양도소득특별공제액의 계산이 적정한지 여부(경정)

취득시부터 양도시까지의 도매물가상승율이 6.2% 이었음이 국세청의 연도별·월별 양도소득특별공제율표에 의하여 확인되어 처분청이 적용한 공제율 2.89%는 잘못된 결정이라 할 것이고, 또한 양도 소득공제 대상자임에도 이를 공제하지 아니한 당초처분은 부당함

1. 사실 및 처분개요 청구인은 서울특별시 서초구 OO동 OOOOOOO 대지 263.06㎡ (이하 “토지”라 한다)를 90.12.10 480,000,000원으로 취득하여 91.7.25 동 지상에 다가구주택 658.09㎡를 신축하여 93.4.16 위 토지와 건물 (이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 710,000,000원에 청구외 OOO에게 일괄 양도하고 토지(대지)는 실지거래가액(취득가액 : 480백만원, 양도가액 : 510백만원)에 의하여, 건물은 기준시가에 의하여 93.5.31 자산양도차익 예정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 양도가액(710백만원)을 토지와건물로 안분한 근거가 불분명하다는 이유로 토지에 대하여는 소득세법시행령 제170조 제2항의 규정에 따라 실지양도가액 710,000,000원을 기준시가에 의한 안분한 560,796,540원을 토지의 양도가액으로, 취득가액을 480,000,000원으로 하여 양도차익을 결정하고, 건물에 대하여는 기준시가에 의하여 이건 양도차익을 결정하여 97.1.16 청구인에게 93년 귀속 양도소득세 25,734,350원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.2.14 심사청구를 거쳐 97.6.13 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점부동산을 93.4.16에 710,000,000원에 양도하면서 매수인과 합리적인 평가방법으로 토지(510백만원)와 건물(200백만원)의 가액을 구분하여 93.5.31 양도소득세를 자진 신고 납부하였음에도, 토지의 취득시에는 절정의 시점에 구입하여 하락추세에 있는 시점에 양도한 사실을 간과하고 토지의 양도가액을 적게 평가하였다는 이유로 신고한 내용을 부인하고 기준시가로 안분 계산한 처분은 부당하고 또 양도소득공제를 하지 아니하고 양도소득특별공제를 잘못 산정한 처분은 경정되어야 한다는 주장이다.

나. 국세청장 의견 청구인이 신고시 제시한 양도계약서의 사본에 의하면 토지가액 510,000,000원 건물가액 200,000,000원으로 되어 있는바, 신고시는 물론 이건 청구시에도 당초 계약서 원본을 제시하지 아니하여 토지·건물가액이 실제로 구분 기재되었는지 확인되지 아니하고 건물대금의 산출근거도 제시하지 아니하여 이 건 양도가액중 토지·건물가액을 소득세법 시행령 제170조 제2항의 규정에 의하여 기준시가로 안분 계산한 당초 처분은 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점부동산중 토지(대지)에 대한 양도차익을 결정함에 있어 총 양도가액을 토지와 건물의 기준시가 비율로 안분계산하여 토지의 양도가액을 결정한 처분의 당부와

(2) 양도소득공제의 대상인지와 양도소득특별공제액의 계산이 적정한지 여부를 가리는데 있다.

나. 쟁점(1)을 본다.

(1) 관련법령 소득세법 제23조 제4항에서 “양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다”라고 하면서 그 제1호에서 “제23조 제1항 제1호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해자산의 양도시의 기준시가. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 실지거래가액에 의한다.”고 규정하고, 같은법 제45조 제1항에 “거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에 공제할 필요경비는 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.”고 규정하고 제1호 가목에서 “당해자산의 취득당시의 기준시가에 의한 금액. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다”라고 규정하고 있다. 같은법 시행령 제170조 제2항에서 “토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 이 경우에 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분 계산한다.

