연구원의 공통매입세액은 어떻게 두 차례 안분하는가?

국세청 공식 회신문서번호 부가가치세과-594회신일 2010.05.11세목 부가가치세회신 후 개정

1. 질문연구원의 공통매입세액은 어떻게 두 차례 안분하는가?2. 공식 회신국세청 · 2010.05.113. 다툰 결과0건 직접 · 0건 조문 연결4. 현행 조문1개 근거 링크

한 줄 답 · 국세청 회신 2010.05.11

출연금과 수익사업 공급가액으로 먼저 안분한 뒤 수익사업분을 과세·면세 공급가액으로 다시 안분한다.

국가 출연금으로 운영되는 연구원이 수익사업을 겸영할 때 공통매입세액의 안분 방법을 묻는다. 출연금과 수익사업 공급가액으로 먼저 안분한 뒤 수익사업분을 과세·면세 공급가액으로 다시 안분한다. 고유목적사업이 부가가치세 과세대상이 아니면 관련 매입세액은 공제되지 않는다.

근거 조문 부가가치세법 시행령 제61조

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 부가가치세법 시행령(2026.04.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

사실관계

연구원은 국가로부터 출연금을 받아 운영되며 수익사업도 겸영한다. 매입세액의 실지귀속을 알 수 없는 공통매입세액이 발생하였다.

질의요지

연구원이 수익사업을 겸영하는 경우에 매입세액의 실지귀속을 알 수 없는 공통매입세액은 부가가치세법시행령 제61조에 따라 비과세사업인 출연금과 수익사업의 공급가액으로 안분계산(1차 안분)하여 비과세사업에 해당하는 매입세액은 불공제하고, 수익사업에 해당하는 공통매입세액은 수익사업의 과세, 면세 공급가액으로 다시 안분계산(2차 안분)하여 과세사업에 해당하는 매입세액만 공제받을 수 있는 것임

본문(원문)

귀하의 질의에 대해서는 아래의 기획재정부 해석을 참조하시기 바람

■ 기획재정부 부가가치세제과-266, 2010.04.22.

국가로부터 출연금을 받아 운영되는 연구원의 고유목적사업이 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는 경우에는 이와 관련한 매입세액은 공제대상 매입세액에 해당하지 않는 것임

다만, 연구원이 수익사업을 겸영하는 경우에 매입세액의 실지귀속을 알 수 없는 공통매입세액은 부가가치세법시행령 제61조에 따라 비과세사업인 출연금과 수익사업의 공급가액으로 안분계산(1차 안분)하여 비과세사업에 해당하는 매입세액은 불공제하고,

수익사업에 해당하는 공통매입세액은 수익사업의 과세, 면세 공급가액으로 다시 안분계산(2차 안분)하여 과세사업에 해당하는 매입세액만 공제받을 수 있는 것임

정제 정리

질의

국가 출연금으로 운영되는 연구원이 수익사업을 겸영하는 경우 실지귀속을 알 수 없는 공통매입세액을 어떻게 안분하는지.

회답

기획재정부 부가가치세제과-266, 2010.04.22.

국가로부터 출연금을 받아 운영되는 연구원의 고유목적사업이 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는 경우에는 이와 관련한 매입세액은 공제대상 매입세액에 해당하지 않음.

다만, 연구원이 수익사업을 겸영하는 경우 실지귀속을 알 수 없는 공통매입세액은 부가가치세법시행령 제61조에 따라 비과세사업인 출연금과 수익사업의 공급가액으로 안분계산하여 비과세사업 해당 매입세액은 불공제함.

수익사업 해당 공통매입세액은 수익사업의 과세·면세 공급가액으로 다시 안분계산하여 과세사업 해당 매입세액만 공제받을 수 있음.

근거 법령·조문 govbrief.kr 조문 페이지로 연결

부가가치세법 시행령 제61조 (외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 부가가치세과-594 (2010.05.11 회신), "연구원의 공통매입세액은 어떻게 두 차례 안분하는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000514943/

출처·편집 정보

원문: 국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000514943)
원 제목: 공통매입세액 안분계산 관련 회신
공개 등급: 공개 후보 · 검색 색인 대상
편집: 질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신: 2026-09-09