법인이 보유하고 있는 타법인 주식의 평가액을 장부가액으로 하여 지급이자 손금불산입액을 계산한 처분의 당부(기각)

청구법인이 보유한 주식을 재평가하여 기장한 장부가액에 대한 지급이자를 손급불산입하여 계산한 당초처분은 정당함.

1. 원처분 개요청구법인은 89.1.1～89.12.31 사업년도중 OO건설(주)의 주식 641,000주를 보유하고 있었으며, 그 취득가액은 2,947,126,448원이고, 89.1.1 자산재평가한 장부가액은 18,946,037,000원이다.청구법인은 89.1.1～89.12.31 사업년도 과세표준신고시법인세법 제18조의3제1항에서 규정한 지급이자에 대한 손금불산입액을 조정하면서 위 취득가액을 기준으로 하여 계산하였으나, 처분청은 위 장부가액에 의하여 재계산하여 청구법인이 손금계상한 지급이자중 2,102,432,119원을 추가로 손금불산입하고, 92.5.16 89.1.1～89.12.31 사업년도 법인세 930,977,250원 및 동 방위세 198,679,830원을 고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 92.7.10 심사청구를 거쳐 92.10.30 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구법인의 주장은 다음과 같다.1)법인세법 시행령 제43조의2제2항(85.12.31)은 89.12.30 개정이전까지 주식취득 자금등은 단지 “자산의 합계액은 적수로 계산한 금액을 말하며”로 규정하고 있으며, 같은법시행규칙(90.12.31개정전) 별지 제6-14호(을)지의 주식취득자금적수는 “주식을 취득하기 위하여 지급하였거나 지급할 금액을 기입한다”라고 명시되어 있으며, 국세청에서 발간한 90년도 법인세 신고안내 책자에서도 취득한 다른 법인의 주식(출자금 포함)으로 안내하였으며, 91년도 법인세 신고안내책자에서는 다른 법인의 주식가액은 장부가액으로 하도록 안내하였다.

2) 처분청이법인세법 제18조의 3의 규정을 적용함에 있어 당초 차입금에 의한 다른 법인의 주식을 취득함으로 인한 지급이자 손금불산입 개념에서 보유함으로 인한 세제상의 불이익처분 개념으로 전환한 시점은같은법시행령 제43조의2제2항 후단의 규정(이 경우 법 제18조의3 제1항 제1호의 자산은 장부가액으로 하며)을 89.12.30일자로 신설하여 90.1.1부터 시행하는 것으로 개정하였음에도 불구하고, 청구법인의 89사업년도의 법인세 신고액을 장부가액으로 하여 지급이자 손금불산입 과세처분한 것은 법 적용을 소급하여 과세한 것으로서 위법하다.

나. 국세청장 의견은 다음과 같다.1)법인세법 제18조의3제1항의 규정은 85.12.23 개정전 까지는 다른 법인의 주식을 “소유”한 것에 대한 손금규제규정이었으나 개정되면서 다른 법인의 주식을 보유하고 있는 것에 대한 손금규제규정으로 바뀌었고,같은법시행령 제43조의2제1항 제1호의 규정도 “주식의 취득가액”에서 법 제18조의3 제1항 및 2호에 해당하는 자산의 합계액”으로 개정되어 “보유”에 대한 손금규제로 전환한 사실을 알 수 있다.

2) 법인세법 시행규칙 제6-14호 서식(을)의 작성요령이 개정되지 아니하였다 하여 상위법령의 효력에 까지 영향을 미치는 것은 아니므로, 청구법인이 보유한 주식을 재평가하여 기장한 장부가액 18,946,037,000원에 대한 지급이자를 손급불산입하여 계산한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

청구법인이 보유하고 있는 주식의 평가를 장부가액으로 하여 지급이자손금불산입액을 계산한 당초처분의 당부에 다툼이 있다.법인세법 제18조의3제1항(85.12.23 개정후)에 「다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 보유하고 있는 내국법인이 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 다음 각 호의 자산합계액한도액에서 대통령령이 정하는 금액은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 다른 법인의 주식(출자금액을 포함하며 대통령령이 정하는 주식은 제외한다)

2. 제20조의 규정에 의한 특수관계있는 자에게 업무와 직접 관련없이 지급한 가지급금 등

3. 당해 법인의 업무에 직접 관련없는 부동산」이라고 규정하고 있으며같은법시행령 제43조의2제1항(89.12.30 개정) 「법 제18조의3 제1항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산함 금액의 합계액을 말한다.」고규정하고, 그 제2항에 「제1항의 산식중 총차입금·자기자본 및 제18조의 3 제1항 제1호·제2호 및 제3호에 해당하는 자산의 합계액은 적수로 계산한 금액을 말하며, 자기자본의 계산에 관하여는 제67조의 4의 규정을 준용한다. 이 경우 법 제18조의 3 제1항 제1호의 자산은 장부가액으로 하며, 법 제18조의 3 제1항 제3호의 자산은 취득가액이나 당해 사업년도 종료일(사업년도중 양도한 경우에는 양도일)현재의 장부가액 또는 재무부령이 정하는 기준시가중 많은 금액으로 한다. (89.12.30 후단신설)」고 규정하고 있다.

위 규정은 80.12.31 신설이후 85.12.23 개정전까지는 다른 법인의 주식을 “소유”한 것에 대한 지급이자 손금규제규정이었으나, 85.12.23 개정되면서 동 규정은 다른 법인의 주식을 “보유”하고 있는 것에 대한 손금규제규정으로 바뀌었고, 이에 관련된같은법시행령 제43조의 2제1항 제1호의 규정은 당초 80.12.31 신설이후 85.12.31 개정전까지는 당해 법인이 소유하고 있는 “주식의 취득가액”에 의하여 지급이자 손금불산입액을 계산하도록 하는 명문규정이었으나, 85.12.31 개정시 동 규정이 삭제되면서 “법 제18조의3 제1항 제1호에 해당하는 자산의 합계액”으로 개정되어 “보유”하고 있는 것에 대한 손금규제규정으로 전환한 사실을 알 수 있는데 이는 장부가액에 의하여 계산한다는 취지(재무부 법인 22631-66, 92.3.19 동지)로 해석되어야 하며,또한 당시 적용되던 법인세법 시행규칙 별지서식 제6-14호(을)의 작성요령은 상위 법령의 개정에 따른 개정이 미처 아니되었을 뿐이지 동 서식이 개정되지 아니하였다 하여 상위 법령의 효력에 까지 영향을 미치는 것은 아니라 할 것이다. (국심 91서402, 91.8.8 합동회의 동지)따라서 위 법령규정에 의하여 청구법인이 보유한 (주)OO건설주식의 가액을 89.1.1자 재평가액인 18,946,037,000원으로 하여법인세법 제18조의 3제1항의 지급이자 손금불산입 해당금액을 계산한 당초처분은 타당하다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.