재건축 입주권 두 개와 주택 하나면 비과세되나?

국세청 공식 회신문서번호 서면인터넷방문상담4팀-3837회신일 2006.11.22세목 양도소득세회신 후 개정

1. 질문재건축 입주권 두 개와 주택 하나면 비과세되나?2. 공식 회신국세청 · 2006.11.223. 다툰 결과0건 직접 · 0건 조문 연결4. 현행 조문2개 근거 링크

한 줄 답 · 국세청 회신 2006.11.22

2006년 1월 1일 이후 입주권으로 전환된 경우 남은 주택은 1세대 1주택 비과세를 받을 수 없다.

3주택 중 2주택이 조합원입주권으로 바뀐 뒤 남은 주택의 비과세 여부 등을 물었다. 2006년 1월 1일 이후 입주권으로 전환된 경우 남은 주택은 1세대 1주택 비과세를 받을 수 없다. 장기임대주택 감면은 5호 이상, 임대개시일·신고기한 및 5년 이상 임대 요건을 모두 충족해야 한다.

근거 조문 소득세법 제89조제2항 조세특례제한법 제97조

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 소득세법(2026.07.01 시행), 조세특례제한법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 2곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 2 · 문구 동일 0

문구 변경회신 당시 시행본 2006.09.25 → 현재 시행본 2026.07.01
소득세법 제89조 제2항: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상
②제1항의 규정에 불구하고 동항제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)
② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
문구 변경회신 당시 시행본 2006.10.29 → 현재 시행본 2026.07.01
조세특례제한법 제97조: 회신 당시 7개 문장·단위에서 현재 7개로 바뀌었다(수정 6개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상
①대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 附隨되는 당해 建物延面積의 2培이내의 土地를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 "賃貸住宅"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택중 5년이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택중 1995년 1월 1일이후 취득 및 임대를 개시하여 5년이상 임대한 임대주택(취득당시 入住된 사실이 없는 住宅에 한한다) 및 10년이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)
① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.
회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

1세대가 3주택을 소유하다가 그중 2주택이 재건축사업으로 조합원입주권으로 전환되었다. 관리처분계획인가는 2006년 1월 1일 이후 이루어졌고, 이후 남은 1주택을 양도하였다.

질의요지

1세대가 3주택을 소유하다가 그 중 2주택이 주택재건축사업의 관리처분계획인가를 2006.01.01 이후에 받아 조합원입주권으로 전환되어 조합원입주권과 1주택을 소유하다가 그 주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 없음

본문(원문)

1. 거주자인 1세대가 3주택을 소유하다가 그 중 2주택이 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업의 관리처분계획인가를 2006.01.01 이후에 받아 조합원입주권으로 전환되어 조합원입주권과 1주택을 소유하다가 그 주택을 양도하는 경우 당해 주택(부수토지 포함)은 「소득세법」 제89조 제2항 규정에 의하여 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 없습니다.

2. 거주자가 「조세특례제한법」 제97조의 규정에 의한 장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면을 적용받기 위하여는 같은법 제97조에서 규정하는 국민주택 5호 이상의 임대주택을 2000.12.31. 이전에 임대를 개시한 후 그 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하고 5년 이상 임대한 주택을 양도하는 경우에 해당하는 것이나, 이에 해당되지 아니하는 임대주택은 양도소득세가 감면되지 않습니다.

정제 정리

질의

1. 3주택 중 2주택이 조합원입주권으로 전환된 후 남은 주택을 양도할 때 1세대 1주택 비과세 여부.

2. 장기임대주택 양도소득세 감면요건.

회답

1. 2주택이 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업의 관리처분계획인가를 2006.01.01 이후 받아 조합원입주권으로 전환된 뒤 남은 주택을 양도하면 「소득세법」 제89조 제2항에 따라 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 없다.

2. 「조세특례제한법」 제97조의 감면을 받으려면 국민주택 5호 이상의 임대주택을 2000.12.31. 이전에 임대 개시하고, 그날부터 3월 이내에 주택임대신고서를 관할세무서장에게 제출한 뒤 5년 이상 임대한 주택을 양도해야 한다. 이에 해당하지 않는 임대주택은 감면되지 않는다.

근거 법령·조문 govbrief.kr 조문 페이지로 연결

소득세법 제89조제2항 (비과세 양도소득) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
조세특례제한법 제97조 (장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서면인터넷방문상담4팀-3837 (2006.11.22 회신), "재건축 입주권 두 개와 주택 하나면 비과세되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000030436/

출처·편집 정보

원문: 국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000030436)
원 제목: 3주택자의 2주택이 조합원입주권으로 전환된 후 주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 여부 등
공개 등급: 공개 후보 · 검색 색인 대상
편집: 질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신: 2026-09-10