(2) 사실관계 및 판단 청구인은 90.12.10 쟁점부동산중 토지를 480,000,000원에 취득하여 위 토지에 건물을 신축하여 93.4.16 토지와 건물을 710,000,000원에 양도하고 토지의 양도가액을 510,000,000원, 건물의 양도가액을 200,000,000원으로 구분 신고한 바 있으므로 토지의 양도차익결정은 위 신고한 실지거래가액에 의하여야 한다는 주장인 바, 처분청은 쟁점부동산의 실지양도 및 취득가액을 인정하였으나, 토지의 양도가액을 부당히 낮게 산정 하여 양도소득세를 감소시켰다고 보아 위 신고내용을 부인하고 전시와 같은 방법으로 이 건 과세한 사실을 알 수 있다. 이를 살펴보면 첫째, 청구인은 토지와 건물의 양도가액의 구분을 매수인인 청구외 OOO과 합의하여 위와 같이 토지가액을 510,000,000원, 건물가액을 200,000,000원으로 구분하였다고 하면서 그 구분의 근거자료로 검인계약서사본을 제시하고 있으나, 위 검인 계약서는 매매 당시에 체결된 실지매매계약서로 보여지지 아니하고, 또 토지와 건물의 가액을 구분할 수 있는 평가서 등을 제시하지 아니하여 각 자산별 가액을 알 수 없고, 둘째, 쟁점부동산중 건물은 91.7.25 신축하여 93.4.16 양도하므로써 그 신축당시 실지 공사대금을 입증할 수 있을 것으로 보여짐에도 이를 전혀 제시하지 아니함은 위 부동산의 자산별 실지거래액을 정상적으로 반영한 것이라고 볼 수 없고, 셋째, 위 토지의 취득시부터 양도시까지 기준시가 상승율과 청구주장 실지거래가액 상승율을 비교하여 보면 기준시가 상승율은 47.3%임에도 실지거래가액 상승률은 불과 6%에 불과하다.

위 사실을 모아 볼때, 청구인은 양도소득세를 경감하기 위하여, 양수인은 건물의 감가상각을 높이기 위하여 토지의 가액을 부당히 낮추고 건물의 가액을 높인 것으로 판단된다. 따라서 이 건의 경우 쟁점부동산의 양도가액중 토지와 건물의 가액이 명확히 구분되지 않는 경우에 해당된다 할 것이므로 처분청이 전시한 소득세법 시행령 제170조 제2항의 규정에 의하여 쟁점부동산의 양도가액을 자산별 기준시가로 안분계산하여 토지의 양도가액으로 결정한 당초처분은 잘못이 없다 할 것이다.

다. 쟁점(2)를 본다.

(1) 관련법령 소득세법 제23조 제2항에 의하면 “양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 다시 다음 각호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 자산의 보유기간이 2년 미만인 것과 제70조 제7항에 규정하는 미등기양도자산에 대하여는 다음 각호의 금액을 공제하지 아니한 금액으로 한다.”고 규정하고 동조 제1호에서 “제1항 제1호에 규정하는 자산에 있어서 그 취득가액에 대통령령이 정하는 율과 그 취득일로부터 양도일까지의 기간을 곱한 금액(이하 “양도소득 특별공제액”이라 한다). 다만, 양도소득 특별공제액은 당해 자산의 양도차익을 한도로 한다.” 고 규정하고, 같은법 시행령 제46조 제1항에서 대통령령이 정하는 율이라 함은 재무부령이 정하는 “도매물가 상승율”을 말한다고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 청구인은 처분청이 토지에 대한 양도소득특별공제를 잘못 계산하여 과소공제(13,872,000원공제) 하였다는 주장인 바, 이를 살펴보면, 청구인은 90.12.10 위 토지를 취득하여 93.4.16 이를 양도하므로써 취득시부터 양도시까지의 도매물가상승율이 6.2% 이었음이 국세청의 연도별·월별 양도소득특별공제율표에 의하여 확인되어 처분청이 적용한 공제율 2.89%는 잘못된 결정이라 할 것이고, 또한 양도 소득공제 대상자임에도 이를 공제하지 아니한 당초처분은 잘못이 있다할 것이다.

라. 결론 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.