공유수면 매립 비용의 매입세액을 공제하나?

특별법에 따라 지정된 개발사업시행자가 관할 관청이 승인한 실시계획에 따라 공유수면을 매립·준공하고 매립지를 취득한다. 시·도지사가 시행자를 다른 사업자로 변경하면서 기존 시행자가 이미 지출한 사업비 상당액을 대가로 받고 지위를 양도하는 경우도 있다.

개발사업시행자로 지정된 자가 관할 관청이 승인한 경제자유구역 개발사업 실시계획에 따라 공유수면을 매립・준공하여 매립지를 취득하는 경우 용역의 공급에 해당하여 과세되는 것이며, 관련 매입세액은 매출세액에서 공제되는 것임

「경제자유구역 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따른 개발사업시행자로 지정된 자가 관할 관청이 승인한 경제자유구역 개발사업 실시계획에 따라 공유수면을 매립·준공하여 매립지를 취득하는 경우「부가가치세법」제7조제1항에 따른 용역의 공급에 해당하여 과세되는 것이며, 관련 매입세액은 같은 법 제17조제1항제1호에 따라 매출세액에서 공제되는 것임

또한, 해당 개발사업시행자의 지정과 지정 취소권을 가진 시·도지사가 개발사업시행자를 다른 사업자로 변경하여 개발사업시행자의 지위를 양도하면서 이미 지출한 사업비에 상당하는 가액을 대가로 받는 경우 부가가치세를 과세하는 것임

질의

경제자유구역 개발사업시행자의 공유수면 매립 관련 매입세액 공제 여부와 시행자 지위 양도의 과세 여부.

회답

1. 공유수면 매립·준공

「경제자유구역 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따른 개발사업시행자로 지정된 자가 관할 관청이 승인한 경제자유구역 개발사업 실시계획에 따라 공유수면을 매립·준공하여 매립지를 취득하는 경우「부가가치세법」제7조제1항에 따른 용역의 공급에 해당하여 과세되는 것이며, 관련 매입세액은 같은 법 제17조제1항제1호에 따라 매출세액에서 공제되는 것임.

2. 개발사업시행자 지위 양도

해당 개발사업시행자의 지정과 지정 취소권을 가진 시·도지사가 개발사업시행자를 다른 사업자로 변경하여 개발사업시행자의 지위를 양도하면서 이미 지출한 사업비에 상당하는 가액을 대가로 받는 경우 부가가치세를 과세하는 것임.

국세청 법령해석 부가가치세과-152 (2012.02.13 회신), "공유수면 매립 비용의 매입세액을 공제하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000147593/