국책사업의 주관기관으로부터 배분받은 국고보조금의 부가가치세 과세표준 제외 여부

청구법인이 쟁점국책사업의 참여기관으로서 주관기관에 용역을 제공하고 주관기관으로부터 국고보조금으로 그 대가를 받은 직접적인 대가관계가 있는 것으로 보여지므로 처분청이 쟁점금액을 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 지식경제부 고시 제2010-107호에 의한 광역경제권 선도산업 육성사업(전담기관은 동남광역경제권선도산업지원단이며, 이하 “지원단”이라 한다)과 관련 과제명 “해양플랜트 해외마케팅 역량강화사업”(이하 “쟁점국책사업”이라 한다)의 참여기관으로서 OOO협동조합(이하 “주관기관”이라 한다)을 통하여 국고보조금 258,000,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 수령하고 2010년 제2기 부가가치세 예정신고시 과세표준에 포함하여 신고하였으나, 쟁점금액이「부가가치세법」제13조제2항 제4호에 따라 과세표준에서 제외되는 것으로 보아 2010.12.16. 부가가치세 경정청구 하였다.

나.처분청은 청구법인이 주관기관을 통하여 국고보조금을 지급받은 것은 부가가치세 과세표준에서 제외하지 아니하는 것으로 보아 2011.2.25. 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.4.11. 이의신청을 거쳐 2011.7.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 주관기관과 분담이행방식의 쟁점국책사업 공동수급협정서를 체결하고, 참여기관으로서 주관기관과 동등한 입장에서 쟁점국책사업을 진행하였으며, 공동수급협정에 따라 청구법인의 사업부분인 해양플랜트 해외시장 및 기술정보 수집·분석·보급활동 등을 수행하고 수행결과는 지원단에 직접 보고하였으며, 주관기관에는 재화나 용역을 제공한 사실이 없으므로 청구법인이 수령한 국고보조금은 주관기관에 대한 용역의 공급 등에 따른 대가관계 없이 공동수급협정에 따른 분담비율에 따라 단순히 국고보조금을 배분받은 것에 불과하므로「부가가치세법」제13조제2항 제4호 및「부가가치세법 시행령」제48조제10항의 규정에 의하여 과세표준에 포함되지 아니하여야 함에도 처분청은 청구법인이 주관기관을 통하여 국고보조금을 수령하였기 때문에 부가가치세 과세표준에서 제외되는 용역의 공급으로 볼 수 없는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

지원단이 주관기관과 협약을 체결하여 과제를 발주하였고, 청구법인과 주관기관 간에 체결된 국책사업 협약서에 의하면 청구법인은 참여기관으로서 주관기관과 구분되며, 주관기관이 국고보조금을 받아 참여기관인 청구법인에게 과제수행 대가를 지급하였을 뿐만 아니라 청구법인은 과제수행 결과 등을 주관기관에 보고하게 되어있어 청구법인이 직접적으로 국책사업을 수급받은 것으로 보기 어려우므로 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

국책사업의 주관기관으로부터 배분받은 국고보조금의 부가가치세 과세표준 제외 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액을 합한 금액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가2.금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우: 자기가 공급한 재화의 시가

4. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 용역의 시가

5. 폐업하는 경우: 재고재화의 시가

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

1. 에누리액

2. 환입된 재화의 가액

3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손ㆍ훼손 또는 멸실된 재화의 가액

4. 국고보조금과 공공보조금

5. 공급 대가의 지급이 지연되어 받는 이자로서 대통령령으로 정하는 연체이자

6. 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액으로서 대통령령으로 정하는 할인액

(2) 부가가치세법 시행령제48조 【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 주관기관을 통하여 국고보조금 258,000,000원을 수령하고 공급가액 234,545,455원, 부가가치세 23,454,545원으로 구분하여 2010년 제2기 부가가치세 예정신고시 과세표준에 포함하여 신고하였으나 쟁점금액이「부가가치세법」제13조제2항 제4호 및「부가가치세법 시행령」제48조제10항에 규정된 국고보조금으로서 과세표준에서 제외되는 것으로 보아 2010.12.16. 경정청구하였으며, 처분청은 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2011.2.25. 경정청구를 거부 하였다.

