법인세 과세표준을 계산함에 있어서 교환으로 양도한 쟁점토지의 가액을 어떻게 결정할 것인지 여부

교환토지의 개별공시지가는 토지의 개별공시지가 보다 적으므로 불이익변경금지의 원칙에 의하여 처분청의 동 경정결정을 탓할 수 없음.

1. 원처분 개요청구법인은 청구법인이 소유하고 있던 인천광역시 남동구 OO동 OOOOO 잡종지 346㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 91.10.30 청구외 (주)OO주택이 소유하고 있던 인천광역시 남동구 OO동 OOOOOO 답 125㎡, 같은 동 OOOOOO 답 246㎡ 합계 371㎡(이하 “교환토지”라 한다)와의 교환으로 양도하고, 1991.1.1～12.31 사업년도(이하 “1991사업년도”라 한다)분 법인세 신고를 함에 있어서 쟁점토지의 취득원가는 장부가액인 14,123,019원으로, 양도금액은 취득가액을 기준으로 기준시가변동율에 의하여 환산한 가액인 121,857,158원으로 하여 각사업년도 소득금액을 계산해서 신고를 하였다.처분청은 각사업년도 소득금액 계산에 있어 취득원가는 인정하였으나 양도금액은 쟁점토지를상속세법 시행령 제5조에 의해 평가한 가액(373,680,000원)을 적용, 신고와의 차액 251,822,842원을 익금산입하여 95.1.4 청구법인에게 1991사업년도분 법인세 133,149,380원을 결정고지 하였다가, 쟁점토지의 양도금액을 교환토지를상속세법 시행령 제5조에 의하여 평가한 기준시가 321,930,000원으로 하여 세액을 105,598,140원으로 경정결정하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가.

청구주장청구법인이 쟁점토지를 교환으로 양도하고 취득가액은 실지거래가액 14,123,019원, 양도가액은 취득가액이 기준시가변동율(양도당시 기준시가 ÷ 취득당시의 기준시가)로 환산한 가액 121,857,158원으로 법인세 및 특별부가세를 신고납부한데 대하여 처분청은 특별부가세 과세표준계산에 있어서 취득가액 및 양도가액을 그대로 인정하였으나 각사업년도의 소득계산에 있어서는 취득가액은 인정하면서도 양도가액은 이를 부인하고 교환토지의 91.1.1기준 개별공시지가 321,930,000원을 적용하였는 바, 처분청이 위와 같이 양도금액을 산정한 것은법인세법 시행령 제48조제2항 제3호의 정상가액으로서 같은 법 시행규칙 제16조의2의 규정에 의하여상속세법 시행령 제5조제2항 내지 제6항에 의한 기준시가(개별공시지가)에 의함으로써 취득가액은 실지거래가액, 양도가액은 개별공시지가로 과세한 것이 되나, 소득세법상 양도차익의 산정, 부동산매매업자의 소득계산, 법인세 특별부가세의 계산에 있어서 취득가액 및 양도가액 쌍방 모두를 동일한 기준에 의하여 모두 실지거래가액으로 하거나 기준시가로 하되 한쪽의 실지거래가액이 확인되는 경우 환산가액으로 다른 한쪽의 가액을 산정하거나 표준소득률을 적용하도록 하고 있을 뿐 한쪽은 실지거래가액, 다른 한쪽은 기준시가에 의하는 경우는 없는 바, 이는 양도차익이 어느 한 시점의 가액만에 의하여 결정하는 것이 아니라 두개의 시점의 가격을 비교하여 차액을 산정하는 것이므로 동일한 기준을 적용하고자 하는 것이며, 처분청이 들고 있는법인세법 시행령 제48조제2항은 감가상각자산의 취득가액에 관한 규정으로 동 가액은 어느 특정시점의 가액평가만 필요한 것이어서 양도차익을 계산하는 경우에는 적용할 수 없는 것이므로 이 건 부과처분은 위법 부당하기 때문에 취소되어야 한다.

나. 국세청장 의견특별부가세 과세표준 산정시 기초가 되는 양도차익은 법인세의 과세대상이 되는 자산양도소득의 계산과 반드시 일치해야 하는 것은 아니라 할 것이며(대법원 90누3614, 91.1.29), 법인이 토지 등을 교환하는 경우 그 양도금액은 교환으로 인하여 취득하는 자산의 정상가액으로 하는 것이며 이 경우 정상가액이라 함은법인세법 시행규칙 제16조의2규정에 따라 평가한 가액을 말하는 것이므로 이 건의 경우 쟁점토지의 시가가 불분명하고 감정평가법인이 감정한 사실도 없어상속세법 시행령 제5조제2항 제1호의 규정을 준용하여 개별공시지가에 의하여야 하기 때문에 처분청이 개별공시지가로 양도금액을 산정하여 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구는 법인세 과세표준을 계산함에 있어서 교환으로 양도한 쟁점토지의 가액을 어떻게 결정할 것인지에 다툼이 있다.

