비업무용부동산에 해당하지 아니한다 하여 지급이자의 손금불산입대상에서 제외할 수 있는지 여부(기각)

공유수면을 매립하여 취득한 농경지이나 농업이 주업 아닌 차입금 과다법인이 보유하는 농경지로서 관련지급이자를 손금불산입함은 정당함

1. 처분개요

청구법인은 건설업을 영위하는 법인으로서 ’80.1.14 농수산부장관으로부터 경기도 김포지구 간척농지의 조성목적으로 공유수면매립면허를 받고, ’91.1.8 공유수면매립공사의 준공인가를 받은 후 간척농지인 인천직할시 OO동, OO동, OO동 소재 1,279필지 전·답 등 12,620,847㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 소유권 보존등기를 하였고, ’91.1.1～’91.12.31 사업년도분 법인세 신고시 쟁점토지를 농경지가 아닌 미간지(미완성농지)로 보아 업무무관자산 또는 비업무용부동산에 해당없는 것으로 하여 아래와 같이 각 사업년도 소득금액을 10,360,666,935원으로 신고하였다.청구법인 신고 및 처분청 경정내용(단위 : 원)

구 분

청구법인 신고 (A)

처분청 경정 (B)

증 감 (B-A)

○수 입 금 액

995,363,378,357

995,363,378,357

-

○당기순이익

16,106,566,965

16,106,566,965

-

소 득

조 정

익금산입

188,184,049,403

207,091,675,531

18,907,626,128

손금산입

193,929,949,433

193,929,949,433

-

○소 득 금 액

10,360,666,935

29,268,293,063

18,907,626,128

주/ 소득금액 18,907,626,128원이 증가한 것은 처분청의 지급이자 손금불산입에 기인됨.처분청은 쟁점토지가 공유수면매립지 준공인가일인 ’91.1.8부터 농경지에 해당하는 것으로 보고,법인세법 제18조의 3제2항 제3호의 규정에 의한 차입금 과다법인(차입금이 자기자본의 2배이상 법인)의 업무무관자산(농경지 등)에 준하는 부동산에 관련된 해당 지급이자 18,907,626,128원을 손금불산입하여 ’97.2.1 청구법인에게 ’91.1.1～’91.12.31 사업년도분 법인세 10,951,489,280원을 부과처분하였다.청구법인은 이에 불복하여 ’97.3.25 심사청구를 거쳐 ’97.6.21 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장

(1) 처분청은 쟁점토지를 농경지로 보아 이 건 과세하였는 바, 쟁점토지가 비록 공유수면매립 간척농지로서 ’91.1.8 준공되어 공부상 지목이 전·답으로 되어 있으나 사실상 현황은 농경지가 아닌 미간지에 불과하며, 그동안 농경지로 사용할 수 없었던 것은 당초 정부에서 공급하기로 되어 있던 농업용수공급이 되지 아니하여 쟁점토지에 대한 제염이 불가능한 관계로 영농에 공할 수 없었던 것이므로 이 건 처분은 부당하며,

(2) 쟁점토지를 농경지로 본다 하더라도 이 건 처분근거규정인법인세법 제18조의 3제2항 제3호의 단서(괄호부분)에서 같은조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 부동산은 제외하는 것으로 되어 있고, 이 건 경우법인세법 제18조의 3제1항 제1호의 위임을 받은법인세법 시행령 제43조의 2제1항 및법인세법 시행규칙 제18조제4항 제12호에서 공유수면매립법에 의하여 취득한 매립지는 4년간 비업무용부동산에서 제외하는 것으로 규정되어 있으므로 동 규정을 적용하면 ’94 사업년도까지는 쟁점토지보유에 대하여 과세할 수 없다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지를 농경지로 볼 수 없다는 주장이나 쟁점토지는 당초 농경지 조성을 목적으로 공유수면매립면허를 얻어 ’91.1.8 당초 인가내용대로 농경지로 준공되었고 공부상에도 지목이 농경지인 전·답으로 등재된 사실 등에 미루어 볼 때 농경지로 보는 것이 타당하며,

(2) 또한, 청구법인은 쟁점토지의 경우 공유수면매립지로서법인세법 시행규칙 제18조제4항 제12호의 규정에 의하여 취득일(’91.1.8)로부터 4년간은 비업무용부동산에서 제외되므로 이 건 처분은 부당하다는 주장이나, 청구법인의 경우 농업을 영위하는 법인이 아니며 차입금이 자기자본의 2배이상이고 앞에서 본 바와 같이 쟁점토지가 농경지에 해당하므로 처분청이법인세법 제18조의 3제2항 제3호의 규정에 의하여 업무무관자산에 준하는 부동산에 관련된 지급이자를 손금불산입한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지를 차입금 과다법인이 보유한 업무무관자산인 농경지로 보아법인세법 제18조의 3제2항 제3호의 규정에 의하여 해당지급이자를 손금불산입한 처분의 당부

② 쟁점토지를 농경지로 보아 위 규정에 의한 지급이자 손금불산입대상이 되는 경우에도 공유수면매립지로서법인세법 제18조의 3제1항 제1호,동법 시행규칙 제18조제4항 제12호의 규정을 적용하여 취득한 날부터 4년간 비업무용부동산에 해당하지 아니한다 하여 지급이자의 손금불산입대상에서 제외할 수 있는지 여부

나. 관련법령

법인세법 제18조의 3제1항(’90.12.31 개정된 것)에서 「다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.」고 규정하고, 그 제1호에서 「당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것」이라고 규정하고 있고,같은법 시행령 제43조의 2제1항(’90.12.31 개정된 것)에서 「법 제18조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산 등”이라 한다)을 말한다.」고 규정하고, 그 제1호에서 「부동산 취득후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산」이라고 규정하고 있고,같은법 시행규칙 제18조제3항(’90.4.4 개정된 것)에서 「영 제43조의 2 제5항(’90.12.31 개정전의 것)에서 “비업무용부동산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.」고 규정하고, 그 제5호에서 「농경지·묘포장용부동산·목장용부동산. 다만, 다음에 해당하는 부동산을 제외한다.