(2)이 건 관련 지식경제부 고시 제2010-107호에 의한 광역경제권 선도산업 육성사업의 지원단과 주관기관인 OOO협동조합 간에 2010년 6월 체결된 “광역경제권 선도산업 육성사업(산업기술생태계) 협약서”의 주요내용은 아래와 같으며 지원단은 주관기관으로 하여금 국책사업을 수행하도록 하고 국고보조금을 지급하였다.가) 과제명 : 해양플랜트 해외마케팅 역량강화사업나) 협약기간(당해연도) : 2010.5.1. ~ 2011.4.30.(12개월)다) 주관기관의 권한과 책임

① 과제의 협약체결 및 수행에 대한 종합관리

② 주관기관이 부담하기로 한 사업비 등 민간부담금의 부담

③ 과제 수행에 필요한 참여인력, 시설의 확보 및 행정지원

④ 사업비의 관리 및 사업비 사용실적의 보고

⑤ 중간보고서, 차년도 사업계획서 및 최종보고서의 제출

⑥ 과제수행결과의 활용 및 성과활용현황 보고서 등 제출

⑦ 국가연구개발사업의 조사·분석·평가자료 제출

⑧ 수행과제의 보안관리

⑨ 연구윤리 준수

⑩ 그밖에 운영요령 및 관리지침에서 주관기관의 권한 또는 책임으로 정한 사항라) 지식재산권 및 유형적 발생품의 귀속 등

① 과제의 수행결과로 발생하는 교보재 등 유형적 결과물은 주관기관의 소유로 한다. 다만 협약이 정하는 바에 따라 참여기관의 소유를 조건으로 부담한 유형적 결과물은 참여기관의 소유로 할 수 있다.

② 과제의 수행결과로 발생하는 지식재산권, 보고서의 판권 등 무형적 결과물은 주관기관의 소유로 한다. 다만 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 주관기관과 참여기관의 계약에 따라 무형적 결과물을 참여기관의 소유로 하거나, 주관기관과 참여기관이 공동으로 소유할 수 있다.(각 호 생략)(3)주관기관과 청구법인간 2010년 6월 체결된 국책사업의 협약서의 주요내용은 아래와 같으며, 주관기관은 지원단으로부터 국고보조금을 수령하여 수령액 중 청구법인에게 쟁점금액을 지급하였다.가) 과제명 : 해양플랜트 해외마케팅 역량강화사업나) 협약기간(당해연도) : 2010.5.1. ~ 2011.4.30.(12개월)다) 주관기관의 권한과 책임

① 사업비 지급

② 참여기관이 주관하는 과제에 대한 종합관리 업무

③ 과제 성과의 활용에 대한 관리

④ 그밖에 ①부터 ③의 업무를 수행하는데 필요한 부수적인 업무, 기타 운영요령 및 관리지침에서 지원단의 권한으로 정한 사항라) 청구법인의 권한과 책임

① 과제에의 공동 참여 및 협력

② 청구법인이 부담하기로 한 사업비 부담

③ 과제수행결과의 활용

④ 그밖에 운영요령 및 관리지침에서 참여기관의 권한 또는 책임으로 정한 사항마) 수행결과 및 사업비 사용실적 보고

① 청구법인은 당해연도 중간보고서, 차년도 사업계획서 및 사업비 사용실적보고서 관련 서류를 주관기관이 요청한 기한내에 주관기관에 제출하여야 한다.

② 청구법인은 최종보고서(전자파일을 포함한다), 사용실적보고서 관련 서류 및 성과활용현황보고서를 주관기관이 요청한 기한내에 주관기관에 제출하여야 한다.

③ 주관기관은 사업비의 투명하고 공정한 집행을 확인하기 위하여 청구법인에게 사업비의 집행내역에 관한 자료를 요구하거나 현장실태조사를 실시할 수 있으며, 청구법인은 주관기관 또는 주관기관이 지정하는 자의 요구에 성실히 응하여야 한다.

④ 청구법인은 정산금을 운영요령 및 관리지침, 사업비에 관한 요령, 기타 부속규정에 정한 바에 따라 주관기관이 요청하는 기간내에 주관기관이 지정한 계좌에 입금하여야 한다.

⑤ 사업비의 사용실적 보고, 평가 및 정산에 관한 세부사항은 운영요령 및 관리지침, 사업비에 관한 요령에 정한 바를 따른다.바) 지식재산권 및 유형적 발생품의 귀속 등

① 본건 과제의 수행결과로 발생하는 교보재 등 유형적 결과물은 주관기관의 소유로 한다. 다만 협약이 정하는 바에 따라 청구법인의 소유를 조건으로 부담한 유형적 결과물은 청구법인의 소유로 할 수 있다.

