토지소유자와 건물소유자가 상이한 경우 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부(경정)

토지는 나대지가 아닌 건축물이 있는 토지로서 토지의 양도에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하지 아니한 처분은 사실조사에 있어 잘못이 있다고 판단됨.

1. 사실 및 원처분개요청구인은 경상남도 마산시 회원구 OO동 OOOOOO 대지 188㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1979.10.24 청구외 OOO로부터 취득하여 1991.12.13 청구외 OOO에게 양도하였으나 자산양도차익 예정신고 및 확정신고를 하지 아니 하였다.처분청은 청구인이 양도한 쟁점토지의 양도차익을 계산하여 1993.10.2 청구인에게 1991년도 귀속 양도소득세 51,569,200원을 결정 고지하였다.청구인은 이에 불복하여 1993.11.29 심사청구를 거쳐, 1994.3.7 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장

(1) 청구인은 1980년 이전에 쟁점토지를 청구외 OOO에게 양도하였으나, 청구외 OOO이 이를 등기하지 아니하고 청구외 OOO에게 미등기 양도하였으므로 쟁점토지의 양도시기는 1980년으로 보아야 한다.

(2) 비록 쟁점토지의 양도시기를 등기부상 소유권이전 등기신청 접수일인 1991.12.13로 보더라도 쟁점토지위에는 주택이 있으므로 양도소득세 계산시 장기보유특별공제를 하여야 한다.

나. 국세청장 의견청구인은 쟁점토지를 1980년 이전에 청구외 OOO에게 양도하였다고 주장하면서 청구외 OOO의 확인서를 제출하고 있으나 객관적으로 양도시기를 인정할 수 있는 증빙이 없으며 청구외 OOO이 소유권이전등기를 지연할 만한 특별한 사유도 없는바, 등기부상 소유권이전등기 접수일을 양도시기로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건의 쟁점은

(1) 쟁점토지의 양도시기가 언제인지 여부와

(2) 장기보유특별공제를 하여 양도소득세를 계산하여야 하는지 여부에 다툼이 있다.

나. 쟁점(1)에 대하여먼저 관련법령을 보면소득세법 제27조및 같은 법 시행령 제53조에 양도 또는 취득시기는 대금을 청산한 날로 하되 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 하고 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있다.다음으로 사실관계를 보면

(1) 쟁점토지의 등기부등부등본에 의하면 청구인은 1979.10.24 쟁점토지를 청구외 OOO로부터 취득하여 1991.12.13 청구외 OOO에게 소유권이전등기를 경료한 사실이 확인된다.

(2) 쟁점토지위에는 마산시가 1978.11.17 신축하고 1978.12.29 소유권보존등기를 한 국민주택(71.07㎡)이 있음이 건물 등기부등본에 의하여 확인되며, 위 주택의 건축물과세대장에 의하면 1980.7.11 청구외 OOO이 소유자로 등재되어 있다가 1991.11.27 청구외 OOO 명의로 변경된 사실이 있으며 위 주택의 등기부등본에 의하면 1991.12.28 마산시로부터 청구외 OOO에게 소유권이 이전된 것으로 나타나며 청구인과 청구외 OOO은 위 주택에서 거주한 사실이 없음이 주민등록표 등본에 의하여 확인된다.

(3) 청구인은 쟁점토지를 1980년도에 청구외 OOO에게 양도하였다는 입증자료로 청구외 OOO, OOO, OOO의 거래사실확인서를 제출하고 있으나 그 양도사실을 확인할 수 있는 객관적인 증빙은 없다.위 법령과 사실관계를 모두어 살펴보면청구인은 쟁점토지위에 청구외 OOO 명의의 주택을 건립하여 OOO이 1986년까지 거주한 사실이 있는 것을 미루어 보아 청구외 OOO에게 1980년도 이전에 양도한 것을 인정하여 달라는 주장을 하고 있으나,

(1) 쟁점토지위의 주택은 청구인이 쟁점토지를 취득하기 전에 마산시가 신축한 것이고 청구외 OOO은 다만 건축물과세대장상에 1980.7.11부터 주택의 소유자로 등재되어 있어 청구인이 쟁점토지를 1980년 이전에 청구외 OOO에게 양도하였고 청구외 OOO이 쟁점토지위에 주택을 신축하였다는 청구주장은 사실과 다르며

(2) 청구인은 쟁점토지의 양도시기를 분명히 확인할 수 있는 매매계약서 등은 제시하지 아니하면서 단지 청구외 OOO, OOO의 “1980년 이전에 쟁점토지를 양도하였다”는 사실확인서를 제시하고 있으나 이 것만으로는 쟁점토지의 양도시기가 불분명하다 할 것이므로 등기부상 소유권이전 등기접수일인 1991.12.13을 양도시기로 보아 위 양도소득세를 과세한 처분은 타당하다고 판단된다.

다. 쟁점(2)에 대하여(1)소득세법 제23조제2항 제2호에 대통령령이 정하는 토지를 제외한 양도자산의 보유기간이 5년 이상인 것에 대하여는 장기보유특별공제액을 양도가액에서 필요경비로 공제한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제46조의 3에「법 제23조 제2항에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 나대지(재무부령이 정하는 무허가 건축물이 정착되어 있는 것을 포함한다)와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적(당해 건축물의 연면적을 건축법에 의한 당해 지역의 용적율로 나눈 면적의 100분의 120에 해당하는 면적이 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적보다 클 때에는 이를 기준으로 한 면적)을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 양도일 현재토지초과이득세법 제8조의 규정에 의한 유휴토지등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니하다.」고 규정하고 있다.

(2) 위 쟁점(1)의 사실관계에서 본 바와 같이 쟁점토지위에는 무허가주택이 아닌 마산시가 1978.11.17 건축한 국민주택(71.07㎡)이 있었음이 건물등기부등본 및 건축물과세대장에서 확인되는 바, 장기보유특별공제액이 양도차익에서 공제되기 위하여는 그 지상에 반드시 자기 소유의 건물이 있어야만이 된다는 것이 아니고 타인 명의의 건물이 있어도 나대지에 해당하지 아니하는 것으로 보아야 할 것이므로(대법원 92누4291, 1992.6.26 등도 동지임) 쟁점토지는 나대지가 아닌 건축물이 있는 토지로서 쟁점토지의 양도에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하지 아니한 처분은 사실조사에 있어 잘못이 있다고 판단된다.

따라서 이 건 청구주장은 일부 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.