토지의 양도에 대한 양도소득세 감면의 종합한도액 및 감면비율을(기각)

청구인은 토지에 대한 감면세액을 토지의 사업인정고시일 당시에 시행된 조세감면규제법 제88조의 2 에 의하여 3억원을 감면하여야 한다고 주장하고 있으나, 처분청이 토지의 협의수용 당시에 시행된 조세감면규제법 제119조 와 같은 법 부칙 제16조 제8항, 제9항 및 같은법시행령 제110조 에 의거 감면한 당초처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

청구인은 92.12.28 OO동 택지개발사업용 토지로 사업인정고시(건설부 공고 제432호)된 서울특별시 노원구 OO동 OOOOOOO외 10필지 2,278.5㎡(별지 내역 참조, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 94.7.5 서울특별시에 양도(협의수용)하고, 95.5.25 감면세액을 300,000,000원으로 하여 양도소득세액면제신청과 함께 과세표준확정신고를 하였다.처분청은 쟁점토지의 양도에 대하여 협의수용 당시에 시행된조세감면규제법 제119조와 같은법 부칙(93.12.31 법률 제4666호) 제16조 제8항, 제9항 및같은법시행령 제110조에 의거하여 196,142,895원의 세액을 감면하는 것으로 하여 96.3.16 청구인에게 94년 귀속분 양도소득세 124,419,750원을 결정고지 하였다.청구인은 이에 불복하여 96.5.16 심사청구를 거쳐 96.9.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구 주장쟁점토지는 청구인의 선택이나 협의와는 관계없이 강제적으로 사업인정고시하여 정부의 사업진척도에 따라 편의적으로 수용된 것이므로 납세자의 법적안정성 및 재산권 보호를 위하여 사업인정고시당시의 법을 적용하거나 그렇지 않으면 경과규정을 두어 일정기간내에 양도하는 경우에는 사업인정고시 당시의 법규정에 의한 혜택을 받도록 하여야 할 것이므로, 처분청이 쟁점토지의 사업인정고시(92.12.28) 당시의조세감면규제법 제88조의 2에 의하여 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면한도액을 300,000,000원으로 하여야 한다.

나. 국세청장 의견청구인은 쟁점토지에 대한 감면세액을 쟁점토지의 사업인정고시일 당시에 시행된조세감면규제법 제88조의 2에 의하여 3억원을 감면하여야 한다고 주장하고 있으나, 처분청이 쟁점토지의 협의수용 당시에 시행된조세감면규제법 제119조와 같은 법 부칙 제16조 제8항, 제9항 및같은법시행령 제110조에 의거 감면한 당초처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점이 건 심판청구의 다툼은 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세 감면의 종합한도액 및 감면비율을 가리는데 있다.

나. 관계법령구소득세법 제27조(94.12.22 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 및같은법시행령 제53조(양도 또는 취득시기) 제1항 제1호에서 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 확인되는 경우 그 자산의 대금청산일로 한다고 규정하고 있고,93.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의조세감면규제법 제88조의 2(양도소득세감면의 종합한도)는 공공사업용토지등의 양도로 인하여 감면받는 양도소득세의 합계액이 과세기간별로 300,000,000원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 않는 것으로 규정되어 있었으나 93.12.31 법률 제4666호로 개정된조세감면규제법 제119조에서는 공공사업용토지등의 양도로 인하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 100,000,000원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니하는 것으로 규정하고 있으며,같은법 부칙(93.12.31 법률 제4666호로 개정된 것) 제16조 제3항에는 “이 법 시행전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 양도소득세등이 감면 및 추징등에 관하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 다음 각호에 의한다.

