다른 법인을 흡수합병한 청구법인이 증가분방식으로 피합병법인의 연구.인력개발비 세액공제액 계산시 피합병법인의 직전 4년간 연평균발생액을 합병 후 개월 수로 환산하여야 한다는 청구주장의 당부

조세특례제한법 시행령 제9조 제4항에서 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병 후 피합병법인 사업부문의 사업연도 월수로 환산하거나 피합병법인에서 승계한 사업부문과 기본 합병법인의 사업부문에 대한 4년 평균액을 각각 계산하여 합산한다는 규정이 없는 점 등에 비추어 청구법인이 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 반도체 및 전자재료(유기화학물질) 등을 생산하는 법인으로 2010.7.1. OOO(이하 “피합병법인”이라 한다)를 흡수합병하였다.

나. 청구법인은 2010사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법」(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항 제3호나목에 따라 연구·인력개발비 OOO대한 세액공제액 OOO법인세에서 공제하였다가, 2014.1.7. 같은 호 가목(해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액, 이하 “증가분방식”이라 한다)에 따라 연구·인력개발비 OOO(피합병법인 승계사업 발생금액 OOO포함)을 기준으로 직전 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액에 대한 연구·인력개발비 세액공제액을 산정하고 전기이월세액을 포함하여 법인세 OOO을 환급하여 줄 것을 처분청에 경정청구하였다.

다. 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여연구·인력개발비로 지출한 재료비 중OOO(피합병법인 승계사업분 OOO)을 세액공제 대상에서 제외하고, 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 연구·인력개발비 OOO대한 세액공제액 계산을 위하여 피합병법인의 직전 4년간 연평균 연구·인력개발비 발생액 계산시 합병으로 인한 합병일 이후 사업연도개월 수를 환산하지 아니하여2014.3.11. OOO환급 결정하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 증가분방식의 연구·인력개발비 세액공제는 직전 4년간 발생액보다 초과하여 발생한 금액에 대하여 세액공제를 적용하도록 규정되어 있으며, 이를 정확히 계산하기 위해 합병시 피합병법인의 과거 연구비 합산 규정, 일부 승계시 피합병법인의 과거 지출액 중 비율을 통한 구분 규정, 동일 기준 집계 규정 등을 두고 있어 이를 준용하지 않은 처분은 부당하다. 「조세특례제한법」상 증가분방식의 연구·인력개발비 세액공제의 입법취지는 연구·인력개발비가 과거 평균 지출액보다 증가하였을 경우 그 증가분에 대해일정률의 세액공제를 적용함으로써 기업의 연구·인력개발활동을 장려하기 위한 것이므로 그 입법취지를 살리기 위해서는 연구·인력개발비 증가분을 정확하게 산출하는 것이 매우 중요하기 때문에 법령상으로도 사업연도 개월 수가 12개월 미만일 경우 사업연도 개월 수를 조정하는 규정[「조세특례제한법 시행령」(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제3항], 합병이 이루어졌을 경우 피합병법인의 과거 지출액을 합병법인의 과거 지출액으로 간주하는 규정 및 일부 승계시 승계한 부분을 매출액 비율 또는 자산가액 비율로 피합병법인의 과거 지출액을 구분하는 규정(「조세특례제한법 시행령」 제9조제4항)을 두고 있고, 「조세특례제한법 기본통칙」 10-9…2를 통해 과거 지출액 계산시 당해 과세연도와 동일한 기준을 적용하도록 규정하고 있다. 이는 법인간 사업연도 차이, 합병 등과 관련 없이 정확한 증가분을 산정하여 형평성 있게 세액공제를 적용할 수 있도록 하기 위함이다.

따라서 사업연도 중 합병을 통해 승계한 피합병법인에서 발생한 연구·인력개발비에 대한 세액공제 적용시 합병사업연도에 피합병법인분 연구·인력개발비 발생기간이 6개월에 불과하다면 이에 대응되는 피합병법인의 과거지출액 역시 6개월분으로 환산하여야 정확한 연구개발비 증가액을 산출할 수 있다. 즉, 이 건 2010년의 경우 2010.7.1.자 합병으로 피합병법인으로부터 승계한 6개월분(2010.7.1.～2010.12.31.)의 연구·인력개발비가 청구법인에서 발생하였기 때문에 피합병법인의 과거지출액 역시 당해 과세연도의 연구·인력개발비 발생기간과 동일한 6개월분만을 포함하여야 하므로 이를 12분의 6으로 환산하여야 한다. 이는 합병사업연도에 피합병법인의 연구비 중 일부만 승계된 것과 동일한 상황으로,「조세특례제한법 시행령」 제9조제4항의 비율로 피합병법인의 총 연구·인력개발비를 구분하는 것을 준용한 것이다.

