연구기관 연구원의 95년도분 연구활동비 비과세기준적용시 연?월차수당을 정근수당과 다른 것으로 보아 과세한 처분의 당부(기각)

재정경제원고시가 연구기관이 연구원들에게 지급한 연구활동비의 비과세 범위계산시 급여합계액에 연·월차 수당을 포함하고자 했다면 그 문언을 “비과세분 정근수당”이라고 하지 않고 “비과세분 수당”이라고 했어야 할 터인 데 그렇게 하지 않은 이유는 양자를 구분하여 “비과세분 정근수당”만을 규정코자한 것이라고 해석함이 타당한 것으로 판단되므로 처분청의 당초 처분에는 잘못이 없음

1. 원처분의 개요청구법인은 95년도분 근로소득세 원천징수 및 연말정산을 실시하면서 연구원에게 지급한 연구활동비에 대해 재정경제원 고시가 정한 기준에 따라 연간 급여합계액(과세대상급여와 “비과세분 연·월차수당” 및 연구활동비)의 합계액의 40/100을 한도로 비과세 처리하였다.처분청은 청구법인에 대하여 95년 및 96년 귀속분 원천세 표본조사시 연구기관 연구원의 비과세되는 연구활동비중 95년 귀속 과대계상액 180,303,156원과 96년 귀속 과대계상액 75,427,361원을 근로소득에 산입하여 98.3.10 청구법인에게 근로소득세 95년 귀속분 41,066,060원과 96년 귀속분 19,923,530원을 결정고지 하였다.청구법인은 이중 95년 귀속분중 25,273,310원에 대하여 불복, 98.5.4 심사청구를 거쳐 98.7.23 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견가. 청구법인 주장연구기관 연구원의 95년도분 연구활동비 비과세기준을 정한 재정경제원 고시(제1995-12, 95.4.15)는 당해 연구원의 95년도분 급여합계액(과세대상이 되는 급여와 “비과세분 정근수당” 및 연구활동비를 합계한 금액을 말한다)의 100분의 40에 상당하는 금액을 한도로 한다고 되어 있으나소득세법시행령이 연구기관 연구원의 연구활동비 비과세규정을 창설한 근본취지는 대학교원의 연구보조비에 준하여 연구기관 연구원에 대한 연구활동비 비과세를 법제화한 것인 바청구법인의 경우 정근수당이라는 명목의 수당은 지급된 사실이 없고 연·월차 수당만 존재하므로 위 고시중 비과세분 정근수당을 비과세분 연·월차수당으로 대체 해석하여 계산하여야 한다.

나. 국세청장 의견청구법인은 위 재정경제원고시 내용중 비과세분 정근수당은 청구법인이 지급한 바 없는 수당이므로 이를 비과세분 연·월차 수당으로 해석하여야 한다고 주장하나정근수당은 공무원이 법령에 의하여 지급받는 정근수당과 사립학교 교직원이 교육공무원에 준하여 지급받는 정근수당을 말하고, 연·월차수당은 근로기준법의 적용을 받는 근로자들이 매년, 매월 단위로 만근을 했을 때만 지급을 받는 수당을 말하는 것으로소득세법시행령 제12조의2에서도 정근수당과 연·월차수당을 별도로 구분하고 있음을 알 수 있고만약 비과세분 연·월차수당이 비과세분 정근수당에 포함된다면 위 재정경제원고시의 문언도 “비과세분 정근수당”이라고 하지 않고 “비과세분 수당”이라고 해야할 터인데 “비과세분 정근수당”이라고 규정한 이유는 양자를 구분하여 비과세분 정근수당만을 규정한 것이고 재경부 세제실도 비과세분 정근수당에 연·월차수당을 포함시킬 수 없다고 유권해석하고 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

