지자체와 의료원의 자산 처분에 법인세가 붙나?

「지방공기업법」에 의한 의료원의 비영리내국법인 해당 여부는 불분명하다. 해당 의료원이 고정자산을 처분하는 상황을 전제로 한다.

국가 및 지방자치단체(지방자치단체조합 포함)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니하는 것임.

귀 질의1)의 경우,「법인세법」제２조 제３항 규정에 의해 내국법인 중 국가 및 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니하는 것입니다.

질의2)의 경우, 「지방공기업법」에 의한 000의료원이 비영리내국법인인지 여 부가 불분명하나, 「법인세법」 제3조 제2항 제5호의 규정에 의해 비영리내국 법인이 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 같은 법 시행 령 제2조 제2항이 정하는 것을 제외) 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사 업에 해당되어 같은 법 제60조의 규정에 의거 법인세를 신고하여야 하는 것입 니다.

또한, 처분한 고정자산이 같은 법 제55조의 2 제1항 제3호의 비사업용토지에 해당되는지 여부는 관련 법령에 따라 사실판단할 사항으로서, 법인이 비사업용 토지를 양도하는 경우에는 같은 조 규정에 의거 토지 등의 양도소득에 30/100(미등기 토지는 40/100)을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것입니다.

질의

1. 국가 및 지방자치단체의 소유권 이전과 관련한 법인세 과세 여부.

2. 「지방공기업법」에 의한 의료원의 고정자산 처분과 비사업용토지 양도에 대한 법인세 처리.

회답

1. 「법인세법」제２조 제３항에 따라 내국법인 중 국가 및 지방자치단체에는 법인세를 부과하지 않습니다.

2. 의료원이 비영리내국법인인지 불분명하나, 「법인세법」 제3조 제2항 제5호에 따라 비영리내국법인의 일정 고정자산 처분 수입은 수익사업에 해당하므로 같은 법 제60조에 따라 법인세를 신고해야 합니다.

처분한 고정자산이 같은 법 제55조의 2 제1항 제3호의 비사업용토지에 해당하는지는 사실판단할 사항입니다. 비사업용토지를 양도하는 경우 토지 등의 양도소득에 30/100, 미등기 토지는 40/100을 곱한 세액을 법인세액에 추가하여 납부해야 합니다.

국세청 법령해석 서면인터넷방문상담2팀-1157 (2007.06.14 회신), "지자체와 의료원의 자산 처분에 법인세가 붙나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000042729/