② 본건 과제의 수행결과로 발생하는 지식재산권, 보고서의 판권 등 무형적 결과물은 주관기관의 소유로 한다. 다만 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 주관기관과 청구법인과의 계약에 따라 무형적 결과물을 청구법인의 소유로 하거나, 주관기관과 청구법인이 공동으로 소유할 수 있다.(각 호 생략)

(4) 2009.10.15. 주관기관과 청구법인 간에 체결된 국책사업의 공동수급협정서(분담이행방식)의 주요내용은 아래와 같다.

① 제2조(공동수급체) 공동수급체의 대표자는 주관기관인 OOO협동조합이며, 공동수급체의 구성원은 청구법인으로 한다.

② 제7조(구성원의 분담내용) 각 구성원의 해외마케팅 지원사업의 분담내용은 다음과 같이 정한다.a. 공동수급체 대표자(OOO협동조합) : 마케팅지원사업 총괄기능 수행, 전시홍보 지원활동, 3D제품 홍보물 제작 지원활동, 선주 등 국내감독관 대상 연계마케팅 지원활동b. 공동수급체 구성원(청구법인) : 공동수급대표자 협력 및 지원활동, 해양플랜트 해외시장 및 기술정보 수집·분석·보급활동, 해양플랜트 해외마케팅전략 수립 및 보급활동, 글로벌 브랜드 및 디자인 개발 지원활동

(5) 지원단에 제출한 2009.10.15. 주관기관과 청구법인 간에 체결된국책사업의 공동수급협정 체결확인서에는 대표사는 주관기관으로 하여 전시홍보 및 3D제작, 연계마케팅 지원사업을 분담하는 것으로, 청구법인은 공동수급사로 시장 및 기술정보 지원, 마케팅전략, 브랜드 및 디자인 업무를 분담하는 것으로 기재되어 있다.

(6) 청구법인이 작성한 “해양플랜트 해외마케팅 역량강화사업”(해양플랜트 시장분석) 최종보고서는 2010.4.30. 작성되어 주관기관이 아닌 지원단에 제출하는 것으로 기재되어 있다.

(7) 2010.12.14.자 월간 “해양과 조선” 인터넷 기사에는 청구법인이 2010.12.3. 지식경제부와 지원단의 후원으로 거제 OOO호텔에서 국내 해양플랜트 기업체와 해외 유력 선주사 관계자들을 초청하여 “제1회 대선주 리셉션”을 개최하였음이 나타난다.

(8) 위 관련법령 및 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 참여기관으로서 주관기관과 동등한 입장에서 쟁점국책사업을 진행하였고, 국책사업의 수행결과는 지원단에 직접 보고하였으며, 주관기관에는 재화나 용역을 제공한 사실이 없으므로 청구법인이 수령한 국고보조금은 주관기관에 대한 용역의 공급 등에 따른 대가관계 없이 공동수급협정에 따른 분담비율에 따라 단순히 국고보조금을 배분받은 것에 불과하므로 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하고 있다.그러나, 주관기관과 청구법인간 2010년 6월 체결된 국책사업의 협약서 제4조 제1항 나목에는 주관기관은 청구법인이 주관하는 과제에 대한 종합관리의 권한과 책임이 있는 것으로 나타나고, 제6조에는 청구법인은 최종보고서(전자파일 포함), 사용실적보고서, 관련서류 및 성과활용현황보고서를 주관기관이 요청한 기한내에 주관기관에 제출하여야 하는 것으로 나타나는 등 청구법인이 주관기관과 동등한 입장에서 쟁점국책사업을 수행하였다고 보기 보다는 참여기관으로써 주관기관의 지휘를 받아 국책사업을 수행하였다고 보여지고, 청구법인이 쟁점국책사업의 수행결과를 전담기관인 지원단에 제출하였다 하여도 이는 주관기관의 통제하에 이루어진 것으로 보여진다.그렇다면, 재화나 용역을 공급받는 자가 국고보조금을 재원으로 하였더라도 공급받은 재화나 용역의 대가를 지급하는 경우에는 부가가치세 과세표준에서 제외하지 않는 것인 바, 이 건의 경우 청구법인이 쟁점국책사업의 참여기관으로서 주관기관에 용역을 제공하고 주관기관으로부터 국고보조금으로 그 대가를 받은 직접적인 대가관계가 있는 것으로 보여지므로처분청이 쟁점금액을 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 없는 것으로 보아경정청구를 거부한 처분은 달리잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.