합병으로 받은 주식의 양도차익도 비과세되나?

중소기업창업투자회사가 창업자 또는 벤처기업에 출자해 주식이나 출자지분을 취득하였다. 이후 그 창업자 또는 벤처기업이 다른 회사에 흡수합병되어 금액과 합병교부주식을 받았다.

조특법 제13조를 적용함에 있어 중소기업창업투자회사가 창업자 또는 벤처기업에 출자하여 주식 또는 출자지분 취득후, 창업자 또는 벤처기업이 다른 회사에 피합병시 지급받은 배당소득은 법인세를 부과하지 않음

조세특례제한법 제13조를 적용함에 있어 중소기업창업투자회사가 창업자 또는 벤처기업에 동조 제2항의 방법에 따라 출자하여 주식 또는 출자지분을 취득한 후, 창업자 또는 벤처기업이 다른 회사에 흡수 합병되면서 지급받은 금액(법인세법 제16조 제5호에 따라 지급받은 금액을 말함)에 대하여는 동조 제3항에 따라 배당소득에 대한 법인세를 부과하지 않음.

또한, 중소기업창업투자회사가 합병 후 존속하는 법인(이하“합병법인”)으로부터 합병으로 인하여 취득하는 주식(이하“합병교부주식”)을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 과세합니다. 다만, 합병당시 합병법인(중소기업창업지원법에 따른 창업자 또는 벤처기업에 한함)으로부터 합병교부주식을 동조 제2항에 준하는 방법으로 취득한 후 합병교부주식을 양도하는 경우에는 동조 제1항에 따라 법인세를 부과하지 아니함

질의

중소기업창업투자회사가 출자한 창업자 또는 벤처기업의 흡수합병으로 받은 금액과 합병교부주식 양도차익에 법인세가 부과되는지.

회답

1. 조세특례제한법 제13조를 적용할 때 중소기업창업투자회사가 창업자 또는 벤처기업에 동조 제2항의 방법으로 출자한 후 흡수합병으로 지급받은 금액은 동조 제3항에 따라 배당소득에 대한 법인세를 부과하지 않는다.

2. 합병 후 존속법인으로부터 합병으로 취득한 합병교부주식의 양도차익에는 법인세를 과세한다. 다만 합병 당시 합병법인으로부터 동조 제2항에 준하는 방법으로 합병교부주식을 취득한 후 양도하면 동조 제1항에 따라 법인세를 부과하지 않는다.

국세청 법령해석 재정경제부 조세지출예산과-1072 (2007.12.28 회신), "합병으로 받은 주식의 양도차익도 비과세되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000077519/