기준시가에 의하여 양도소득세를 경정결정한 처분의 당부 및 개별공시지가와 장기보유특별공제의 적정성 여부(기각)

건물의 대지로 하여 **.3.24 건축허가를 받아 **.8.25 준공한 사실이 확인되며, 청구인은 건물이 준공된 후 토지③을 취득하였고 토지③은 건물의 대지가 아닐 뿐만 아니라 청구인이 취득한 시기도 건물이 준공된 후이므로 토지③도 건물의 부속토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장은 이유 없음

1. 사실 및 처분개요 청구인은 86.10.15 경기도 군포시 OO동 OOOOO 전 2,886㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다)와 같은동 OOOOOO 전 2,354㎡(이하 “쟁점토지②”라 한다)를 취득하고, 87.9.14 같은동 OOOOOO 답 416㎡(이하 “쟁점토지③”이라 한다)를 취득하여 94.9.29 위 쟁점토지들 전부를 청구외 OOO에게 양도하였다. 처분청은 94.6.30 고시된 쟁점토지들의 개별공시지가에 의하여 96.3.15 청구인에게 94년 귀속 양도소득세 548,614,480원을 결정고지하였다. 그후 청구인은 97.4.9 쟁점토지들의 실지거래가액에 관한 증빙을 처분청에제출하였다. 처분청은 쟁점토지②의 94년 개별공시지가 95.9.22 경정(183,000원/㎡ -

▶337,000원/㎡)된 사실을 확인하고 그 경정된 개별공시지가에 의하여 97.10.23 같은 양도소득세 144,045,910원을 추가 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.10.31 심사청구를 거쳐 98.2.12 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 가. 기준시가에 의하여 양도소득세를 경정결정함은 부당하다. 소득세법시 행 령 제166조 제4항 제3호는 “양도자가 양도소득세 및 세액의 결정일이내에 증빙서류를 갖추어 양도 당시 및 취득 당시의 가액을 관할세무서장에게 신고하는 경우”에는 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 과세한다고 규정하고 있고, 청구인은 이 건 경정결정전인 97.4.9 실지거래가액에 관한 증빙을 처분청에 제출하였다. 따라서 당초 결정시는 기준시가에 의하여 과세하였더라도 청구인이 실지거래가액에 관한 증빙을 제출한 후의 이 건 경정결정에 있어서는 실지거래가액에 의하여야 함에도 기준시가에 의하여 경정결정한 처분은 부당하다.

나. 95.9.22 경정된 94년 개별공시지가를 적용함은 부당하다. 쟁점토지②의 양도 당시 고시되어 있던 94년 개별공시지가는 94.6.30 고시된 것이었는데 양도 후인 95.9.22 경정된 94년 개별공시지가를 적용함은 부당하다.

다. 쟁점토지③에 대하여 장기보유특별공제를 배제함은 부당하다. 청구외 (주)OO산업은 청구인으로부터 쟁점토지①, ②, ③을 임차하여 그 지상에 공장건물(1,052.88㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 건축하였다. 쟁점토지 ①, ②, ③은 한 울타리내의 토지로서 쟁점건물의 부속토지로 사용되다가, 쟁점건물과 함께 청구외 OOO에게 일괄 양도되었다. 따라서 쟁점토지③도 쟁점건물의 부속토지이므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

3. 국세청장 의견 가. 기준시가에 의하여 양도소득세를 경정결정한 처분에 대하여 소득세법시행령 제166조 제4항 제3호 및 같은법 시행규칙 제82조 제2항에서 “양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일”이라 함은 양도소득에 대한 “최초의 확정결정일”을 의미한다 할 것이다. 처분청은 96.3.15 양도소득세를 확정결정하였고, 청구인은 97.4.9 실지거래가액에 관한 증빙을 제시하였으므로 “결정일” 전에 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 신고한 것으로 볼 수 없다. 따라서 처분청이 당초 기준시가에 의하여 양도소득세를 결정하였다가 기준시가를 정정하여 이를 경정한 이 건 처분은 정당하다.

나. 95.9.22 경정된 94년 개별공시지가를 적용한 처분에 대하여 군포시장의 개별공시지가 회시(지적 58323-433, 97.4.1) 및 과년도 경정 필지 심의조서에 의하면, 쟁점토지②의 94년 개별공시지가는 당초 183,000원/㎡으로 결정하였다가 95.9.22 인근 토지의 지가와 균형을 맞추기 위하여 337,000원/㎡로 경정하였음이 확인된다(93년 개별공시지 가는 355,000원/㎡ 이었음). 따라서 쟁점②의 양도가액을 95.9.22 경정된 94년 개별공시지가로 한 것은 정당하다.

