특허권 통제권 이전 시 매입세액을 공제받나?

내국법인 을은 자산유동화를 위해 특허권을 투자신탁 갑에 양도하고 전용실시권과 재매수 조건을 두었다. 당초 거래는 실질적 통제권 이전이 없는 차입거래였으나, 갑과 을은 계약을 변경해 갑이 통제권을 이전받기로 하였다.

특허권의 경제적 소유자가 투자회사에 특허권의 실질적인 통제권을 이전하는 경우 재화의 공급에 해당하고, 그 공급시기는 실질적 통제권이 이전되는 시점이며, 투자회사가 특허권을 과세사업에 사용하는 경우 관련 매입세액은 공제받을 수 있음

내국법인(“을”)이 보유 중인 특허권에 대한 자산유동화를 위해 투자신탁(“갑”)에 양도하면서 해당 특허권 사용에 대한 전용실시권을 부여받고 일정기간이 경과한 후 해당 특허권을 재매수하는 거래가 특허권의 실질적 통제권의 이전을 수반하지 아니하는 차입거래에 해당하였으나, “갑”과 “을”이 당초 계약을 변경하여 “갑”이 “을”로부터 특허권에 대한 실질적 통제권을 이전받기로 한 경우에는 “갑”은 계약변경으로 실질적 통제권이 유효하게 이전되는 때를 공급시기로 하여 「부가가치세법」 제9조 및 같은 법 제32조에 따라 “을”에게 세금계산서를 발급하는 것이며, “갑”이 이전받은 특허권을 운용·처분하는 등의 부가가치세 과세사업에 사용하거나 사용할 예정인 경우 특허권을 취득하는 때에 부담한 매입세액은 「부가가치세법」 제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제받을 수 있는 것임

질의

특허권 유동화 거래의 계약을 변경하여 투자신탁이 특허권의 실질적 통제권을 이전받는 경우의 공급시기와 매입세액공제 여부.

회답

“갑”은 계약변경으로 실질적 통제권이 유효하게 이전되는 때를 공급시기로 하여 「부가가치세법」 제9조 및 같은 법 제32조에 따라 “을”에게 세금계산서를 발급함.

“갑”이 이전받은 특허권을 운용·처분하는 등의 부가가치세 과세사업에 사용하거나 사용할 예정이면, 취득할 때 부담한 매입세액은 「부가가치세법」 제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제받을 수 있음.

국세청 법령해석 법규부가2014-547 (2014.12.16 회신), "특허권 통제권 이전 시 매입세액을 공제받나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000154223/