양도소득세 신고가 법인세 신고로 인정되나?

부동산 임대업을 영위하는 종중이 법인으로 보는 단체의 승인을 받았다. 종중은 부동산 양도소득을 거주자의 양도소득세로 신고·납부했으나 법인세 과세표준으로 신고하지 않았다.

부동산임대소득이 있는 비영리내국법인은 「법인세법」제62조의2의 규정을 적용받을 수 없는 것이므로 법인세를 신고한 적 없는 자문대상종중의 경우 7년의 부과제척기간이 적용되는 것이며 - 자문대상종중이 기납부한 양도소득세는 법인세 결정시 기납부세액으로 공제할 수 없는 것임

법령해석과-2309

부동산 임대업을 영위하면서 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 종중이 부동산 양도소득이 있는 경우「법인세법」제62조의2 규정을 적용할 수 없는 것이므로, 그 양도소득에 대해 거주자로서 양도소득세로 신고․납부하였다고 하더라도 법인세 과세표준으로 신고하지 않으면 7년의 부과제척기간이 적용되며, 법인세의 무신고가산세나 납부불성실가산세를 계산함에 있어 기신고․납부한 양도소득세를 공제할 수 없는 것입니다.

질의

법인으로 보는 단체인 종중이 부동산 양도소득을 양도소득세로 신고·납부한 경우 법인세 신고의 효력, 부과제척기간 및 기납부세액 공제 여부.

회답

부동산 임대업을 영위하면서 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 종중이 부동산 양도소득이 있는 경우「법인세법」제62조의2 규정을 적용할 수 없는 것이므로, 그 양도소득에 대해 거주자로서 양도소득세로 신고․납부하였다고 하더라도 법인세 과세표준으로 신고하지 않으면 7년의 부과제척기간이 적용되며, 법인세의 무신고가산세나 납부불성실가산세를 계산함에 있어 기신고․납부한 양도소득세를 공제할 수 없는 것입니다.

국세청 법령해석 기준-2017-법령해석기본-0146 (<time datetime="2017-08-14">2017.08.14</time> 회신), "양도소득세 신고가 법인세 신고로 인정되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000324680/