비료생산업을 영위하지 아니하는 청구법인이 공급한 상토가 조특법 제105조 제1항 제5호 가목 소정의 비료에 해당하여 부가가치세 영세율이 적용되는지 여부

부가가치세 영세율이 적용되는 농업용기자재로서의 비료는 조특법 제105조 제1항 제5호 등에서 「비료관리법」에 따른 비료로 한정하고 있는 점, 청구법인은 이 건 상토를 공급하면서 「비료관리법」에 따른 비료생산업 등록을 하지 아니한 사실이 확인되었고, 공장등록증명서의 비료생산업 등록절차가 진행 중으로 이 건 과세기간 당시 비료생산업 등록이 이루어지지 아니한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 이 건 상토거래를 부가가치세 영세율 적용대상으로 보기 어려움

1. 처분개요

가. 청구법인은 2008.4.8.부터 상토(床土), 퇴비의 제조 및 판매업을 영위해 온 사업자로, 2016년 제1기 부가가치세 과세기간 중 농민에게 공급한 상토 판매금액 OOO원을 영세율 매출로 신고하고 장비(중기)사용료 등을 매입세액 공제하여 부가가치세 OOO원을 환급받는 것으로 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 부가가치세 조기환급 현장확인을 실시한 결과 청구법인이 공급한 상토가 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제5호 가목에서 영세율 적용대상으로 규정하고 있는 ‘「비료관리법」에 따른 비료’에 해당하지 아니하는 것으로 보아 공급가액 OOO원에 대한 영세율 적용을 배제하여 2016.11.11. 청구법인에게 2016년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.1.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 공급한 상토는 「농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정」(이하 “농업용기자재 영세율 특례규정”이라 한다) 제3조 제1항 괄호에서 규정하는 ‘비료와 육묘용 흙을 혼합하여 공급한 것’이므로, 「비료관리법」에 따른 비료생산업의 등록요건을 충족하지 않더라도 영세율을 적용받을 수 있다.

나. 처분청 의견

영세율이 적용되는 비료는 「비료관리법」에 따른 비료로 한정되어 있고, 비료를 공급함에 있어 「비료관리법」에서 규정한 사항을 모두 준수하였을 때 비로소 영세율 적용이 가능한 비료의 공급으로 볼 수 있는 것이므로, 청구법인이 비료생산업 등록요건을 충족하지 않는 이상 영세율을 적용받을 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

비료생산업을 영위하지 아니하는 청구법인이 공급한 상토(床土)가 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제5호 가목 소정의 비료에 해당하여 부가가치세 영세율이 적용되는지 여부 나. 관련 법률

(1) 조세특례제한법 제105조 [부가가치세 영세율의 적용]

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다.

5. 대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(국가 및 지방자치단체와 「농업협동조합법」, 「엽연초생산협동조합법」 또는 「산림조합법」에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회와 「농업협동조합법」에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용ㆍ축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 가. 「비료관리법」에 따른 비료로서 대통령령으로 정하는 것

(2) 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정 제3조[영세율 적용대상 농·축산·임·어업용 기자재의 범위]

① 법 제105조 제1항 제5호 가목에서 대통령령으로 정하는 것이란 비료관리법에 따른 비료(비료와 육묘용 흙이 혼합된 것을 포함한다)를 말한다.

(3) 비료관리법 제2조 [정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. 비료란 식물에 영양을 주거나 식물의 재배를 돕기 위하여 흙에서 화학적 변화를 가져오게 하는 물질, 식물에 영양을 주는 물질, 그 밖에 농림수산식품부령으로 정하는 토양개량용 자재 등을 말한다.

2. 보통비료란 부산물비료 외의 비료로서 제4조에 따른 공정규격이 정하여 진 것을 말한다.

3. 부산물비료란 농업·임업·축산업·수산업·제조업 또는 판매업을 영위하는 과정에서 나온 부산물, 사람의 분뇨, 음식물류 폐기물, 토양미생물 제제, 토양활성제 등을 이용하여 제조한 비료로서 농림수산식품부장관이 지정하는 것을 말한다.

4. 공정규격이란 농림수산식품부장관이 규격을 정하는 것이 필요하다고 인정하는 비료에 대하여 주성분의 최소량, 비료에 함유할 수 있는 유해성분의 최대량, 주성분의 효능 유지에 필요한 부가성분의 함유량과 유통기한 등 비료의 품질 유지를 위하여 농림수산식품부장관이 정하여 고시한 규격을 말한다. 제11조[비료생산업의 등록]

① 비료를 생산하여 판매하거나 무상으로 유통·공급하는 것을 업으로 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비료의 종류별로 제조 원료, 보증 성분 등을 시장·군수·구청장에게 등록하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 규모 이하의 부산물비료 생산업의 경우는 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO군에서 ‘안전한 상토 공급을 통해 건전 육묘 및 안정적 쌀 생산 도모’를 위하여 시행하는 2016년도 못자리 상토 지원사업의 공급업체로, 2016년 제1기 부가가치세 과세기간 중 청구 외 OOO농약사로부터 묘판비료를 구입한 후 이를 일반/친환경 농업 등 경작환경 및 품질기준에 적합한 것으로 인정받는 상토로 가공하여 농가에 공급하면서 공급가액 OOO원에 대하여 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였다.