(2) 연구·인력개발비 세액공제액은 합병유무 및 합병시기와 관계없이 동일하게 산정되어야 하나, 처분청 계산 방식은 합병 유무,합병 시기에 따라 세액공제액이 달라지므로 타당하지 아니하다. 청구법인은「조세특례제한법 시행령」 제9조제3항 및 제4항에 기재된 계산식에 따라 개월 수를 환산하여 세액공제액을 산정하였으며,이는 수학적으로 합병법인과 피합병법인이 합병 전부터 한 회사이거나또는 각각의 회사였을 경우에 받을 수 있는 세액공제 총금액과 동일한 결과가 도출되는 방식이다. 다음과 같은 예시를 들어 합병 유무에 따른 세액효과를 증명하고자 한다. 이 경우 합병이 있었을 경우와 합병이 없었을 경우 각 계산방식에 따른 연구·인력개발비 세액공제액을 비교하면 다음과 같다. (갑) 1/1～12/31 기준 공제금액 - 1/1～6/30 기준 공제금액(을) 7/1～12/31 연구개발비 - 과거지출액×(6/12)(병) 7/1～12/31 연구개발비 - 과거지출액×(12/12)비교 결과 ‘갑’방식과 ‘을’방식은 합병이 없었을 경우와 합병이 있었을 경우의 연구·인력개발비 세액공제액이 동일하게 나오는 반면, 처분청 방식인 ‘병’방식의 경우 합병이 없었을 경우와 비교하여 연구·인력개발비 세액공제액이 낮게 산출된다. ‘갑’방식과 ‘을’방식이 세액효과 측면에서 동일한 결과가 산출되는 것은 수학적으로 두 계산방식이 동일한 결과가 도출되기 때문이나, ‘갑’방식 보다는 ‘을’방식이 「조세특례제한법」의 산식에 근거하고 있기 때문에 ‘을’방식이 가장 타당하다고 판단된다. 피합병법인의 합병전 의제사업연도가 12개월에 미달하여 해당 개월 수로 환산한 과거지출액과 비교하여 공제를 받았다면 합병 이후 개월 수에 대해서도 동일하게 과거지출액을 환산하여 비교하는 것이 타당하다.

더불어, ‘병’방식은 합병시점에 따라 세액효과가 변동되는바, 직전 4개 연도에 비해 연구개발활동을 많이 하였음에도 불구하고, 합병이 연말에 일어났다는 이유로 세액공제액이 감소하는 불합리한 결과가 도출된다. 이처럼 ‘을’방식의 경우 합병시점별 공제금액의 차이가 발생하지 않는 반면, ‘병’방식의 경우에는 합병시점별 공제금액이 달라지게 되는바, 기업의 합병의사결정에 따라 연구·인력개발비 세액공제의 금액이 달라지게 되는 문제점이 있으므로 타당하지 않다.

나. 처분청 의견

청구법인의 합병시 합병사업연도에 대한 4년 평균 연구비 지출액에 대한 계산방식은 세법에 근거하지 않은 방법으로 조세법률주의에 위반되는 사항이다.청구법인은 2010.7.1. 피합병법인을 합병하였고 합병사업연도인2010사업연도법인세에 대한 경정청구시 연구·인력개발비 세액공제에 대하여「조세특례제한법」 제10조제1항 제3호 가목에 따라 직전 4년 연구비지출액 평균액에 대한 증가분방식을 적용하여 경정청구하였다.청구법인은 피합병법인의 4년 평균액 산출시 합병 이후사업연도 월수가 6개월임에 따라 4년 평균액에서 6/12 곱하여4년 평균액을 환산하였으나,연구·인력개발비 4년 평균액 계산방법이 규정된 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제3항의 산식을 보면 아래와 같이 규정되어 있다.

해당 과세연도 개시일로부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비 비용의 합계

×

해당 과세연도의 개월 수

해당 과세연도 개시일로부터 소급하여 4년간 연구·인력개발비 비용이 발생한 과세연도 수

12

「조세특례제한법 시행령」 제9조제4항에서 “제3항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비비용의 합계액을 계산할 때 합병법인의 경우 피합병법인으로부터 발생한 일반연구·인력개발비는 합병법인 등에서 발생한 것으로 본다”라고 규정되어 있을 뿐, 청구법인의 주장처럼 피합병법인의 과거지출액에 대하여합병 후의 사업연도 월수로 환산하여 합계를 하거나피합병법인에서승계한 연구부문과 기존 합병법인의연구부문에 대한 4년 평균액을각각 계산하여 합산한다는규정이 없는 바, 청구법인의 계산방법은청구법인이 유리한 대로 법을 확장해석 또는 유추해석한 것으로 이는법을엄격하게 해석해야 하는 조세법률주의에 위반된 주장이다.또 국세청 질의회신사례(서면법규과-594, 2013.5.27.)의 해석에서도 청구법인과 동일한 상황에서 합병법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 4년간 연평균발생액 계산방법에 대하여 합병법인과 피합병법인의 과거 4년간연구·인력개발비를 단순 합산한다고 해석한 사례가 있는 점등에 비추어 경정청구 거부처분은 정당한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점다른 법인을 흡수합병한 청구법인이 증가분방식으로피합병법인의 연구·인력개발비세액공제액 계산시 피합병법인의 직전 4년간 연평균발생액을합병 후 개월 수로 환산하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제)

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비” 라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)

③ 법 제10조 제2항에따른 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 일반연구ㆍ인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액으로 본다.(해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액/4)×(해당 과세연도의 개월 수/12)

④ 제3항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 “합병법인등”이라 한다)의 경우에는 합병，분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 “합병등”이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 “피합병법인등” 이라 한다)로부터 발생한 일반연구ㆍ인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만，피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구ㆍ인력개발비로 본다.

