학교법인 토지 양도 특별부가세는 면제되나?

학교법인이 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도해 양도차익이 발생했다. 과세표준 정기 신고 때 면제신청서를 제출하지 않고 수정신고 기한에 제출하는 경우가 문제 됐다.

학교법인이 기본재산인 토지 등을 교육 사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출한 경우에 한하여 특별부가세를 면제하는 것임

귀 질의1의 경우 법인이 토지 등의 양도차익이 있을 때에는 특별부가세를 납부할 의무가 있는 것이나, 학교법인의 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 조세감면규제법 제67조의3 제1항 및 제4항과 동법시행령 제55조의3 제4항의 규정에 의하여 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 특별부가세를 면제하는 것인바, 귀 질의2의 경우와 같이 토지 등의 양도차익에 관하여 과세표준신고를 하지 아니하고 수정신고 기한 내에 수정신고와 함께 특별부가세 면제신청서를 제출하는 때에는 특별부가세 면제를 받을 수 없는 것이며 질의4의 경우 대금청산일. 미등기사유 등이 불분명하여 정확한 회신을 할 수 없으나 토지 등의 양도차익을 계산함에 있어 취득시기에 관하여는 법인세법 시행령 제124의2 제11항의 규정에 의거 소득세법시행령 제53조의 규정을 적용하는 것임.

질의

1. 학교법인이 기본재산인 토지 등을 양도한 소득의 특별부가세 면제 여부.

2. 수정신고와 함께 면제신청서를 제출한 경우 면제 여부.

3. 토지 등의 취득시기 판단.

회답

1. 토지 등의 양도차익이 있으면 특별부가세 납부의무가 있으나, 학교법인이 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도하고 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하면 특별부가세를 면제한다.

2. 과세표준신고를 하지 않고 수정신고 기한 내에 수정신고와 함께 면제신청서를 제출하면 특별부가세를 면제받을 수 없다.

3. 대금청산일과 미등기사유 등이 불분명하여 정확히 회신할 수 없으나 취득시기는 법인세법 시행령 제124의2 제11항에 따라 소득세법시행령 제53조를 적용한다.

국세청 법령해석 법인22601-203 (1991.01.29 회신), "학교법인 토지 양도 특별부가세는 면제되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000108525/