양도가액은 기준시가(개별공시지가)로 하고, 취득가액은 실거래가액인 장부가액으로 하여 특별부가세를 과세한 처분의 당부(기각)

시가금액 000원을 양도가액으로 결정하고 취득당시의 실거래가액인 장부상 취득가액인 000원을 취득가액으로 하여 결정한 처분은 잘못이 없음.

1. 처분개요

청구법인은 88.4.22 취득한 강원도 홍천군 홍천읍 OO리 OO, 전 344㎡와 동 소 OO 답 1,051㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 91.12.16 동법인의 대표사원인 OOO에게 양도하고 92. 5.29 특별부가세 과세표준을 계산함에 있어 취득가액은 장부가액인 15,794,805원으로 하고, 양도가액은 법인세법시행령 제124조의 2 제9항을 적용한 환산양도가액인 17,761,244원으로 하여 신고한 사실이 있다. 처분청은 당초 청구법인의 신고사실을 시인하였으나 중부지방국세청 감사시 “청구법인이 쟁점토지를 당법인의 대표사원인 OOO에게 17,761,244원에 양도한 행위는 부당행위계산 부인대상”이라는 지적에 따라 양도가액은 기준시가(개별공시지가)인 70,930,800원으로 하고, 취득가액은 장부상 취득가액인 15,794,805원으로 하여 93.5.16 청구법인에게 91.3.1～92.2.29 사업년도분 법인세 34,157,640원(특별부가세 17,650,730원 포함)을 과세하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.7.15 심사청구를 거쳐 93.10.22 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 처분청이 부당행위계산부인 규정을 적용하면서, 법인세법시행령 제124조의 2 제7항 및 동법 시행규칙 제16조의 2 규정에 의하여 양도가액은 시가가 불분명하다하여 상속세법시행령 제5조 제2항에 의한 기준시가로 하면서, 취득가액은 실지거래가액인 장부상 취득가액을 적용하여 특별부가세 과세표준을 계산하여 과세한 것은 “양도가액이 불분명하여 기준시가로 할 경우, 취득가액도 기준시가에 의하여야 한다”는 국세심판소 선결정례(국심90중1009, 90.9.3)에 어긋날 뿐만 아니라 법령의 근거도 없는 위법 부당한 처분이다.

나. 국세청장 의견 특별부가세 과세표준 계산시 부당행위계산의 부인대상일 경우, 법인세법 제OO조의 2 및 동법 시행령 제124조의 2 제7항에 의하여 양도가액을 시가에 의하도록 규정하고 있으며, 동법 시행규칙 제16조의 2 에서 시가에 대해 규정하고 있고, 양도가액에서 공제할 법인세법 제OO조의 2 제3항 제1호의 취득가액은 동법 시행령 제124조의 2 제2항 및 동법 시행령 제48조 제2항에 의한 취득가액으로 규정하고 있으므로, 상속세법시행령 제5조 제2항 제1호 가목에 의한 시가금액 70,930,800원을 양도가액으로 결정하고 법인세법시행령 제48조 제2항을 준용하여 취득당시의 실거래가액인 장부상 취득가액인 15,794,805원을 취득가액으로 하여 결정한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 특수관계자에게 시가에 미달하게 양도한 경우 그 양도차익을 계산함에 있어 양도가액은 상속세법시행령 제5조 에 의한 기준시가(개별공시지가)로 하고, 취득가액은 실거래가액인 장부가액으로 하여 특별부가세를 과세한 처분의 당부를 다투는 데 있다.

나. 관련법령

(1) 법인세법 제OO조의2 제1항에서 「특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지 건물 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지”등이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다」로 규정하면서 동조 제3항에서 「제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다.

1. 취득가액, 다만, 상속세법의 규정에 의하여 상속세과세가액에 산입되지 아니한 재산 또는 증여세가 면제되는 재산을 출연받은 법인이 대통령령이 정하는 토지 등을 양도하는 경우에 있어서는 당해토지등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해법인의 취득가액으로 한다.

2. 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용

3. 취득가액에 대통령령이 정하는 율과 보유기간을 곱하여 계산한 금액. 다만, 제OO조의4 제1항 제2호의 토지등을 양도하는 경우에 한한다」로 규정하여 특별부가세 양도차익계산은 취득 양도가액을 실지거래가액으로 하여 산정하는 것을 원칙으로 하고 있다.

(2) 동법시행령 제124조의2 제7항에서 「제46조 제1항에 규정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 토지등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다.(90.12.31 개정)」고 규정하고 있고, 동법시행규칙 제16조의2 에서 “령 제46조의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고, 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다”고 규정하면서, 상속세법시행령 제5조 제2항 제1호 가목에서 “토지의 평가는 국세청장이 지정하는 지역을 제외하고는 시장 군수 구청장이 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가(이하 ”개별공시지가“라 한다)에 의한다”고 규정하고 있다.

다. 양도가액을 개별공시지가에 의하여 계산한 것이 적법한지 여부

(1) 청구법인이 쟁점토지를 청구법인과 특수관계자인 대표사원 OOO에게 시가에 미달하게 양도하여 특별부가세 과세표준계산시 부당행위계산 부인대상이 되는 점, 쟁점토지에 대한 청구법인의 장부상 취득가액 15,794,805원(실지취득가액 14,648,380원 + 자본적지출 1,146,425원)은 실지거래가액이라는 점, 쟁점토지 양도당시 감정가액이 없다는 점에 대하여는 처분청과 청구법인은 서로 다툼이 없다.

(2) 특수관계있는자에게 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 이 건의 양도가액은 위 법인세법시행령 제124조의2 제7항 규정에 의거 시가에 의하여 계산하여야 할 것이나 시가가 불분명한 경우에 해당되므로 위 동법시행규칙 제16조의2 및 상속세법시행령 제5조 제2항 제1호 가목에 따라 양도당시의 개별공시지가에 의하여 평가한 가액으로 함이 적법하다.

(3) 그러므로 처분청이 이 건 양도가액은 개별공시지가에 의하여 평가한 금액 70,930,800원을 시가라고 보고 장부상 취득가액 15,794,805원을 취득가액으로 하여 특별부가세 양도차익을 계산한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.