선박운항 실비는 국고보조금에 해당하나?

과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 식품회사의 지분 인수 과정에서 중개수수료를 지급했다. 국립수산과학원은 조사·어장개발용 선박을 공개입찰했고 낙찰 사업자와 임대차계약을 맺어 선박운항·조업 실비를 지급하기로 했다.

겸영사업자가 지분인수과정의 중개수수료는 매입세액 불공제하며, 국립과학수산원(갑)의 필요에 의해 공개입찰하여 낙찰된 선박은 을사업자가 임대차계약에 의거 지급받은 선박운항,조업에 필요한 실비변상정도의 금액은 국고보조금과 공공보조금에 해당하지 않음

1. 부가가치세가 과세되는 사업(원양어선 채포 수산물 수출, 식품가공사업)과 면세되는 사업(어획물을 가공하지 않은 상태로 국내에 판매)을 겸영하는 사업자가 채포한 어획물을 활용할 수 있는 식품회사(과세사업자)의 지분을 인수하는 과정에서 지급한 중개수수료관련 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제2호의 규정에 의거 매출세액에서 공제하지 않는 것이며,

2. 국립수산과학원(갑)이 “명태자원조사 및 어장개발을 목적으로 하는 사업”에 필요한 선박을 공개 입찰하여 원양어업을 주업으로 하는 사업자(을)의 선박이 낙찰됨에 따라 “갑”과 “을”의 임대차계약을 통해 “을”이 선박운항 및 조업에 필요한 실비변상정도의 금액을 받기로 한 경우 동 금액은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호의 규정에 의한 국고보조금과 공공보조금에 해당하지 아니하는 것임.

질의

1. 과세·면세 겸영사업자가 식품회사 지분 인수 과정에서 지급한 중개수수료 관련 매입세액의 공제 여부.

2. 임대차계약에 따라 지급받는 선박운항 및 조업 실비가 국고보조금과 공공보조금에 해당하는지 여부.

회답

1. 해당 중개수수료 관련 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제2호에 따라 매출세액에서 공제하지 않음.

2. 국립수산과학원이 공개입찰로 선정한 사업자와 임대차계약을 체결하고 사업자가 선박운항 및 조업에 필요한 실비변상 정도의 금액을 받는 경우, 그 금액은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호의 국고보조금과 공공보조금에 해당하지 아니함.

국세청 법령해석 재소비-1349 (2004.12.13 회신), "선박운항 실비는 국고보조금에 해당하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000075030/