등록 전 매입세액 여부(경정)

중간지급조건부에서 사업자등록 신청일의 공정도가 59%라 하여 이에 상응하는 공급가액을 등록 전 매입세액으로 본 것을 부인한 사례

1. 원처분 개요 청구인은 제주시 OO동 OOOOO 소재에 복합상가 신축공사(이하 “쟁점복합상가”라 한다)를 신축하기 위하여 청구외 OO종합건설(주)(이하 “청구외 법인”이라 한다)와 도급금액 503,000,000원(부가가치세 포함)에 건설공사도급계약을 체결하여 1997.10.16 착공하고 위 청구외 법인이 1998.3.31 발행한 공급가액 263,636,363원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부 받아 26,363,636원을 매입세액으로 하여 21,561,068원의 부가가치세 환급신청을 한데 대하여, 처분청은 청구인이 1998.3.17 부동산 임대 업에 대한 사업자 등록을 신청하여 1998.3.30 사업자 등록증을 교부 받았으나 청구인이 1998.3.31 교부받은 세금계산서상 공급가액 263,636,363원 중 1998.3.17까지의 공사진척도 59%에 해당하는 229,325,020원의 공급시기는 청구인이 사업자등록을 하기전의 “등록전 매입세액”에 해당된다 하여 관련매입세액을 불 공제하여 1998.5.25 청구인에게 부가가치세 1,618,141원만을 환급 통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1998.7.24 이의신청 및 1998.11.20 심사청구를 거쳐 1999.1.22 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가 청구주장 1998.3.17 사업자등록 신청 시점에서 쟁점복합상가의 건축공정이 50%이상 진행되었다 하더라도 쌍방 기성 확인하여 대금 확정한 건설용역의 공급시기는 1998.3.31로 1998.3.17 이후에 공급시기가 도래하여 등록전매입세액으로 볼 수 없고, 또한, 중도금을 건축공정 50%시 150,000,000원을 지급하는 것으로 약정하여 중도금 150,000,000원을 등록 전 매입세액으로 본다하더라도 이를 초과한 79,325,020원은 등록 전 매입세액으로 볼 수 없다.

나. 국세청장 의견 청구인은 쟁점복합상가의 수급인인 청구외 법인과 쌍방 기성 확인하여 대금 청구하였다고 하나 이를 입증할 수 있는 기성확인내역 및 기성통보서와 대금지불내용 등에 대한 어떠한 구체적인 증빙의 제시 없이 단지 도급계약서만을 제시하고 있을 뿐이며, 처분청과 청구인이 제시하고 있는 쌍방 작성한 공사도급계약서를 살펴보면 대금지급방법으로 계약금 및 선수금에 대하여는 언급이 없으나 건축공정 50%시 중도금 150,000,000원을 지급하기로 하고 이후 잔금은 공정별로 기성하기로 약정되어 있음이 확인된다. 관련법 규정에 의하면, 사업자 등록 전에 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 중간지급조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우 당해 용역의 공급시기는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때로서 이 건 용역의 공급시기는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때인 ‘건축공정 50%시’와 ‘공정별 기성’에 의하여 판단하여야 할 것이므로 청구인이 1998.3.31 교부받은 세금계산서상 공급가액 263,636,363원 중 1998.3.17까지의 공사진척도 59%에 해당하는 공급가액 229,325,020원(건축공정 50%시의 중도금 150,000,000원과 잔금 중 공정별 기성분 79,325,020원)의 공급시기는 1998.3.17 사업자등록을 하기 전에 이미 도래한 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 이 건은 사업자등록일 현재까지의 건축공사 진행분에 대한 매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제5조 【등록】제1항에서는 「신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 내에 사업장관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다」라고 규정하고 있으며, 같은 법 제17조【납부세액】제1항에서는 「사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액」이라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 「다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. ～

4. (생 략)

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액」이라고 규정하고 있다. 한편, 같은 법 제9조【거래시기】제1항에서는 「재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용 가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때」라고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서는 「제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다」고 규정하고 있으며, 또한 같은 법 시행령 제22조【용역의 공급시기】에서는 「법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. (생 략)

2. 완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. ～

4. (생 략)」고 규정하고 있다,

다. 사실관계 및 판단

처분청의 과세자료 등에 의하면, 청구인은 1997.10.2 청구외 법인과 쟁점복합상가 신축을 위한 공사계약을 하면서 대금지급방법(특약사항)에 중도금은 건축공정 50%시 1억 5천만원을 지급하기로 하고 잔금은 공정별로 1억원을 지급하기로 약정한 사실, 청구인은 1998.3.17 사업자 등록신청을 하여 1998.3.30 사업자등록증을 교부 받은 후 1998.3.31 쟁점세금계산서를 교부 받았음을 알 수 있고 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 처분청에서는 청구인이 사업자등록신청을 한 1998.3.17 현재 쟁점복합상가의 건축공정이 59%가 이루어 졌다는 것을 청구외 법인의 작업일정표를 통하여 확인하고 중도금 150,000,000원 및 동 공정별 기성분에 따른 79,325,020원등 공급가액 합계 229,325,020원은 청구인이 사업자등록을 신청하기 전에 공급시기가 도래한 것으로 보아 이에 대한 매입세액을 불 공제하여 이 건 과세하였음을 알 수 있다.

살펴보건대, 사업자가 완성도 기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급계약서상 특정내용에 따라 당해 건설용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사 후 대가의 지급이 확정되는 때를 그 공급시기로 본다(부가가치세법 통칙 2-3-9-9) 할 것이고, 건설공사계약시에 완성도에 따라 기성고 대금을 수차에 걸쳐 지급받기로 하였으나 그 지급일을 명시하지 아니한 경우에는 그 공사 기성고가 결정되어 그 대금을 지급 받을 수 있는 날을 그 공급시기로 본다(부가가치세법 통칙 2-3-7-9)할 것인 바, 청구인이 제시한 공사계약서의 대금지급조건을 보면 중도금은 건축공정 50%시 1억 5천만원을 지급하기로 하고 잔금은 공정별로 1억원을 지급하기로 약정한 사실로 보아 완성도 지급조건부 건설용역이라고 보여지는 이 건의 경우, 청구외 법인이 기성 부분급의 수령을 위한 기성도 확인을 청구인에게 요청하고 이를 확인하여 공사대금을 지급한 시기가 이 건 공사용역의 공급시기라고 보아야 할 것이나, 비록 공사계약시 건축공정 50%시 1억 5천만원을 지급하고 나머지 잔금중 1억원은 공정별로 지급한다고 약정은 하였으나, 청구외 법인에서 청구인에게 공정도 확인을 요청한 사실 또는 청구인이 대금지급을 위한 공정도 확인을 한 사실이 확인되지 않는 반면, 쟁점세금계산서의 발행일은 사업자등록 후인 1998.3.31이라는 사실에 대하여 처분청과 청구인간에 다툼이 없는 바, 쟁점용역의 공급시기는 객관적으로 확인이 가능한 세금계산서를 발행한 날로 보는 것이 합당하다고 할 것(국심 95중3206, 1996.2.15 같은 뜻임)이므로 처분청이 일방적으로 청구외 법인의 내부문서에 기재된 공정도를 근거로 청구인이 사업자등록신청을 한 날의 공정도가 59%라 하여 이에 상응하는 공급가액 229,325,020원을

등록전 매입세액으로 인정하여 본 건 부가가치세 환급통지를 한 처분은 사실조사를 소홀히 한 잘못이 있다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.