부가가치세 과세대상 여부(취소)

기존 유권해석에 따라 문화재 지표조사용역을 면세대상으로 알고 부가가치세를 신고한 것으로 보이므로 청구 이후 신고하는 분부터 과세대상 용역으로 보아 과세하는 것이 타당함

1. 처분개요

가.처분청은 2002.1기～2004.2기 과세기간중 청구법인이 주식회사 OOOOOOO 등에 공급가액 436,510,000원 상당의 문화재 지표조사용역 등을 제공하고 부가가치세 면세용역으로 신고한 사실에 대하여, 동 지표조사용역을 과세용역으로 보아 2005.5.9. 청구법인에게 부가가치세 2002년 1기분 2,879,780원, 2002년 2기분 1,028,120원, 2003년 1기분 14,303,140원, 2003년 2기분 11,553,390원, 2004년 1기분 18,528,120원, 2004년 2기분 11,835,290원을 결정고지하였다.

나. 청구법인은이에 불복하여 2005.8.8. 이의신청을 거쳐 2005.12.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 2002년 1기～2004년 2기 과세기간중 주식회사 OOOOOOO 등에 공급한 문화재 지표조사용역은부가가치세법 제12조제1항 제16호의 규정에 의거 부가가치세 면세용역에 해당되고, 이 건 지표조사 용역에 대한 부가가치세 과세는 문화재청에 지표조사기관으로 지정ㆍ고시된 145개 기관에 동일하게 연관된 사안으로 동일한 용역을 수행한 타 대학법인은 면세로 처리하는 등 과세의 형평성 측면에서 불합리한 측면이 있으므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

부가가치세법 시행령 제37조제1호에 의하면 학술연구용역의 제공이 부가가치세가 면세되기 위하여는 동법 시행령 규정에 의거 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서상속세 및 증여세법시행령 제12조각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역 등으로 이에 따른 요건을 동시에 충족하여야 하는 바, 청구법인이 제공한 문화재 지표조사 및 발굴조사용역은 위 법령규정에 따른 면세요건을 충족하지 못하였으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 제공하는지표조사용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)부가가치세법 제12조【면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

16. 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 영역으로서 대통령령이 정하는 것(2)부가가치세법 시행령 제37조【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】 법 제12조 제1항 제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서상속세 및 증여세법시행령 제12조각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 산하기관인 OOOOOOOO(OO OOOOOOOOOOOO OO)이 2002년 1기～2004년 2기 과세기간중 주식회사 OOOOOOO 등에 공급가액 436,510,000원 상당의 문화재 지표조사용역 등을 제공하고 부가가치세 면세용역으로 신고한 사실에 대하여, 처분청은 동 지표조사용역을 과세용역으로 보아 2005.5.9. 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세처분한 사실이 처분청 심리자료에 나타난다.

(2) 청구법인은 위 과세기간중 주식회사 OOOOOOO 등에 공급한 문화재 지표조사용역은부가가치세법 제12조제1항 제16호의 규정에 의거 부가가치세 면세용역에 해당됨에도 이 건 과세처분한 사실은 부당하다고 주장하므로 이에 대해 살펴본다. (가)청구법인이 제시한 OOOOO 운영규정에 의하면 OOOOOOOO은 문화재청에 문화재 지표조사기관으로 지정된 기관으로서매장문화재 관련사업의 시행, 매장문화재에 대한 지표, 발굴조사 및 과학적인 보존관리, 학술사업과 연구서 발간, 매장문화재 발굴 관련기관과의 협력 및지원, 국가 및 지방자치단체로부터 위탁받은 사업 등이 포함되어 있다. (나) OOOOOOOO이매장문화재 지표조사용역 현황을 살펴보면, 동 과세기간중 23건에 해당하는 지표조사를 하고 436,510,000원의 용역료를 받은 사실이 확인된다. (다) OOOOOOOO이 수행하는 지표조사 용역 등의 수행절차를 살펴보면문화재보호법 제44조및 제74조의 2에 의하여 사업면적 3만㎡ 이상의 건설공사 등 대규모 개발사업의 사업시행자는 문화재청에 문화재 지표조사기관으로 지정·고시된 기관과 지표조사 계약을 체결하여야 하고 지표조사기관은 시·도지사를 거쳐 문화재청장의 승인을 얻은 후 지표조사를 시행하도록 하며, 지표조사 결과 매장문화재의 부존 가능성이 있는 경우에는 다시 사업시행자가 OOOOOOOO과 같은 문화재청장이 지정·고시한 발굴기관과 시굴 및 발굴조사 계약을 체결하여 문화재청장의 승인을 얻 어 시굴 및 발굴조사를 하고, 발굴조사가 완료된 경우에는 발굴조사보고서를 작성하여 문화재청장에게 제출하도록 규정하고 있다.

(라) 한편, 면세관련 법령인부가가치세법 제12조및 같은 법 시행령 제37조를 살펴보면, 종교 자선 학술 구호단체 등 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역은 면세하며, 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함한다고 규정하고 있다. (마) 이상과 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 볼 때, OOOOOOOO이 위부가기치세법 제12조의 적용을 받는 학술연구단체에는 해당하나지표조사·시굴조사 및 발굴조사의 일련의 매장문화재 발굴조사과정중 지표조사는 사업면적 3만㎡ 이상의 건설공사 등 대규모 개발사업에는 의무적으로 수행하도록 규정되어 있을 뿐만 아니라 조사용역료도 개발사업자가 부담하도록 문화재보호법에 규정되어 있어 동 조사용역등을 OOOOOOOO의고유목적사업을 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 용역으로 보기는 어려우며,또한, OOOOOOOO의 운영규정상 사업내용에 학술사업과 연구보고서 발간이 포함되어 있으나 OOOOOOOO은 지방자치단체를 포함하여 건설회사 등에 여러차례에 걸쳐 지표조사용역 등을 제공한 것으로 보아 동 지표조사용역 등이 순수하게 학술연구의 성격이 있다고 인정하기는 어렵다고 보이므로 청구법인이 비록 비영리내국법인이기는 하나 청구법인이 제공하는 매장문화재 지표조사용역을 면세로 보기는 어려운 것으로 보인다.

따라서, 청구법인이 제공하는 지표조사 등 일련의 발굴용역은 부가가치세법상 과세대상이 되는 용역의 공급으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.다만, 청구법인은 면세사업자로 거래상대방으로부터 부가가치세를 거래징수하지 아니하였고, 국세청의 유권해석(OO OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO)도 매장문화재 발굴용역중 발굴조사 용역이면세에 해당한다고 해석함에 따라 매장문화재 발굴용역 모두를 면세대상 용역으로 알고 부가가치세 신고를 한 것으로 보여지므로 신의성실의 원칙에 따라 거래상대방으로부터 부가가치세를 징수하지 아니하고 면세로 신고한 분에 대해서는 소급하여 부가가치세를 과세하지 아니하되, 이 후 청구법인이 제공하는 지표조사, 시굴조사 및 발굴조사 용역에 대해서는 앞으로 신고하는 분부터 과세대상 용역으로 보아 부가가치세를 과세하는 것이 타당한 것으로 보여진다.

따라서, 청구법인이 면세대상 용역으로 신고한 2002년 제1기분부터 2004년 제2기분까지의 지표조사 용역을 과세대상 용역으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.