다. 쟁점토지③이 장기보유특별공제 대상인지 여부 건축물관리대장에 의하면 청구의 (주)OO산업은 87.8.25 군포시 OO동 OOOOOOO(쟁점외 토지), 쟁점토지①, 쟁점토지②에 쟁점건물을 신축하였고, 청구인은 87.9.14 쟁점토지③을 취득한 점과 쟁점건물의 소유자도 다른 점, 양수자도(주)OO산업이 아닌 점에 미루어 보아 쟁점토지③은 쟁점건물과 별개의 부동산이라 할 것이므로 장기보유특별공제의 대상이 아니라고 판단된다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 기준시가에 의하여 양도소득세를 경정결정한 처분의 당부

(2) 95.9.22 경정된 94년 개별공시지가를 적용한 처분의 당부

(3) 쟁점토지③이 장기보유특별공제 대상인지 여부 나. 관련 법령

(1) 소득세법시행령(95.12.30 대통령령 제14860호로 개정된 것) 제166조 (양도차익의 산정) 제4항 제3호는 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있으며, 같은 영 부칙 제1조는 “이 영은 96.1.1부터 시행한다”고 규정하고 있고, 그 제8조(양도소득에 관한 적용례) 제2항은 “제166조의 개정규정은 이 영 시행후 양도소득금액을 결정하는 것부터 적용한다”고 규정하고 있다.

(2) 소득세법시행령(94.12.31 대통령령 제14467호로 개정되기 전의 것) 제115조(기준시가의 결정) 제1항 제1호 가목은 토지의 경우에는 개별공시지가를 기준시가로 규정하고 있고, 그 제6항은 제1항 제1호를 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다고 규정하고 있다.

(3) 같은 영 제46조의 3(장기보유특별공제대상에서 제외되는 토지)은 나대지에 대하여는 장기보유특별공제를 적용하지 아니하도록 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 청구인은 처분청이 96.3.15 기준시가에 의하여 쟁점토지들에 대한 양도소득세를 결정할 때까지 증빙을 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 처분청에 신고한 바 없으므로 처분청이 96.3.15 기준시가에 의하여 양도소득세를 결정고지한 데에는 달리 잘못이 없다 할 것이다. (나) 한편 청구인은 그후 97.4.9 실지거래가액에 관한 증빙을 처분청에 제출하였으나, 그 제출은 이미 처분청이 기준시가에 의하여 양도소득세를 결정고지한 후이므로 효력이 없는 것이라 할 것이다. (다) 그리고 처분청이 당초 기준시가에 의하여 양도소득세를 결정한 것이 정당한 이상 그 다음에 기준시가 적용상의 오류를 수정하여 경정결정을 함에 있어서도 그 양도차익의 산정방법은 마찬가지로 기준시가에 의하는 것이며, 이는 청구인이 적법한 제출기한이 경과한 후에 실지거래가액에 관한 증빙을 제출하였다하여 달리할 것이 아니다. 따라서 처분청이 96.3.15 당초 결정시 확정된 기준시가에 의한 양도차익의 산정방법으로 쟁점토지②의 개별공시지가 적용상의 오류만을 수정하여 97.10.23 경정결정을 한 처분에는 잘못이 없다 할 것이다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다. (가) 쟁점토지②의 94년 개별공시지가는 당초 94.6.30 결정고시(183,000원/㎡)되었다가 95.9.22 경정(337,000원/㎡)되었다(경정사유 : 군포시의 개별공시지가 회시공문 및 과년도 경정필지 심의조서에 의하면, 인근지가와 균형이 맞게 조정하기 위하여 경정한 것임. 93년 개별공시지는 355,000원/㎡이었음). (나) 9도 9.22 경정한 지가는 새로운 개별공시지가가 아니라 당초 94.6.30 고시한 94년 개별공시지가를 수정한 것이므로, 그 경정으로 인하여 경정전의 개별공시지가는 소급하여 그 효력을 상실하고 경정후의 개별공시지가가 소급하여 그 효력을 발생하는 것이라 할 것이다(국심 95구 666, 95.5.29, 대법원 93누 16925, 93.12.7 같은 뜻임). (다) 따라서 처분청이 그 경정된 쟁점토지②의 94년 개별공시지가에 의하여 양도소득세를 경정한 처분은 정당하다 할 것이다.

(3) 쟁점(3)에 대하여 본다. (가) 쟁점건물의 건축물대장에 의하면 쟁점건물은 청구외 (주)OO산업이 청구인 소유인 군포시 OO동 OOOOO 전 272㎡(쟁점외 토지, 92.4.2 OOOO공사 수용), 쟁점토지

① 및 쟁점토지②를 쟁점건물의 대지(쟁점토지③은 쟁점건물의 대지 아님)로 하여 87.3.24 건축허가를 받아 87.8.25 준공한 사실이 확인되며, 청구인은 쟁점건물이 준공된 후인 87.9.14 쟁점토지③을 취득하였다. (나) 따라서 쟁점토지③은 쟁점건물의 대지가 아닐 뿐만 아니라 청구인이 취득한 시기도 쟁점건물이 준공된 후이므로 쟁점토지③도 쟁점건물의 부속토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장은 이유 없다 할 것이다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.