GovBrief 국세자주 묻는 질문조세특례

선택권 지분·매입가액 한도 초과 시 특례는?

국세청 공식 회신문서번호 법인46013-1750회신일 1999.05.08세목 조세특례회신 후 개정
1. 질문선택권 지분·매입가액 한도 초과 시 특례는?2. 공식 회신국세청 · 1999.05.083. 다툰 결과0건 직접 · 0건 조문 연결4. 현행 조문2개 근거 링크
한 줄 답 · 국세청 회신 1999.05.08

한 번에 100분의 10을 초과해 부여하면 전체가 배제되고 분할 부여하면 초과 차수부터 배제된다.

주식매입선택권의 지분율과 연간 매입가액이 한도를 넘을 때 과세특례 범위를 물었다. 한 번에 100분의 10을 초과해 부여하면 전체가 배제되고 분할 부여하면 초과 차수부터 배제된다. 연간 매입가액 한도 초과분도 특례에서 배제되며 행사차액에는 부당행위계산 부인을 적용하지 않는다.

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법(2026.07.01 시행), 조세특례제한법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 3곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 3 · 문구 동일 0
  1. 같은 번호의 규정 교체회신 당시 시행본 1999.04.01 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 제15조: 회신 당시 제목은 ‘주식매입선택권에 대한 과세특례’이지만 현재 같은 번호의 제목은 ‘벤처기업 출자자의 제2차 납세의무 면제’이다. 같은 번호라도 다른 규정이므로 옛 회신 근거로 연결하지 않는다.

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    제15조(주식매입선택권에 대한 과세특례) ①창업자, 신기술사업자 또는 벤처기업으로서 대통령령이 정하는 내국법인과 증권거래법에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 이 條에서 "創業法人등"이라 한다)의 종업원(벤처企業의 경우 大統領令이 정하는 者를 포함한다. 이하 이 條에서 "從業員등"이라 한다)이 주식매입선택권을 2003년 12월 31일까지 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익(그 株式의 실제 買入價額과 時價와의 差額을 말하며, 株式에는 新株引受權을 포함하는 것으로 한다)은 이를 근로소득ㆍ사업소득 또는 기타소득으로 보지 아니한다. 이 경우 창업법인등에 대하여는 법인세법 제52조의 규정을 적용하지 아니한다. ②제1항의 규정에 의한 주식매입선택권은 다음 각호의 요건을 갖춘 것에 한한다. 1.…

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    제15조(벤처기업 출자자의 제2차 납세의무 면제) ① 벤처기업이 2018년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지의 기간 중 법인세 납세의무가 성립한 사업연도에 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 그 벤처기업의 「국세기본법」 제39조 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서 "출자자"라 한다)는 해당 사업연도의 법인세 및 이에 부가되는 농어촌특별세ㆍ강제징수비(이하 이 조에서 "법인세등"이라 한다)에 대하여 제2차 납세의무를 지지 아니한다. 이 경우 2018년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지의 기간에 납세의무가 성립한 법인세등에 대한 제2차 납세의무를 지지 아니하는 금액의 한도는 출자자 1명당 2억원으로 한다. 1. 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에서…

  2. 같은 번호의 규정 교체회신 당시 시행본 1999.04.01 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 제15조 제1항: 회신 당시 제목은 ‘주식매입선택권에 대한 과세특례’이지만 현재 같은 번호의 제목은 ‘벤처기업 출자자의 제2차 납세의무 면제’이다. 같은 번호라도 다른 규정이므로 옛 회신 근거로 연결하지 않는다.

