부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 규정이 무효인지 여부(취소)

단서규정이 소정의 제조업에 대하여 공제율을 정하지 않고 있는 결과 공제할 금액을 계산할 수 없고 나아가 의제매입세액 공제 자체를 불가능하게 하고 있음은 분명히 모법에 위반된 부당한 것임

1. 사실청구법인은 부산직할시 남구 OO동 OOO에서 부가가치세가 면제되는 쌀보리, 밀, 대현맥, 고구마 등의 농산물을 공급받아 주정을 제조하는 법인인 바, 청구법인은 88년 제1기분 부가가치세 과세 표준과세액을 수정신고를 하면서, 예정 및 확정 신고때 계상하지 아니한 의제매입세액 217,339,359원을 환급신청한데 대하여 처분청은 88.12.22 이를 환급할 수 없다고 통지한 처분에 불복하여 89.2.15자 심사청구를 거쳐 89.3.20자로 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인의 주장부가가치세법 제17조제3항 및동법 시행령 제62조제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 의제매입세액을 공제하도록 규정하고 있고 그 계산할 수 있는 방법만을 재무부령에 위임하고 있음에도 부가가치세법 시행규칙 19조 제1항이 모법의 위임 한계를 벗어나 의제매입세액 공제제도의 취지에도 배치될 뿐만 아니라 무효규정이다라는 대법원판결(대법원 전원 합의부 86누 734호 판결. 1987.2.29외 대법원 판결 다수 있음)이 있고, 또한 청구인에 대한 처분내용과 동일한 처분에 대한 국세심판 결정(88서 614호 1988.7.5. 88전 758호 1988.9.1. 88서 795호 1988.9.16)의 내용은부가가치세법 시행규칙 제19조제1항의 단서규정이 그 소정의 제조업에 대하여 공제율을 정하지 않고 있는 결과 공제할 금액을 계산할 수 없고 나아가 의제매입세액 공제 자체를 불가능하게 하고 있음은 분명히 모법에 위반된 것이므로,동법 제17조제3항 및동법 시행령 제62조제1항의 규정에 의하여 그 전체가액에 대하여 105분의 5에 상당하는 금액인 217,339,359원을 의제 매입세액으로 공제함이 타당하다고 주장하고 있다.

3. 국세청장 의견이 건과 관련된 법조문을 보면,부가가치세법 제17조제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다”라고 규정되어 있으며동법 시행령 제62조제1항은 “법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물의 가액에 업종별·종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”라고 규정되어 있고,동법 시행규칙 제19조제1항은 “령 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다.다만, 별표 3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”라고 규정되어 있다.또한 별표 3 “의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화”를 보면, 제1호에서 주세법의 규정에 의한 주류를 규정하고 있는바,청구법인은 주정을 제조하면서 쌀보리등을 사용하였고, 동 제품은 주류로서 전시한 “별표 3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화”에 해당되므로 이에 대한 의제매입세액 공제를 할 수 없다는 의견이다.

4. 쟁점따라서 이 건 심판청구의 다툼은부가가치세법 시행규칙 제19조제1항 단서의 규정이 무효인지 여부를 가리는데 있다할 것이다.

5. 심리 및 판단

먼저, 이 건 과세당시의 관련 규정을 보면,부가가치세법 제17조제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액에서 공제할 수 있다”라고 소위 의제매입세액공제를 규정하였고, 이 제3항의 규정에 따라 동 법 시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물등의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하였으며, 재무부령인동법 시행규칙 제19조제1항에서는 “령 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다”고 한 다음, 단서에서 “다만, 별표 3의 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다. 살피건대,부가가치세법 시행규칙 제19조제1항 단서의 문언으로 볼 때 그 단서의 취지는 별표 3에 기재된 제조업에 대하여는 같은 항 본문의 율을 적용하지 아니한다는 것임이 분명한데 동 단서는 그에 대하여 적용할 율을 별도로 규정하고 있지 아니한 바,이는 그 소정의 제조업에 대하여는 의제매입세액 공제를 아니할 뜻으로 그 공제율을 규정하지 아니한 것으로 이해된다. 그러나, 위 단서규정이 그 소정의 제조업에 대하여 공제율을 정하지 않고 있는 결과 공제할 금액을 계산할 수 없게 하고, 나아가 의제매입세액 공제자체를 불가능하게 하고 있음은 분명히 모법에 위반되는 것이라 아니할 수 없다.

왜냐하면부가가치세법 제17조제3항이 (…대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다)고 하고, 동 시행령 제62조 제1항이 (…매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 …농산물…의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다)고 하고 있는 바,부가가치세법 제17조제3항은 그 소정의 재화에 대하여는 의제된 매입세액을 공제하여야 할 의제매입세액이 존재할 것을 전제로 하여 재무부령으로 반드시 공제율을 정하도록 하면서 다만, 그 공제율은 시행규칙(재무부령)에 위임하여 정하도록 하였다고 볼 것인데도 불구하고, 동 시행규칙 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 같은항 본문이 정한 원칙적 율을 적용하지 아니한다고 하면서도 그에 적용할 별도의 율을 규정하지도 아니함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고, 나아가 의제매입세액 공제를 할 수 없도록 하였으나, 위 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동 시행령에 위반되는 무효의 것이라 아니할 수 없기 때문이다. 또한 처분청에서 위 단서의 규정은 공제율을 영(0)으로 정한 것이라고 하나 동 단서 규정의 표현 문구로 볼 때 공제율을 영(0)으로 정한 것으로는 인정되지 아니하며 가사 그렇다고 하더라도 결국은 의제매입세액공제를 불가능하게 되는 것이 되어 결론이 달라질 수 없다 할 것이다. (대법원 전원 합의부 판결 86누 734, 87.12.22. 외 다수 대법원 판례 동지)따라서 처분청이 전시 의제매입세액 217,339,359원을 환급거부함으로써 이 건 부가가치세를 고지한 것은 위법 부당한 것으로 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리 결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.