부가가치세 결정시 상가 매출금액중 건물부분에 대한 과세표준액을 지방세법상 과세시가표준액으로 결정한 당초 처분의 당부(기각)

처분청이 위 관련법조에 근거하여 지방세법에 의한 과세표준에 따라 안분계산방법에 의하여 과세한 이 건 처분에 달리 잘못이 없다고 판단됨

1. 사실 청구법인은 서울특별시 서대문구 OO동 OOOO에서 주식회사 OO공업공사라는 상호로 건설업(종목: 토건)을 영위한 법인으로 처분청이 90.12.16자로 90수시분 법인세 174,047,190원 및 동 방위세 23,792,940원(87사업년도 법인세 134,751,190원 및 동 방위세 18,155,870원, 88사업년도 법인세 39,296,000원 및 동 방위세 5,637,070원)과 90수시분 부가가치세 388,525,800원(87/2기 30,919,820원, 88/2기 52,786,880원, 89/2기 304,819,100원)을 결정고지한 바, 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 90.5.18 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 처분청에서는 청구법인이 서울특별시 영등포구 OO동 OO OOOOOO 소재 OO쇼핑센타(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 분양대금을 87사업년도 및 88사업년도의 법인세 신고누락 및 부가가치세를 신고누락하였다하여 전시와 같이 결정고지하였으나, (청구1) 처분청에서는 청구법인의 86년 귀속 법인세 신고시 적용한 매출이익율을 122.6%로 인정하여 87사업년도 상가 매출누락액 248,438,258원과 88사업년도 상가 매출누락액을 45,823,098원을 익금산입하였으나 매출가액과 대응한 매출원가(87사업년도 202,641,319원, 88사업년도 37,376,099원)을 손금산입하여야 당연함에도 손금산입하지 아니하여 법인세 등이 과다 결정되었고, 또한 87년 귀속 신고누락분은 88년 귀속으로, 88년 귀속 누락분은 89년 귀속으로 신고하였으므로 상여처분이 아닌 유보처분함이 정당하고, (청구2) 처분청에서는 87년, 88년, 89년 제2기 부가가치세 확정분을 경정결정하면서 쟁점부동산에 대하여는 토지 및 건물 실지거래가액이 불분명하다하여 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항에 의하여 경매일 및 매매일 현재의 지방세법에 의한 과세표준에 따라 안분계산방법에 의하여 경정결정하였으나, 청구법인이 87년 귀속 부가가치세 신고시 적용된 건물가액 비율이 56.57%이므로 건물가액에 대하여 동 비율을 적용하여 부가가치세를 경정결정함이 정당함에도 전시 부가가치세법시행령 규정을 적용하여 과세함은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 (청구 1)에 대하여 살펴보면, 청구법인은 매출원가(87사업년도 202,641,319원, 88사업년도 37,376,099원)을 손금산입하여야 정당하고, 또한 87년 귀속 신고누락분은 88년 귀속으로, 88년 귀속 누락분은 89년 귀속으로 신고하였으므로 상여처분이 아닌 유보처분함이 정당하다고 주장하고 있으나 청구주장을 입증할 수 있는 장부 및 증빙서류를 제시하지 아니하여 매출누락분에 대한 원가가 기손금에 산입되었는지 불분명하므로 청구주장은 받아들일 수 없다하겠고, (청구2)에 대하여 살펴보면, 청구법인은 86년 사업년도까지 정상적으로 영업하였으며 86년도 청구법인의 장부상으로 토지 및 건물가액 비율이 43.43% 대 56.57%이므로 부가가치세 결정시 건출비율을 56.57%로 결정함이 타당함에도 83.77%을 적용함은 부당하다고 주장하고 있으나 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항에서는 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 계약공급일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 계산한다.”고 규정하고 있는 바, 청구법인은 쟁점부동산에 대하여 토지 및 건물가액을 구분하여 제시하지 아니하면서 막연히 86년 귀속 사업년도 장부를 근거로 인정하여 줄 것을 요구하고 있으나, 이는 실지거래가액이 불분명한 경우이므로 전시 법규정에 의하여 지방세법상 과세시가표준액으로 안분계산함이 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 가. 법인세 결정시 수입금액 누락분을 매매이익율에 의하여 익금산입함에 있어 이에 대응하는 매출원가를 손금산입하여야 하는지 여부와 수입금액누락 연도에 대표자 상여처분한 처분의 당부와 나. 부가가치세 결정시 상가 매출금액중 건물부분에 대한 과세표준액을 지방세법상 과세시가표준액으로 결정한 당초 처분의 당부를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단

