보건소 위탁 의료사업의 대가는 면세인가?

지역 보건소 내 정신보건센터, 자살예방센터 및 치매관리센터의 운영을 민간에 위탁한다. 수탁자는 지역보건소장으로부터 대가를 받고 진료용역 등을 제공한다.

지역보건소가 의료법인과 위탁계약에 따라 지역의료보건사업을 수행하고 그 대가를 지급하는 경우 해당 대행사업비에 대하여는 부가가치세가 면제되나, 비의료인(비영리법인)에게 위탁하고 수수료를 지급하는 경우에는 그러지 아니함

「의료법」에 따른 의료기관이 「치매관리법」, 「자살예방 및 생명존중문화 조성을 위한 법률」 및 「정신보건법」과 해당 조례에 따라 지역 보건소 내에 설치된 정신보건센터, 자살예방센터 및 치매관리센터 운영을 지역보건소장으로부터 위탁받아 진료용역 등을 제공하고 그 대가를 받는 경우 해당 진료용역 등의 공급에 대하여는 「부가가치세법」 제26조제1항제5호에 따라 부가가치세를 면제하는 것입니다. 다만, 「의료법」에 따른 의료기관이 아닌 자가 해당 용역을 제공하고 지역보건소장으로부터 그 대가를 받는 경우 해당 용역의 공급에 대하여는 「부가가치세법」 제11조제1항에 따라 부가가치세가 과세되는 것임

질의

보건소가 지역주민을 위한 의료사업 등을 민간에 위탁하고 지급하는 대가는 부가가치세가 면제되는가?

회답

「의료법」에 따른 의료기관이 「치매관리법」, 「자살예방 및 생명존중문화 조성을 위한 법률」 및 「정신보건법」과 해당 조례에 따라 지역 보건소 내에 설치된 정신보건센터, 자살예방센터 및 치매관리센터 운영을 위탁받아 진료용역 등을 제공하고 대가를 받는 경우, 해당 공급은 「부가가치세법」 제26조제1항제5호에 따라 면제된다.

다만, 「의료법」에 따른 의료기관이 아닌 자가 해당 용역을 제공하고 대가를 받는 경우에는 「부가가치세법」 제11조제1항에 따라 과세된다.

국세청 법령해석 법규부가2014-546 (2015.01.08 회신), "보건소 위탁 의료사업의 대가는 면세인가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000175013/