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ①창업자, 신기술사업자 또는 벤처기업으로서 대통령령이 정하는 내국법인과 증권거래법에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 이 條에서 "創業法人등"이라 한다)의 종업원(벤처企業의 경우 大統領令이 정하는 者를 포함한다. 이하 이 條에서 "從業員등"이라 한다)이 주식매입선택권을 2003년 12월 31일까지 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익(그 株式의 실제 買入價額과 時價와의 差額을 말하며, 株式에는 新株引受權을 포함하는 것으로 한다)은 이를 근로소득ㆍ사업소득 또는 기타소득으로 보지 아니한다. 이 경우 창업법인등에 대하여는 법인세법 제52조의 규정을 적용하지 아니한다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ① 벤처기업이 2018년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지의 기간 중 법인세 납세의무가 성립한 사업연도에 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 그 벤처기업의 「국세기본법」 제39조 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서 "출자자"라 한다)는 해당 사업연도의 법인세 및 이에 부가되는 농어촌특별세ㆍ강제징수비(이하 이 조에서 "법인세등"이라 한다)에 대하여 제2차 납세의무를 지지 아니한다. 이 경우 2018년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지의 기간에 납세의무가 성립한 법인세등에 대한 제2차 납세의무를 지지 아니하는 금액의 한도는 출자자 1명당 2억원으로 한다. 1. 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 100분의 5 이상일 것 2.…

  3. 문구 변경회신 당시 시행본 1999.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제52조: 회신 당시 5개 문장·단위에서 현재 5개로 바뀌었다(수정 4개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ①납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "特殊關係者"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "不當行爲計算"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

동일 종업원에게 발행주식총수의 100분의 10을 초과해 선택권을 부여하거나 수차례 분할 부여한 경우다. 행사 연도의 연간 주식매입가액 합계액이 5천만원을 초과하는 경우도 포함한다.

질의요지

동일 종업원 등에게 발행주식총수의 100분의 10을 초과하여 주식매입 선택권을 부여한 경우에는 주식매입선택권 전체에 대하여 과세특례 적용이 배제됨

본문(원문)

동일 종업원 등에게 발행주식 총 수의 100분의 10을 초과하여 주식매입 선택권을 부여한 경우에는 당해 종업원 등의 주식매입선택권 전체에 대하여 조세특례제한법 제15조의 과세특례 적용이 배제되는 것이나,

주식매입선택권을 수차에 걸쳐 분할하여 부여함으로써 100분의 10을 초과하게 되는 경우에는 누적지분율이 100분의 10을 초과하게 되는 차수의 지분율부터는 과세특례적용이 배제되는 것이며,

종업원 등이 주식매입선택권을 행사하는 연도의 연간 주식매입가액 합계액이 5천만원(2000. 1. 1 이후부터 3,000만원)을 초과하는 경우에는 그 초과부분에 대하여 과세특례적용이 배제되며, 조세특례제한법 제15조 제1항의 규정에 의한 창업법인 등이 동법 동조 제2항의 요건을 갖추어 그 종업원 등에게 주식매입선택권을 부여한 경우에 당해 종업원 등이 2003. 12. 31까지 주식매입선택권을 부여받아 행사함으로써 발생하는 당해 주식의 실제 매입가액과 시가와의 차액에 대하여는 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인의 규정을 적용하지 아니하는 것이며,

동 금액은 기업회계기준에 불구하고 당해 법인의 손금에 해당하지 아니하는 것입니다.

정제 정리

질의

주식매입선택권의 지분율 및 연간 주식매입가액이 한도를 초과한 경우 과세특례 적용 범위.

회답

1. 동일 종업원 등에게 발행주식총수의 100분의 10을 초과하여 부여한 경우에는 선택권 전체에 과세특례 적용이 배제됩니다.

2. 수차례 분할 부여하여 100분의 10을 초과하면 누적지분율이 이를 초과하는 차수의 지분율부터 적용이 배제됩니다.

3. 행사 연도의 연간 주식매입가액 합계액이 5천만원을 초과하면 초과부분에 과세특례 적용이 배제됩니다.

4. 종업원이 2003.12.31.까지 부여받아 행사함으로써 발생하는 실제 매입가액과 시가의 차액에는 부당행위계산 부인을 적용하지 않으며, 해당 금액은 법인의 손금에 해당하지 않습니다.

관련 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 법인46013-1750 (1999.05.08 회신), "선택권 지분·매입가액 한도 초과 시 특례는?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000021610/

출처·편집 정보

원문
국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000021610)
원 제목
주식매입선택권의 과세특례 적용
공개 등급
공개 후보 · 검색 색인 대상
편집
질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신
2026-09-10
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap