냉동공장 및 창고가 면세재화의 공급에도 사용되는 것으로 보아 동 공장에 관련되는 매입세액을 재계산하여 매입세액 불공제하고 과세한 처분의 당부(기각)

냉동공장 및 창고 관련 매입세액은 과세재화와 면세재화에 공통으로 관련되는 매입세액이라 할 것이어서 처분청이 관련규정에 의하여 불공제되는 면세관련매입세액을 재계산하고 위와 같이 과세한 처분에는 잘못이 없음.

1. 처분개요

청구법인은 수산물제조 및 판매업 등을 영위하는 사업체로서 충남 서천군 장항읍에 냉동공장 및 창고를 신축하면서 1991년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 발생된 건축공사비에 대한 매입세액 48,732,986원을 전액 과세사업관련 매입세액(면세비율 0%)으로 공제하고 1992년 제1기 과세기간 중에 발생된 시설투자비에 대한 매입세액 9,729,973원 중 5,904,273원(면세비율 39%)을 과세관련 매입세액으로 공제하여 1991년 제2기 및 1992년 제1기 부가가치세를 각각 신고납부하였다. 처분청은 1992년 제1기 과세기간중의 매출액구성이 과세대상 110,893,028원, 면세대상 172,475,000원으로서 면세비율이 61%로 증가 되었다하여 위 매입 세액 중 면세관련 매입세액으로서 불공제되는 부분을 재 계산하고 1992.12.16 청구법인에게 이에 따라 경정한 부가가치세 1991년 제2기분 26,936,890원, 1992년 제1기분 1,204,870원을 부과하였다. 청구법인은 위 처분에 불복하여 1993.2.13 심사청구를 거쳐 같은 해 5.26 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장과 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 충남 서천군 장항읍에 신축한 냉동공장 및 창고가 면세재화의 공급과도 관련이 있는 것으로 보아 위 냉동공장 및 창고의 신축 등과 관련된 매입세액 중 면세재화의 비율에 상당하는 매입세액을 불공제하여 위와 같이 처분하였으나, 청구법인의 면세재화공급가액은 미가공수산물(대하)을 구입하여 OO OOO 공판장에서 판매한 것으로서 위 냉동공장 및 창고와는 전혀 관련이 없음에도 불구하고 위와 같이 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견 처분청이 제시하는 [자연산 대하구입 현황]에 의하여 자연산 대하의 판매과정을 보건대, 자연산 대하가 청구법인의 냉동창고에 입고된 후 일정한 작업을 거쳐서 OO OOO 공판장에 출하되고 있음이 확인된다. 따라서 위 냉동공장 및 창고는 과세재화 뿐만 아니라 면세재화인 자연산 대하의 공급에도 함께 사용되고 있으므로 위 냉동공장 및 창고 관련 매입세액은 과세재화와 면세재화에 공통으로 관련되는 매입세액이라 할 것이어서 처분청이 관련규정에 의하여 불공제되는 면세관련매입세액을 재계산하고 위와 같이 과세한 처분에는 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

위 냉동공장 및 창고가 면세재화의 공급에도 사용되는 것으로 보아 동 공장에 관련되는 매입세액을 재계산하여 매입세액 불공제하고 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련규정 부가가치세법 제17조 제4항 및 동법시행령 제63조 제1항에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 매입세액이 공제된 후 총공급가액에 대한 면세되는 공급가액의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간의 비율보다 증가되는 경우의 감가상각자산에 한하여 공제되는 매입세액을 재계산할 수 있는 것으로 되어 있다.

다. 사실관계

청구법인은 위 냉동공장 및 창고가 면세되는 재화인 자연산 대하의 공급과는 전혀 관련이 없다고 주장하나, 처분청에서 조사한 바에 따르면 청구법인은 자연산 대하를 위 냉동창고에 반입하여 일정한 작업과정을 거쳐 OO OOO 공판장에서 판매하는 사실을 인정할 수 있고 또한 청구법인 역시 1992년 제1기 부가가치세를 신고함에 있어서 위 냉동공장 등이 면세재화에도 사용되고 있는 것으로 하여 위에서 보는 바와 같이 관련매입세액 중 면세재화 비율(39%)에 상당하는 부분을 불공제하여 신고하였음을 알 수 있다. 따라서 위 냉동공장 및 창고는 면세재화인 대하의 공급과도 관련이 있다 할 것이어서 청구법인의 주장은 이유 없다.

라. 결론 그렇다면 위 냉동공장 등이 면세재화의 공급을 위하여도 사용되고 있는 것으로 하여 위 관련규정에 따라 관련매입세액 중 면세되는 공급가액에 상당하는 부분을 재계산하고 위와 같이 과세한 처분에는 잘못이 없다. 따라서 이 심판청구는 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 , 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.