⑤ 제3항의 계산식을 적용할 때 개월 수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인은 반도체 및 디스플레이용 유기화학물질을 제조 및 판매하는 법인으로, 2010사업연도에 대한 법인세를 신고·납부함에 있어「조세특례제한법」 제10조에서 규정한 연구·인력개발비 세액공제액을 일부 누락하여 신고·납부하였는바, 아래 <표1>과 같이 경정청구를 신청하였고, 이 중 OOO환급받았다.

(2)청구법인은 OOO소재 기업부설 연구소 OOO연구소’를 운영하던 중 2010.7.1. 피합병법인을 흡수합병하였으며, 이에 서울특별시 소재 피합병법인의 기업부설연구소를 승계하였다. 청구법인은 두 연구소에서 2006년부터 2010년까지 수행한 연구활동 내역, 지출한 인건비 및 재료비 내역을 처분청에 제출하여 2010년 연구·인력개발비 세액공제를 증가분 방식을 적용하는 경정청구하였으며, 처분청은 청구법인 및 피합병법인이 지출한 재료비 중 일부는 세액공제 대상 지출액이 아닌 것으로 경정하여 OOO공제대상 세액에서 제외하였다. 해당 경정 후 2006년부터 2009년까지의 연구비 지출내역 및 2010년 당기 지출내역은 아래<표2>와 같으며 이에 대해서 처분청과 청구법인 사이에 이견이 없다. 그러나 처분청은 연구·인력개발비 세액공제액 계산시 피합병법인의 과거 지출액에 대하여, 사업연도 중 합병으로 인한 사업연도 개월 수 차이를 고려하지 아니하고 공제대상 세액에서 OOO추가로 제외하였다. 합병일이 사업연도 중인 2010.7.1.인바, 청구법인의 2010년 연구비 지출액에는 피합병법인에서 승계한 연구소에서 발생한 연구비 중 7월 이후 발생분이 합산되었다. 이에 당해 과세연도와 동일한 기준에 상응하는 직전 4년간의 연구비 발생액을 구하기 위해 청구법인은「조세특례제한법 시행령」 제9조제4항에 의거 피합병법인의 과거 연구비 지출액을 합병법인의 과거 연구비 지출액으로 보는 동시에, 같은 조 제3항에 따라 피합병법인의 합병 사업연도의 합병 후 개월 수인 6개월을 고려하여 피합병법인의 2006년부터 2009년까지의 과거 연구비 지출액에 12분의 6을 곱하였다.

그러나 처분청은 피합병법인의 2006년부터 2009년까지의 연구비에 12분의 6을 반영하지 아니하고, 12개월분을 2010.7.1.～2010.12.31. 기간 동안의 당기 지출액과 비교하여 아래 <표3>과 같이 청구법인의 청구금액과 차이가 발생하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 합병법인의 경우 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병을 하기 전에 피합병법인으로부터 발생한 연구·인력개발비를 합병법인에서 발생한 것으로 보거나 피합병법인이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인이 합병하기 전에 발생한 연구·인력개발비에 각 사업연도 승계사업의 매출액 또는 자산가액의 비율을 반영하도록 규정하고 있는 등 합병에 관계없이 연구·인력개발비 세액공제액을 합리적으로 계산하도록 규정하고 있는 점 등을 들어 피합병법인의 합병한 사업연도 직전 4년간 연구·인력개발비의 연평균 발생액을 합병 후 개월 수로 환산하여야 한다고 주장하나,조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 하여야 하고, 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것(대법원 2002.7.26. 선고 2001두5521 판결 등 참조)인바,「조세특례제한법 시행령」 제9조제4항에서 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 계산할 때합병 후의 피합병법인 사업부문의 사업연도 월수로 환산하거나피합병법인에서승계한 사업부문과 기존 합병법인의 사업부문에 대한 4년 평균액을각각 계산하여 합산한다는규정이 없는 점, 청구법인과 동일한 상황에서 합병법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 4년간 연평균발생액 계산방법을 합병법인과 피합병법인의 과거 4년간연구·인력개발비를 단순 합산하는 것으로 규정하고 있는 점등에 비추어 피합병법인이 운영하던 사업에서 발생한 합병법인의 연구·인력개발비 세액공제액을 계산할 때 4년간 발생한 연구·인력개발비 평균 발생액을 합병일 이후

개월 수로 환산하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다. 따라서 청구법인의 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.