특허권 통제권 이전 시 세금계산서와 매입세액은?

내국법인 ‘을’은 특허권을 투자신탁 ‘갑’에 양도하고 전용실시권을 받은 뒤 재매수하는 거래를 했다. 당초 차입거래였으나 계약을 변경하여 ‘갑’이 특허권의 실질적 통제권을 이전받기로 했다.

특허권의 경제적 소유자가 투자회사에 특허권의 실질적인 통제권을 이전하는 경우 재화의 공급에 해당하고, 그 공급시기는 실질적 통제권이 이전되는 시점이며, 투자회사가 특허권을 과세사업에 사용하는 경우 관련 매입세액은 공제받을 수 있음

내국법인(“을”)이 보유 중인 특허권에 대한 자산유동화를 위해 투자신탁(“갑”)에 양도하면서 해당 특허권 사용에 대한 전용실시권을 부여받고 일정기간이 경과한 후 해당 특허권을 재매수하는 거래가 특허권의 실질적 통제권의 이전을 수반하지 아니하는 차입거래에 해당하였으나, “갑”과 “을”이 당초 계약을 변경하여 “갑”이 “을”로부터 특허권에 대한 실질적 통제권을 이전받기로 한 경우에는 “갑”은 계약변경으로 실질적 통제권이 유효하게 이전되는 때를 공급시기로 하여 「부가가치세법」 제9조 및 같은 법 제32조에 따라 “을”에게 세금계산서를 발급하는 것이며, “갑”이 이전받은 특허권을 운용·처분하는 등의 부가가치세 과세사업에 사용하거나 사용할 예정인 경우 특허권을 취득하는 때에 부담한 매입세액은 「부가가치세법」 제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제받을 수 있는 것임

질의

특허권 유동화 거래의 계약 변경으로 투자신탁이 실질적 통제권을 취득하는 경우 공급시기와 세금계산서 발급 및 매입세액 공제 여부

회답

1. “갑”과 “을”이 당초 계약을 변경하여 “갑”이 “을”로부터 특허권에 대한 실질적 통제권을 이전받기로 한 경우에는 “갑”은 계약변경으로 실질적 통제권이 유효하게 이전되는 때를 공급시기로 하여 「부가가치세법」 제9조 및 같은 법 제32조에 따라 “을”에게 세금계산서를 발급하는 것임.

2. “갑”이 이전받은 특허권을 운용·처분하는 등의 부가가치세 과세사업에 사용하거나 사용할 예정인 경우 특허권을 취득하는 때에 부담한 매입세액은 「부가가치세법」 제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제받을 수 있는 것임.

국세청 법령해석 법규부가2014-548 (2014.12.16 회신), "특허권 통제권 이전 시 세금계산서와 매입세액은?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000154222/