나. 법인세법 제9조제1항에서 「법인의 각사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.」고 규정하고 제2항에서 「제1항에서 “익금”이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.」고 규정하고 있으며, 제3항에서는 「제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.」고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제12조 제1항에서 「법 제9조 제2항에서 “수익”이라 함은 법 및 이 령에 규정하는 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.」고 하고 그 제3호에서 「자산의 양도금액」을 규정하고, 제2항에서 「법 제9조 제3항에서 “손비”라 함은 법 및 이 령에 규정하는 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.」고 하고 그 제1호에서 「양도한 자산의 양도당시의 장부가액을 규정하고 있다.」다. 이 건 과세경위를 보면 처분청은법인세법 시행령 제48조제2항 제3호에서 “제1호 및 제2호 외의 고정자산은 취득당시의 정상가액”을 감가상각자산의 취득가액으로 보도록 한 규정과, 같은 법 시행규칙 제16조의2에서 “시가가 불분명한 경우에는 감정가액에 의하고 감정가액이 없는 경우에는상속세법 시행령 제5조제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액”을 시가로 본다는 규정을 준용하여 개별공시지가로 쟁점토지의 양도금액을 산정한 사실이 처분청이 제출한 과세자료에 의하여 확인된다.

반면, 청구법인은 특별부가세 과세에 있어서법인세법 시행령 제124조의2제9항에서 취득가액 또는 양도가액의 어느 하나가 불분명한 경우 기준시가비율에 의하여 환산한 가액을 적용하도록 규정한 바에 따라 환산가액을 양도금액으로 보아야 한다고 주장하고 있다. 살피건대, 법인세 특별부가세 과세표준을 계산함에 있어서는법인세법 제59조의2제3항 및 같은 법 시행령 제124조의2 제9항에 의하여 취득가액 및 양도가액은 실지거래가액에 의하되 양쪽모두 또는 어느 하나의 실지거래가액이 불분명한 경우에는 기준시가 또는 환산가액에 의하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있으나, 법인세 과세표준의 기초가 되는 각사업년도 소득을 계산함에 있어서 익금에 산입하는 자산의 양도금액 및 손금에 산입하는 양도한 자산의 양도당시 장부가액인 취득원가는 실지거래금액에 의하여만 결정하도록 규정하고 있어 그 체계를 달리하고 있음을 알 수 있다.

다만, 각사업년도의 소득을 계산함에 있어서 자산의 취득원가 또는 양도금액을 확인할 수 없는 경우에는,법인세법 제48조제2항 제3호에서 감가상각에 있어서 취득가액은 정상가액에 의하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제28조에서 익금에 해당하는 무상으로 받은 자산의 가액은 당해 자산을 타인으로부터 매입하는 경우 소요될 정상가액에 의하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제40조 제1항 제2호에서 특수관계없는 자에게 정당한 사유없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 정상가액보다 높은 가액으로 매입함으로서 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 기부금으로 보도록 규정하면서 정상가액은 시가의 70%～130% 가액을 말하는 것으로 규정하고 있는 점으로 볼 때, 시가에 상당하는 정상가액에 의하여 산정하여야 할 것이며, 자산의 현황에 따라 불특정다수인간에 자유로이 거래가 되는 경우 통상 성립된다고 인정되는 시가가 불분명한 경우에는법인세법 시행규칙 제16조의2에 규정한 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이나상속세법 시행령 제5조제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의하여야 할 것이다. 그렇다면 처분청이상속세법 시행령 제5조제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 개별공시지가로 평가한 금액을 양도금액으로 본 것은 기준시가에 의한 것이 아니라 정상가액에 의한 것이라 할 것이므로 동 금액을 익금으로 간주하고 한 이 건 부과처분은 잘못이 없다고 판단된다.

다만 쟁점토지의 양도금액을 계산함에 있어서는 교환토지가 아니라 쟁점토지의 개별공시지가(정상가액)를 적용함이 타당함(법인세법 기본통칙 7-2-6…59의2 같은 뜻)에도 불구하고 처분청이 교환토지의 개별공시지가를 적용하여 과세표준과 세액을 경정결정하였음은 부당하나 교환토지의 개별공시지가는 쟁점토지의 개별공시지가 보다 적으므로국세기본법 제79조제2항에 규정한 불이익변경금지의 원칙에 의하여 처분청의 동 경정결정을 탓할 수 없다 할 것이다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.