종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1993.8.13. 서울특별시 OOO 대지 62.124㎡ 건물 70.34㎡(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다 주택재건축사업에 의해 조합원 자격으로 2002.3.27. 서울특별시 OOO 대지 50.094㎡ 건물 96.83㎡(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 2006.7.10. 신축주택을 OOO원에 양도한 후 양도소득세 예정신고시 산출세액 OOO원을 전액 감면신청하고 관련 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다.

나. 처분청은 「조세특례제한법」제99조의 3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용함에 있어 신축주택의 사용승인일로부터 5년 이내 양도한 날까지 발생한 양도소득에 대하여만 세액을 감면하고 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 세액감면을 부인하여 2012.5.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.14. 이의신청을 거쳐 2012.9.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」 제99조의 3 제1항에서 “감면 대상 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다”고 규정하고, 취득일로부터 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득금액의 계산 규정은 대통령령 등에 위임되어 있지 아니하며, 세액감면신청서 서식 및 그 작성요령에서도 100% 전액 감면토록 설명하고 있는 바, 문리해석에 따라 신축주택을 5년이내 양도한 경우에는 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 전체 양도소득에 대한 세액을 감면함이 타당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」 제99조의 3 에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기를 활성화하고자 도입된 조항으로 신축주택을 취득한 후 양도할 때 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득에 대한 세액을 감면해주는 조항일 뿐 당초부터 보유하던 종전주택에서 발생한 양도소득까지 세액감면대상으로 하는 것은 아니므로 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대한 세액을 감면배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」제99조의 3 규정을 적용함에 있어, 5년 이내 신축주택을 양도한 경우에는 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 「조세특례제한법」제99조의 3 제1항에서 ‘거주자가 자기가 건설한 신축주택(주택조합 또는 재개발조합원이 취득하는 주택 포함)을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 하면서 제4항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고, 이를 위임받은 같은 법 시행령 제99조의 3 제2항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있다.

(2) 처분청은 청구인의 신축주택 양도에 대하여 신축주택의 취득일인 2002.3.27.부터 5년 이내 양도한 날(2006.7.10.)까지 발생한 양도소득에 대하여만 세액을 감면하였고, 청구인은 종전주택 취득일인 1993.8.13.부터 신축주택 양도일 전일(2002.3.26.)까지 발생한 양도소득도 세액을 감면할 것을 주장하고 있다.

(3) 「조세특례제한법」제99조의 3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축주택에 대한 수요 진작을 통해 건설경기를 활성화”하는데 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」제99조의 3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의 3 규정에 따른 세액감면대상에 해당하지 아니하므로 처분청의 이 건 과세처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012서3228, 2012.11.1. 참고).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.