(2) 처분청은 청구법인이 부가가치세 영세율 매출로 신고한 상토는 「비료관리법」 에서 규정하는 공정규격을 충족시키지 못하여 「비료관리법」 상 비료로 인정되는 상토에 해당하지 않고, 청구법인은 「비료관리법」 제11조 제1항에 따른 비료생산업 등록요건도 충족하지 못하였으므로 청구법인이 공급한 상토가 영세율 적용대상이 아니라고 보아 이 건 부가가치세 과세처분을 하였다.

(3) 부가가치세 영세율이 적용되는 농업용기자재로서의 비료는 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제5호 및 농업용기자재 영세율 특례규정 제3조 제1항에서 ‘「비료관리법」에 따른 비료(비료와 육묘용 흙이 혼합된 것을 포함한다)’로 한정하고 있고, 「비료관리법」 제2조 제1호는 ‘비료란 식물에 영양을 주거나 식물의 재배를 돕기 위하여 흙에서 화학적 변화를 가져오게 하는 물질, 식물에 영양을 주는 물질, 그 밖에 농림축산식품부령으로 정하는 토양개량용 자재 등을 말한다.’고 규정하고 있으며, 상토(모판흙)를 비료의 종류에 포함하여 관리하고자 「비료관리법」의 비료에 해당하는 토양개량용 자재를 상토라고 명시한 「비료관리법 시행규칙」 제2조 의 규정은 2012.1.20. 신설되었고, 이에 따른 상토의 공정규격이 2012.1.2. 농촌진흥청 고시로 제정되었다.

(4) 「비료관리법」 상 보통비료중 하나인 상토는 밀도의 기준, 함유할 수 있는 유해성분의 최대량 등의 공정규격이 설정되어 있고 이를 충족하여야만 「비료관리법」 상의 상토로 인정되는 것이나, 청구법인이 공급한 상토가 해당 공정규격을 모두 충족하였는지 여부는 확인된 바 없고, 다만 OOO군 농업기술센터-4538(2016.4.4.)의 공문서에 의하면 PH검사, EC(양이온 치환능력)검사 등 일부 공정규격만 분석되었음이 확인된다.

(5) 「비료관리법」 제2조 에서 비료업자는 ‘비료생산업자’, ‘비료수입업자’, ‘비료판매업자’로 규정하고 있고, 이 중 ‘비료생산업자’라 함은 비료를 생산(제조·배합·가공 또는 채취를 말한다)하여 판매하거나 무상으로 유통 또는 공급하는 것을 업으로 하는 자로서 같은 법 제11조에 따라 등록한 자라고 규정되어 있는바, 청구법인은 이 건 상토 거래와 관련하여 「비료관리법」에 따른 비료생산업 등록을 하지 않았음이 OOO군 산업경제과-37372 (2016.10.4) 공문서에 의해 확인되고, 공장등록증명서의 비료생산업 등록절차가 2016.10.4. 진행 중으로 2016년 제1기 당시 비료생산업 등록이 이루어지지 않았음이 확인된다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세 영세율이 적용되는 농업용기자재로서의 비료는 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제5호 및 농업용기자재 영세율 특례규정 제3조 제1항에 의해 「비료관리법」에 따른 비료(비료와 육묘용 흙이 혼합된 것을 포함한다)로 한정하고 있는 점, 「비료관리법」 제2조 에서 비료업자는 ‘비료생산업자’, ‘비료수입업자’, ‘비료판매업자’로 규정하고 있고, 이 중 ‘비료생산업자’라 함은 비료를 생산(제조·배합·가공 또는 채취를 말한다)하여 판매하거나 무상으로 유통 또는 공급하는 것을 업으로 하는 자로서 같은 법 제11조에 따라 등록한 자라고 규정되어 있는바, 청구법인은 이 건 상토를 공급하면서 「비료관리법」에 따른 비료생산업 등록을 하지 아니한 사실이 확인되었고, 공장등록증명서의 비료생산업 등록절차가 2016.10.4. 진행 중으로 2016년 제1기 당시 비료생산업 등록이 이루어지지 아니한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 이 건 상토거래를 부가가치세 영세율 적용대상으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법 」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.