추인한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 이 건의 다툼은

① 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액불공제한 처분이 타당한지

② 쟁점세금계산서의 공급가액 중 일부를 가공원가로 보아 손금불산입한 처분이 타당한지의 여부를 가리는 데 있다.

나. 쟁점①에 대하여 본다.

(1) 관련 법령 부가가치세법 제17조 제2항은 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하고, 94.12.22 개정된 동 항 제1의2호는 “제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.”라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

1) 청구법인은 OOOO주식회사로부터 서울, 전주 등지의 OO매장공사를 다음과 같이 도급받았고,

계약일

매장위치

도급금액

비고

95.11.16

서울

(OO, OO, OO, OO, OO)

65,219,540

부가가치세 별도

95.11.16

제주

43,784,000

95.11.16

대전, 청주

38,087,200

95.11.16

광주, 전주

28,607,500

95.12.02

강릉, 양양

34,000,000

95.12.08

봉평

16,000,000

95.12.13

전주, 서울

45,000,000

( 계 ) (270,698,240원) OO병원으로부터는 95.4.15 경남 마산시 OO동 OO병원 신축공사 중 7,8층 실내 내부설계 및 시공 공사를 280,000,000원(부가가치세 별도)에 도급 받았음이 각각의 원도급계약서에 의해 확인되고 이에 대해서는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없다.

2) 청구법인의 대표이사 OOO의 확인서에 의하면 청구법인은 쟁점공사를 청구외 OOO에게 하도급주었고 세금계산서는 청구외법인으로부터 수취하여 매입세액공제한 것으로 나타나고, 청구외 OOO의 확인서에 의하면 쟁점공사를 청구외 OOO에게 도급주었고 공사대금으로 201,800,000원을 지급하였음이 확인된다. 살피건대, 청구법인은 청구외 OOO이 청구외법인의 직원이라고 주장하나, 청구외 OOO에 대한 국세청의 전산소득자료에 의하면 청구외 OOO은 94년 및 95년에 발생한 소득이 전혀 없고 93년,94년,95년 귀속분 종합소득세를 신고한 바도 없는 점으로 보아 청구외 OOO은 청구외법인에 소속된 직원이 아님을 알 수 있고, 청구법인의 대표이사OOO 및 청구외 OOO의 확인서에 의하면 청구법인이 쟁점공사를 청구외 OOO에게 하도급 주었으므로 가사 쟁점공사용역을 청구외 법인이 제공하였더라도 이는 청구외 OOO이 청구외 법인에게 쟁점공사를 하도급준 것으로 봄이 상당하다 하겠다. 따라서 공급자 명의가 청구외 OOO이 아니라 청구외법인인 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당되므로 처분청이 전시 부가가치세법 제17조 제2항 1의2호에 의하여 매출세액에서 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제되지 아니한 당초 처분은 달리 잘못이 없다.

다. 쟁점②에 대하여 본다.

(1) 관련 법령 법인세법 제9조 제1항은 “내국법인의 각사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다”라고 규정하고, 동조 제3항은 “제1항에서 ‘손금’이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.”라고 규정하고 있고, 동 법 시행령 제12조 제2항은 “법 제9조 제3항에서 ‘손비’라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.”고 규정하고, 동 항 제2호는 “판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용”을 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 처분청의 과세자료에 의하면 처분청은 청구법인이 하도급준 쟁점공사의 도급가액에 대한 구체적인 증빙이 없어 불분명하다고 하여 OOOO주식회사, 마산OO병원 등과 청구법인간에 작성된 도급계약서, 견적서 등에 의해 쟁점공사에 대한 도급가액을 다음과 같이 추정한 후 ,

ㅇ 마산OO병원 공사 - 전체공사 견적가액 356,481,000원 - 쟁점공사 견적가액 124,469,000원 - 실제 청구법인이 병원으로부터 도급받은 가액 280,000,000원 * OOO 하도급추정액=280,000,000×(124,469,000/356,481,000) = 97,764,870원

ㅇ OO매장 공사 - 전체공사(17개매장) 견적가액 355,308,350원 - 쟁점공사 견적가액 72,727,000원 - 실지 청구법인이 OO으로부터 도급받은 가액 270,698,240원 - OOO 하도급추정액 = 270,698,240×(72,727,000/355,308,350) = 55,408,410원

ㅇ 쟁점공사 하도급 추정액 = 153,173,280원( 97,764,870원 + 55,408,410원) 청구법인이 하도급 비용으로 지급하였다는 184,000,000원에서 153,173,280원만 외주가공비로 손금인정하고 차액 30,826,720원(184,000,000원 - 153,173,280원)은 손금불산입하였다. 살피건대,

1) 청구법인이 쟁점공사를 청구외 OOO에게 도급주었다는 입증자료로 채택한 청구외 OOO의 확인서에 의하면 청구법인은 청구외 OOO에게 201,800,000원을 지급한 사실이 나타나고

2) 청구법인이 보관하고 있던 공사대금지급관련 잡기장에 의하면 청구외 OOO이 총 218,100,000원(공급대가임, 공급가액으로는 198,272,273원)의 하도급 대금을 받았음을 확인하고 서명한 사실이 있는 점으로 볼 때 청구법인이 쟁점공사의 외주가공비로서 신고한 금액 184,000,000원에 가공매입부분이 있다고는 보여지지않는 반면, 처분청이 쟁점공사의 도급가액을 산출한 과정은 전시한 바와 같이 단지 추정일 뿐이어서 과세근거자료로 채택하기는 어렵다고 할 것이다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호ㆍ제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.