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학교법인이 폐교 재산을 팔면 어떤 세금을 내나요?
검색 색인 제외 보관본. 질문·답·공식 본문·회신일·해소된 근거 조문 중 일부가 검색 품질 기준을 충족하지 않는다. 아래에 남은 공식 원문과 출처 링크를 확인한다.
양도차익에는 원칙적으로 특별부가세가 부과되고, 일부 고정자산 처분수입에는 법인세가 부과된다.
학교법인이 폐교된 토지·건물 등 교육용 기본재산을 처분할 때의 세금을 물었다. 양도차익에는 원칙적으로 특별부가세가 부과되고, 일부 고정자산 처분수입에는 법인세가 부과된다. 양도일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산은 처분수입 과세에서 제외된다.
회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.
인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.
회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다
GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.
인용 조문·항·호 중 3곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.
- 같은 번호의 규정 교체회신 당시 시행본 1999.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02
법인세법 제99조: 회신 당시 제목은 ‘과세표준’이지만 현재 같은 번호의 제목은 ‘외국법인의 국내원천 인적용역소득에 대한 신고ㆍ납부 특례’이다. 같은 번호라도 다른 규정이므로 옛 회신 근거로 연결하지 않는다.
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상제99조(과세표준) ①특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 "土地등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. ②제1항에서 "양도"라함은 토지등에 대한 등기등에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. ③제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다. 1. 취득가액. 다만, 상속세및증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 법인이 대통령령이 정하는 토지등을 양도하는 경우에 있어서는 당해…
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)제99조(외국법인의 국내원천 인적용역소득에 대한 신고ㆍ납부 특례) ① 제93조제6호에 따른 국내원천 인적용역소득이 제98조제1항제4호의 세율로 원천징수되는 외국법인은 국내용역 제공기간(용역 제공기간이 불분명할 때에는 입국일부터 출국일까지의 기간)에 발생한 제93조제6호에 따른 국내원천 인적용역소득에서 그 소득과 관련되는 것으로 입증된 비용을 뺀 금액(이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)을 용역 제공기간 종료일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수의무자의 납세지 관할 세무서장에게 신고ㆍ납부할 수 있다. ② 제1항을 적용할 때 과세표준에 제98조제1항제4호에 따라 원천징수된 소득이 포함되어 있으면 원천징수세액은 이미 납부한 세액으로 공제한다. ③ 제1항에 따라 신고ㆍ납부하는 경우 세액의 계산방법ㆍ세율ㆍ신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정…
- 삭제·이동 확인회신 당시 시행본 1999.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02
법인세법 제2조 제2항: 회신 당시 인용 단위가 현재 조문에는 없다.
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상②내국법인 및 외국법인에게 제99조의 규정에 의한 양도차익이 있거나 내국법인에게 제105조의 규정에 의한 양도차익이 있는 때에는 이 법에 의하여 특별부가세를 법인세로서 납부할 의무가 있다.
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)해당 문구 없음
- 삭제·이동 확인회신 당시 시행본 1999.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02
법인세법 제2조 제1항: 회신 당시 인용 단위가 현재 조문에는 없다.
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상①다음 각호의 법인은 이 법에 의하여 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다. 1. 내국법인 2. 국내원천소득이 있는 외국법인
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)해당 문구 없음
표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.
사실관계
사립학교법에 의한 학교법인이 토지·건물 등을 양도한다. 해산하는 학교법인의 잔여재산 귀속과 관련한 증여세 납세의무도 함께 문제 된다.
질의요지
사립학교법에 의한 학교법인이 토지ㆍ건물 등을 양도함으로써 발생한 법인세법 제99조 규정의 양도차익에 대하여는 동법 또는 조세특례제한법에서 정하는 경우를 제외하고는 법인세법 제2조 제2항의 규정에 의한 특별부가세를 납부하여야 함.
본문(원문)
귀 질의의 경우 사립학교법에 의한 학교법인이 토지ㆍ건물 등을 양도함으로써 발생한 법인세법 제99조 규정의 양도차익에 대하여는 동법 또는 조세특례제한법에서 정하는 경우를 제외하고는 법인세법 제2조 제2항의 규정에 의한 특별부가세를 납부하여야 하며,
그 양도일 현재 3년이상 계속하여 당해 법인의 고유목적사업(같은법시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 제외)에 직접 사용한 것을 제외한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 같은법 제2조 제1항의 규정에 의한 법인세를 납부하여야 합니다
또한, 해산하는 학교법인의 잔여재산의 귀속과 관련된 증여세 납세의무에 대하여는 유사한 사례에 대한 우리청의 기회신문 법인 46012-1741(´99.5.8)호를 참고하시고, 기타 자세한 사항은 가까운 세무서 또는 지방국세청의 민원봉사실에 문의하여 도움을 받으시기 바랍니다.
정제 정리
질의
폐교된 교육용 기본재산을 처분할 때 부담하는 세목.
회답
1. 학교법인이 토지·건물 등을 양도하여 발생한 법인세법 제99조의 양도차익에는 법인세법 또는 조세특례제한법에서 정한 경우를 제외하고 특별부가세를 납부해야 한다.
2. 양도일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 것을 제외한 고정자산의 처분수입에는 법인세를 납부해야 한다.
3. 해산하는 학교법인의 잔여재산 귀속 관련 증여세 납세의무는 법인46012-1741(´99.5.8)을 참고한다.
근거 법령·조문 govbrief.kr 조문 페이지로 연결
- 법인세법 제99조 (외국법인의 국내원천 인적용역소득에 대한 신고ㆍ납부 특례) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 법인세법 제2조제2항 (정의) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 법인세법 제2조제1항 (정의) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
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이 답을 인용할 때
국세청 법령해석 법인46012-3058 (1999.08.04 회신), "학교법인이 폐교 재산을 팔면 어떤 세금을 내나요?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000064587/
출처·편집 정보
- 원문
- 국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000064587)
- 원 제목
- 폐교된 교육용 기본 재산을 처분할 시 부담해야할 세목
- 공개 등급
- 보관(중복·본문 짧음) · 검색 색인 제외
- 편집
- 질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
- 갱신
- 2026-09-10