부가가치세법상 면세사업에서 과세사업으로 전환한 경우, 6월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하여 재고품매입세액을 공제할 수 있는지 여부(기각)

청구법인이 신고한 재고매입세액중 6개월간의 거래에 대한 납부세액의 범위를 초과하는 쟁점매입세액을 환급거부한 처분청의 처분은 타당하다고 판단됨

1. 사실 및 처분개요청구법인은 OO협동조합법에 의거 설립된 법인으로 그동안 동 법인이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 부가가치세가 면세되고 있었으나 94.7.1부터 소매업부분이 면세사업에서 과세사업으로 전환됨에 따라 부가가치세법시행규칙 부칙 제6조 제1항에 의거 94.7.25 재고품신고서(재고금액 21,879,391원, 재고매입세액 2,187,939원)를 제출한 후 94년 2기 예정신고시에 90,272원, 94년 제2기 확정신고시에 494,937원을 재고매입세액으로 공제받은 후 나머지 1,602,730원(이하 “쟁점재고매입세액”이라 한다)은 94년 제2기 과세기간에 대한 수정신고시(95.7.25)에 환급신청하였으나 처분청은 환급거부하였다.청구법인은 이에 불복하여 95.11.17 심사청구를 거쳐 96.3.5 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견가. 청구법인 주장쟁점재고매입세액은 청구법인의 사업을 위하여 사용될 재화에 대한 매입세액이므로 매출세액을 초과하는 경우 환급받을 세액이라 할 것이며, 부가가치세법 시행규칙 부칙 제6조 제2항에 매출세액을 초과하는 재고매입세액은 없는 것으로 한다는 명문규정을 두고 있지 아니하므로 쟁점재고매입세액을 환급거부함은 부당하다.

나. 국세청장 의견재정경제원 소비 46015-35호(95.2.7)에 의하면 “OO협동조합법·축산업협동조합법·수산업협동조합법에 의하여 설립된 조합 및 중앙회와 공무원연금관리공단이 부가가치세법 시행규칙 「별표5」의 규정에 의하여 94.7.1부터 면세사업에서 과세사업으로 전환되거나 과세사업이 추가되는 경우 부가가치세법시행규칙 부칙 (재무부령 제1957호) 제5조의 규정에 의하여 94.7.1 현재 당해 과세사업과 관련하여 취득한 상품등 재고품(세금계산서 수취분에 한한다)에 대한 매입세액은 94.7.1이후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액 범위내에서 공제하는 것”이라고 규정하고 있으므로 처분청이 쟁점재고품매입세액을 환급거부한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점이 건은 부가가치세법상 면세사업에서 과세사업으로 전환한 경우, 6월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하여 재고품매입세액을 공제할 수 있는 지를 가리는데 그 쟁점이 있다.

나. 관계 법령부가가치세법 제17조제1항은 본문에서 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다고 규정하면서 그 단서에서 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급세액으로 한다고 규정하고 있으며,동법 제12조제1항 제17호, 같은 법 시행령 제38조, 같은 법 시행규칙 제11조의 5 및 같은 법 시행령 부칙(대통령령 제14081호, 93.12.31 개정) 제1조의 규정을 모아보면, OO협동조합법에 의한 조합과 그 중앙회가 특별시·광역시 및 시지역에서 소매업을 영위하는 부분에 대하여는 94.7.1부터 부가가치세를 과세토록 규정하고 있음을 알 수 있다.

(2) 한편, 부가가치세법 시행규칙 부칙(재무부령 제1957호, 93.12.31) 제6조 제1항은 「제11조의 5 제1항의 규정에 의한 별표 5중 제5호, 제6호, 제15호, 제16호 및 제19호의 면세사업의 범위란의 개정규정에 의하여 면세사업자에게 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자로서 이 규칙 시행일 현재 당해 사업과 관련하여 취득한 상품 등 재고품(세금계산서 수취분에 한한다)에 대한 매입세액을 공제받고자 하는 자는 94.7.25 까지 소관세무서장에게 신고하여야 한다」라고 규정하고 있고,제2항은 「제1항의 규정에 의한 사업자가 신고한 재고품에 대하여는 법 제17조 제1항의 규정에 의한 매입세액을 계산하여 이 규칙 시행 후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다」라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 관계법령의 규정을 종합하면, 농·임·수·축협 및 공무원연금관리공단의 소매사업에 대하여는 부가가치세를 면제하여 왔으나 사경제부분과의 경합 등을 고려하여 94.7.1부터 부가가치세를 과세하도록 하였는 바, 면세사업에서 과세사업으로 전환시 재고품 매입세액은 6월간 거래에 대한 납부할 세액(매출세액-매입세액)을 한도로 공제하고 이를 초과하는 재고매입세액은 환급하여 주지 않겠다는 것이 위 법령규정의 취지로 해석된다.(국심 95중3265, 95.12.22 같은 뜻임)

(2) 따라서, 청구법인이 신고한 재고매입세액중 6개월간의 거래에 대한 납부세액의 범위를 초과하는 쟁점매입세액을 환급거부한 처분청의 처분은 타당하다고 판단된다.

라. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.