연구기관 연구원의 95년도분 연구활동비 비과세기준적용시 연·월차수당을 정근수당과 다른 것으로 보아 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관계법령95.1.1 시행소득세법 제5조(비과세소득)는 「다음 각호의 소득에 대하여는 소득세를 부과하지 아니한다」고 규정하면서, 그 제4호(근로소득과 퇴직소득) (파)목에서 「대통령령이 정하는 근로소득자가 받는 복지후생적인 성질의 급여」을 비과세 소득으로 규정하고 있고같은법시행령 제12조의2(복지후생적인 성질의 급여의 범위) 제2항 제7호에서는 「근로기준법에 의하여 근로자가 유급휴가일에 근로를 제공함으로 인하여 통상임금에 가산하여 지급받는 주휴수당·생리휴가수당 또는 월차·년차수당 및 공무원이 법령에 의하여 지급받는 정근수당과 사립학교교직원이 교육공무원에 준하여 지급받는 정근수당중 연 100만원에 상당하는 금액」은 비과세소득으로 규정하고 있으며같은법시행령 제38조(근로소득의 범위) 제1항 제8호는 기술수당·보건수당·연구수당 기타 이와 유사한 성질의 급여는 근로소득의 범위에 포함되는 것으로 하면서 그 단서에서 「대학, 전문대학 및 이에 준하는 학교의 교원이 받는 연구보조비와 특정연구기관육성법의 적용을 받는 연구기관 또는 특별법에 의하여 설립된 정부출연기관에서 연구활동에 종사하는 자가 받는 연구활동비로서 재정경제원장관이 정하는 기준에 의한 금액은 근로소득에서 제외」하도록 규정하고 있고위 조항(시행령 제38조 제1항 8호 단서)의 위임을 받아 95.4.15 고시된 재정경제원장관 고시 제 1995-12호 “연구기관 연구원이 받는 연구활동비에 대한 소득세 비과세 기준” 제2호는 「연구기관 연구원의 1995년도분 연구활동비 비과세기준은 당해 연구원의 1995년도 급여합계액(과세대상급여와 비과세분 정근수당 및 연구활동비를 합계한 금액을 말한다)의 100분의 40에 상당하는 금액을 한도로 한다」규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구법인이 특정연구기관육성법시행령 제3조(연구기관의 지정) 소정의 연구기관이며 그 연구원은 근로기준법상의 근로자에 해당되는 사실과 청구법인은 95년도분 근로소득세 원천징수 및 연말정산을 실시하면서 구소득세법시행령 제12조의2의 규정에 의거 청구법인소속 연구원이 받는 연·월차수당에 대해 연간 1인당 100만원을 한도로 비과세 처리한 사실은 위 관계법령 및 청구이유서에서 확인되고 있다.청구법인은 전시 재정경제원장관고시내용중 “비과세분 정근수당”이란 문언에 대해 청구법인의 경우 정근수당이라는 명목의 수당을 지급한 사실이 없고 연·월차 수당만을 지급하고 있으므로 정근수당이란 문언을 연·월차 수당으로 대체 해석하여야 한다고 주장하고 있다.그러나소득세법시행령 제38조제1항 제8호 단서가 연구기관 연구원이 받는 연구활동비에 대한 소득세비과세 기준을 재정경제장관의 고시에 위임한 것은 조세정책의 필요와 세정여건의 변화에 따라 이를 탄력적으로 운용토록 재량권을 부여한 것으로 해석하여야 할 것이므로 위 고시의 해석에 있어서도 문언 그대로 해석해야 할 것으로 판단되는 바, 이에 따라 위 고시의 내용도 96년부터는 “비과세분 정근수당”이라는 문언을 삭제하였고 그 비과세 범위도 계속 축소시키고 있으며(95년 40% → 96년 35% → 97년 30% → 98년 25%)또 정근수당은 공무원 수당규정 제7조에 의거 예산의 범위안에서 “근무년수”에 따라 공무원에게 지급되는 것인데 대하여 연·월차 수당은근로기준법 제47조및 제48조의 규정에 따라 근로자가 “유급휴가일”에 근로를 제공함으로 인하여 지급하는 것으로 그 성질이 상이하며 구소득세법시행령 제12조의2에서도 양자를 별도로 규정하고 있다.

따라서 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 볼 때 위 재정경제원고시가 연구기관이 연구원들에게 지급한 연구활동비의 비과세 범위계산시 급여합계액에 연·월차 수당을 포함하고자 했다면 그 문언을 “비과세분 정근수당”이라고 하지 않고 “비과세분 수당”이라고 했어야 할 터인 데 그렇게 하지 않은 이유는 양자를 구분하여 “비과세분 정근수당”만을 규정코자한 것이라고 해석함이 타당한 것으로 판단되므로 처분청의 당초 처분에는 잘못이 없다 할 것이다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.