쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분이 소급과세금지의 원칙에 위배되는지 여부 등

2005.12.31. 비사업용토지와 관련된 규정을 신설하면서 고율의 세율적용과 장기보유특별공제 배제규정을 즉시 시행할 경우 세부담이 일시에 가중되므로 적용시기에 대해 1년간 유예규정을 두었다가 2007.1.1. 이후 양도분부터 적용하였고, 쟁점토지와 같이 2006.12.31. 이전에 이미 20년 이상 소유한 농지ㆍ임야 및 목장용지의 경우 보유기간을 감안하여 2009.12.31.까지 양도하는 토지는 사업용 토지에 해당한다고 「소득세법 시행령」제168조의14 제3항 제2호에서 규정하고 있으므로 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 2012.4.16. OOO 269-1 답 1,623㎡,(이하 “쟁점토지”라 한다) 같은 동 269-2 대지 11㎡, 같은 동 269-24 대지 1㎡, 같은 동 270 답 10㎡(이하 “전체토지”라 한다)를 OOO원에 양도하고 2012.6.20. 양도소득세 예정신고를 하면서 양도차익에서 장기보유특별공제액 OOO원을 차감하여 양도소득금액을 계산한 후 양도소득세 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 2009.12.31.까지 양도하지 않은 쟁점토지가「소득세법」 제104조의3에서 규정하는 비사업용토지에 해당한다고 보아 장기보유특별공제를 배제하여 2012.12.13. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.2.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 2005.12.31. 신설된「소득세법 시행령」 제168조의14제3항 제2호에 “2006.12.31 이전에 20년 이상을 소유한 농지.임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지는 비사업용토지로 보지 아니한다”고 규정하고 있어 쟁점토지는 1985.4.23. 취득하여 위 법조항이 신설되기 이전에 이미 20년 이상을 보유하여 장기보유특별공제가 가능하였음에도 법령 개정시 “2006.12.31 이전에 장기보유특별공제 대상이 되는 양도자는 제외한다”라는 단서 조항을 누락함으로써 소급입법에 의하여 청구인의 재산권이 부당하게 침해되었으며, 또한 쟁점토지는 투기목적 없이 27년간 보유하여 장기보유특별공제 제도의 취지에도 부합하므로 장기보유특별공제를 배제한 처분은 취소되어야 한다.

(2) 양도차익에서 장기보유특별공제액을 차감하여 신고하게 된데에 정당한 사유가 있을 경우 가산세를 부과하지 못하는 것인 바(대법원 2000두4989, 2002.5.10. 참조), 20년 이상 장기보유하고 2009.12.31까지 양도한 자만 장기보유특별공제를 해주는 법조항을 신설할 때 “이 법 시행 당시 이미 장기보유특별공제 요건을 충족한 자는 제외한다”라는 단서조항을 누락한 중대한 과실이 공무원에게 있으므로 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 2005.12.31. 비사업용토지와 관련된 규정을 신설하면서 고율의 세율적용과 장기보유특별공제 배제규정을 즉시 시행할 경우 세부담이 일시에 가중되는 것을 고려하여 1년간 유예규정을 두었다가 2007.1.1. 이후 양도분부터 적용하였고, 쟁점토지와 같이 2006.12.31. 이전에 20년이상 소유한 농지·임야 및 목장용지의 경우 보유기간을 감안하여 2009.12.31.까지 양도하는 토지는 사업용토지에 해당한다고「소득세법 시행령」 제168조의14제3항 제2호에 규정하여 “이법 시행되기 이전에 이미 장기보유특별공제를 해주는 조항에 해당되는 양도자는 제외한다”라는 단서조항을 삽입하지 아니하였다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 가산세를 부과할 수 없는 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유 등인 바, 쟁점토지의 경우 위 정당한 사유에 해당된다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 부인한 처분이 소급과세금지의 원칙에 위배되는지 여부

② 장기보유특별공제를 적용하여 신고한 것에 대한 정당한 사유가 있어 가산세를 부과할 수 없는지 여부

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 취득하였다가 양도한 토지 내용은 다음과 같다.OOO

(2) 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고 및 경정결정 내용은 다음과 같다.OOO

(3) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴보면, 청구인은「소득세법 시행령」 제168조의14제3항 제2호를 개정하면서 “이법 시행되기 이전에 이미 장기보유특별공제를 해주는 조항에 해당되는 양도자는 제외한다.”라는 단서 조항을 삽입하였어야 함에도 이를 누락함으로써 소급입법에 의하여 청구인의 재산권을 침해하였다고 주장하나, 2005.12.31. 비사업용토지와 관련된 규정을 신설하면서 고율의 세율적용과 장기보유특별공제 배제규정을 즉시 시행할 경우 세부담이 일시에 가중되므로 적용시기에 대해 1년간 유예규정을 두었다가 2007.1.1. 이후 양도분부터 적용하였고, 쟁점토지와 같이 2006.12.31. 이전에 20년 이상 소유한 농지·임야 및 목장용지의 경우 보유기간을 감안하여 2009.12.31.까지 양도하는 토지는 사업용 토지에 해당한다고「소득세법 시행령」 제168조의14제3항 제2호에서 규정하고 있는바, “이 법 시행이전에 이미 장기보유특별공제를 해주는 조항에 해당되는 양도자는 제외한다.”라는 단서조항을 삽입하지 아니하였으므로 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 이유를 들어 이 건 쟁점토지에 대해 장기보유특별공제를 적용하여 달라는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보면, 세법상 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 사업용으로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유 등(대법원 2000두4989, 2002.5.10. 참조)인바, 쟁점토지의 경우 이와 같은 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.