1. 1992년12월31일 이전에 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지 등을 양도한 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

2. 제1호외의 경우로서 93.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등을 양도한 경우에는 종전의 제57조의 규정에 의한다”라고 규정하는 한편,같은조 제8항에는 “이 법 시행당시 내국인이 15년 이전에 취득한 토지등으로서 종전의 제57조 제1항 각호의1에 해당하는 토지등을 1995.12.31이내에 양도하는 경우 양도소득세등의 감면 및 추징등에 관하여는 종전의 제57조·제88조의 2 및 제88조의 3의 규정에 의한다”고 규정하고,제9항에는 “같은과세기간중에 제8항의 규정과 기타의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액등이 함께 있는 경우에 종전의 제88조의 2 또는 제88조의 3의 규정과 제119조 또는 제120조에 규정하는 감면의 종합한도액의 계산에 관하여는 대통령령이 정하는 바에 의한다”고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

쟁점토지는 92.12.28 택지개발지역으로 사업인정고시된 지역내의 토지로서 94.7.5 서울특별시(도시개발공사)에 양도(협의수용)되고 대금(보상금)을 수령한 사실에 대하여서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없고,다만, 청구인은 공공용지등의 용도지정은 정부의 일방적인 공권력의 행사로서 사업인정고시 이후 용도지역내의 토지소유자는 양도, 지상권 설정등의 재산권 행사가 제한 될 뿐만 아니라 정부의 사업진척도에 따라 수용되는 것이므로 쟁점토지의 양도에 대하여 적용될 법령은 협의수용 당시의 법령이 아니라 사업인정고시 당시의 법령이 적용되어야 한다고 주장하고 있다. 살피건대,조세감면규제법 제63조제1항 제3호에 의하여 공공사업용 토지등이 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용되는 경우 그 토지의 양도시기는소득세법시행령 제53조의 규정에 따라 협의수용시라 할 것이고, 비록 사업인정고시에 의하여 용도지역내의 토지에 대한 재산권 행사에 제한을 받더라도 법령의 특별한 규정이 없는 한 양도당시의 법령을 적용하여야 할 것이다(같은 취지: 국심95경2430, 96.1.11).

그리고,조세감면구제법 제119조와 같은법 부칙 제16조를 검토하여 보면,조세감면규제법 제63조제1항과 부칙 제16조 제3항은 공공사업용 토지의 양도로 인하여 발생한 소득에 대한 양도소득세의 감면비율에 관한 규정들이고,같은법 제119조는 양도소득세 감면의 종합한도액을 설정한 규정으로서 각기 그 입법목적과 규율하는 사항을 달리하므로 양자는 일반법과 특별법의 관계 또는 우선적용관계에 있는 것이 아니라 각기 별도로 적용되는 것이라 할 것인 바, 같은법 부칙 제16조 제3항에 의한 면제의 경우도 양도소득세 감면 종합한도의 적용대상이 되므로 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용되는 경우 부칙 제16조에 의하여 92.12.31 이전에 사업인정고시되어 양도되는 경우에는 양도소득세를 전액 면제하되, 그 감면될 양도소득세액의 합계액이 연간 100,000,000원을 초과하는 경우에는 그 초과부분은 감면되지 아니하는 것으로 해석된다(같은 취지 : 국심 95경 2430, 96.1.11, 대법원 판례 93누18761, 94.4.15).

따라서 청구인이 93.12.31 이전에 사업인정고시 되었음을 이유로 사업인정고시 당시에 시행된조세감면규제법 제88조의 2의 양도소득세 감면의 종합한도액인 300,000,000원을 공제하여야 한다는 주장은 이유 없고, 처분청이소득세법시행령 제53조의 규정에 따라 쟁점토지의 협의수용에 따른 보상금수령일인 94.7.5을 쟁점토지의 양도시기로 보아 협의수용 당시 시행된조세감면규제법 제119조및 같은법 부칙 제16조 제8항, 제9항에 의거하여 196,142,895원의 세액을 감면하여 양도소득세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.【별 지】쟁점토지 내역

연 번

소 재 지

지 번

지 목

면적(㎡)

1

서울특별시 노원구 OO동

OOOOOOO

대지

1,150

2

OOOOOOO

임야

469

3

OOOOOOO

전

71

4

OOOOOOO

임야

97

5

OOOOOO

대지

78.5

6

OOOOOO

대지

47

7

OOOOOO

대지

327.5

8

OOOOOOO

대지

6

9

OOOOOOO

대지

11.5

10

OOOOOOO

대지

14.5

11

OOOOOOO

대지

6.5