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의학연구소 자산 처분 시 준비금을 익금산입하나?
해당 준비금은 고유목적사업에 사용된 것이므로 익금산입 사유에 해당하지 않는다.
비영리내국법인이 준비금과 차입금으로 조성한 의학연구소 자산을 일부 처분할 때 세무처리를 묻는 사안이다. 해당 준비금은 고유목적사업에 사용된 것이므로 익금산입 사유에 해당하지 않는다. 변경승인 후 일부 자산 처분수입에 준비금을 설정하면 「법인세법」제29조에 따라 손금산입할 수 있다.
회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.
인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.
사실관계
의료업을 영위하는 비영리내국법인이 다른 비영리법인들과 컨소시엄을 구성해 준비금과 차입금으로 의학연구소용 토지를 매입하고 건물을 신축하였다. 건물 완공 전에 지방자치단체장의 변경승인을 받아 토지와 건물 일부를 다른 컨소시엄 구성원 등에게 처분하였다.
질의요지
의료업을 영위하는 비영리내국법인이 고유목적사업을 수행하기 위해 다른 비영리법인들과 컨소시엄을 구성하여 손금산입한 고유목적사업준비금(이하“해당 준비금”)과 차입금으로 의학연구소용 토지를 매입하고 건물을 신축하는 경우, 해당 준비금은 고유목적사업에 사용한 것에 해당하므로 고유목적사업준비금의 익금산입 사유에 해당하지 아니하는 것임
본문(원문)
귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 고유목적사업을 수행하기 위해 다른 비영리법인들과 컨소시엄을 구성하여「법인세법」제29조에 따라 손금산입한 고유목적사업준비금(이하“해당 준비금”)과 차입금으로 의학연구소용 토지를 매입하고 건물을 신축하는 경우, 해당 준비금은 고유목적사업에 사용한 것에 해당하므로 같은 법 제29조 제4항 제4호 및 제5호에 따른 고유목적사업준비금의 익금산입 사유에 해당하지 아니하는 것이며,
동 의학연구소용 건물이 완공되기 이전에 지방자치단체장의 변경승인을 받아 의학연구소용 토지 및 건물의 일부를 다른 컨소시엄 구성원 등에게 처분하여 생기는 수입에 대해 고유목적사업준비금을 설정한 경우에는 같은 법 제29조에 따라 손금에 산입할 수 있는 것임
정제 정리
질의
비영리내국법인이 고유목적사업준비금과 차입금으로 의학연구소용 토지를 매입하고 건물을 신축한 후 일부를 처분하는 경우 준비금의 세무처리.
회답
귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 고유목적사업을 수행하기 위해 다른 비영리법인들과 컨소시엄을 구성하여「법인세법」제29조에 따라 손금산입한 고유목적사업준비금(이하“해당 준비금”)과 차입금으로 의학연구소용 토지를 매입하고 건물을 신축하는 경우, 해당 준비금은 고유목적사업에 사용한 것에 해당하므로 같은 법 제29조 제4항 제4호 및 제5호에 따른 고유목적사업준비금의 익금산입 사유에 해당하지 아니하는 것이며,
동 의학연구소용 건물이 완공되기 이전에 지방자치단체장의 변경승인을 받아 의학연구소용 토지 및 건물의 일부를 다른 컨소시엄 구성원 등에게 처분하여 생기는 수입에 대해 고유목적사업준비금을 설정한 경우에는 같은 법 제29조에 따라 손금에 산입할 수 있는 것임.
근거 법령·조문 govbrief.kr 조문 페이지로 연결
- 법인세법 제29조 (비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 법인세법 제29조제4항제4호 (비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
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이 답을 인용할 때
국세청 법령해석 사전-2014-법령해석법인-20946 (2015.01.21 회신), "의학연구소 자산 처분 시 준비금을 익금산입하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000184813/
출처·편집 정보
- 원문
- 국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000184813)
- 원 제목
- 비수익사업 자산을 수익사업에 전입하여 처분하는 경우 고유목적사업준비금의 세무처리
- 공개 등급
- 공개 후보 · 검색 색인 대상
- 편집
- 질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
- 갱신
- 2026-09-09