쟁점 “가”를 심리한다. 이 건 과세처분 경위를 살펴보면, 처분청은 청구법인이 분양한 서울특별시 영등포구 OO동 OO OOOO 소재 「OO쇼핑센타」(이하 “쟁점부동산”이라 한다.) 분양건물중 87사업년도에 수입금액누락한 지하 1-2호 외 5건의 실지거래가액이 불분명하다하여 청구법인의 86사업년도 결산서상 매출원가에 매매총이익율 122.60%를 적용하여 수입금액누락액 248,438,258원을 익금산입ㆍ상여처분하였고, 88년도중에 매출(분양)하고도 수입금액계상 누락한 쟁점부동산중 3층 1호 외 2건의 수입금액은 88.2.26 법원경매에 의하여 경락된 3층 24호(면적 10.44평방미터, 경락가액 5,333,470원, 평방미터당 가액 510,868원)의 경락가액을 적용하여 45,823,098원을 익금산입하고 상여처분하였음을 알 수 있다.

이 건의 경우에 있어서 청구법인은 처분청이 익금산입하고 상여처분한 가액에 대한 매출원가를 손금산입하는 것이 정당하고, 또한 87년 귀속신고누락분은 88년 귀속으로, 88년 귀속 누락분은 89년 귀속으로 신고하였으므로 상여처분이 아닌 유보처분이 정당하다고 주장하고 있으나, 첫째, 청구법인은 87 및 88사업년도의 이 건 매출원가(87사업년도 202,641,319원, 88사업년도 37,376,099원) 금액은 처분청이 익금산입한 금액을 86 사업년도 매출이익율 1.226으로 나눈 금액일 뿐 청구법인은 청구주장 제시 금액에 대한 구체적인 증빙을 전혀 제시하지 못하고 있고, 둘째, 청구법인의 87 및 88사업년도 법인세결정결의서상 청구법인이 당초 신고한 수입금액에 대한 과세표준액 비율은 불과 1.43%(87사업년도)와 0.64%(88사업년도)에 불과한 점(소득표준율은 12.9%), 셋째, 청구법인은 87년 귀속 신고누락분은 88년 귀속으로, 88년 귀속 신고누락분은 89년 귀속으로 신고하였다고만 주장할 뿐 이에 대한 거증을 전혀 제시하지 못하고 있는 점등을 종합하여 볼 때, 이 건 청구주장을 이유있는 것으로 받아들이기에는 어렵다고 판단된다. 쟁점 “나”를 심리한다. 이 건 관련법조를 살펴보면, 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항에서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물과 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의하되 다만 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있다.

이 건의 경우에 있어서 청구법인은 86사업년도 청구법인의 장부상 토지 및 건물가액 비율이 43.43% 대 56.57%이므로 부가가치세 결정시 건축비율은 56.57%로 결정함이 타당하다고 주장하고 있으나, 이는 앞서 관련법조를 살펴본 바와 같이 실지거래가액으로 볼 만한 객관적인 거증없이 막연히 86년 귀속 사업년도 장부를 근거로 인정하여 달라는 청구주장이므로, 처분청이 위 관련법조에 근거하여 지방세법에 의한 과세표준에 따라 안분계산방법에 의하여 과세한 이 건 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.