가. 농업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 농경지·묘표장용부동산으로서 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 7 이상인 부동산」이라고 규정하고 있고 있으며, 같은조 제4항에서 「다음 각호의 1에 해당하는 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다.」고 규정하고, 그 제12호(’90.4.4 신설된 것)에서 「공유수면매립법에 의하여 매립의 면허를 받은 법인이 매립공사를 하여 취득한 매립지로서 당해 매립지의 소유권을 취득한 날부터 4년이 경과되지 아니한 것」이라고 규정하고 있다.

한편,법인세법 제18조의 3제2항(’90.12.31 개정된 것)에서 「대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 보유하는 경우에 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.」고 규정하고, 그 제3호에서 「임야·농경지·목장용부동산 기타 대통령령이 정하는 용도에 사용되는 부동산(제1항 제1호의 규정을 적용받는 부동산의 부분을 제외한다)」이라고 규정하고 있고,같은법 시행령 제43조의 2제5항(’90.12.31 개정된 것) 본문에서 「법 제18조의 3 제2항에서 “대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인”이라 함은 차입금(제13항의 규정에 의하여 지급이자가 이미 부인된 차입금을 제외한다)이 자기자본의 2배(소비성 서비스업의 경우에는 자기자본 상당액)를 초과하는 법인을 말한다.」고 규정하고 있고,같은법 시행령 제43조의 2제6항(’90.12.31 개정된 것)과 같은법 시행령 부칙(’90.12.31 개정된 것) 제5조 제2항 및법인세법 시행령 제30조제4호(’89.12.30 신설된 것)에서 「법 제18조의 3 제2항에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액”이라 함은 다음의 산식에 의하여 계산한 금액.

지급이자 × 재무부령이 정하는 업무무관자산에 준하는 부동산의 합계액(총차입금을 한도로 한다) / [총차입금 × (총차입금-자기자본의 2배) / 총차입금]」이라고 규정하고 있고,같은법 시행령 제43조의 2제11항(’90.12.31 개정된 것)에서 「법 제18조의 3 제2항 제3호에서 “대통령령이 정하는 용도에 사용되는 부동산”이라 함은 제5항의 규정에 의한 법인이 보유하는 임야·농경지·목장용부동산·연수원 또는 휴양소용부동산 기타 재무부령이 정하는 부동산을 말한다.」고 규정하고 있다.

다. 쟁점①에 대하여

(1) 처분청은 건설업을 영위하는 청구법인의 경우 차입금 과다법인(차입금을 자기자본의 2배 이상 보유)에 해당하고, 또한 쟁점토지가 ’91.1.8 현재 농경지라는 이유로법인세법 제18조의 3제2항 제3호의 규정을 적용하여 업무무관자산(농경지)에 관련된 지급이자 18,907,626,128원 상당액을 손금불산입하였으며, 이에 대하여 청구법인은 쟁점토지가 농경지가 아닌 미간지(미완성농지)에 불과하므로 위 법인세법 관련규정을 적용할 수 없다는 주장인 바, 쟁점토지가 ’91.1.8 현재 농경지에 해당하는지 여부를 살펴본다.

(2) 청구법인이 쟁점토지를 취득한 경위와 사용목적 등을 보면, 정부의 농지개발정책의 일환으로 ’79.1.10 민간기업 참여에 의한 농지개발을 위하여 간척농지 개발사업 시행규정(농수산부 고시 제3041호)이 제정되고, 농수산부장관은공유수면매립법 제4조의 규정에 의하여 ’80.1.14 청구법인에게 김포지구 공유수면매립면허를 부여하였는데, 동 공유수면매립면허에 의하면 매립목적이 농경지 조성으로 되어 있다. 그 후 청구법인이 공유수면매립공사를 실시하여 ’91.1.8 농수산부장관으로부터 공유수면매립공사 준공인가를 받았는 바, 동 인가조건에 의하면 총 매립면적 37,243,995.6㎡중 농경지 등 12,620.847㎡는 청구법인의 귀속으로 하고 나머지는 수도권 쓰레기매립장과 제방, 구거, 도로 등 용도로 사용하는 것으로 되어 있으며, 청구법인에게 귀속된 토지는 당초 매립목적인 농경지로 사용하여야 하고 용도를 변경하고자 할 때에는 농수산부장관의 승인을 받도록 명시되어 있다.한편, 청구법인은 자기에게 귀속된 토지 12,620.847㎡에 대한 소유권 보존등기(’91.2.28)를 하면서 그 지목을 전·답으로 하여 등기하였다.이와 같이 쟁점토지의 경우 당초 농경지 조성목적으로 매립하여 ’91.1.8 매립공사완료로 농수산부장관으로부터 준공인가를 받아 전·답으로 소유권보존등기를 한 점등으로 볼 때, ’91.1.8 현재에는 농경지로 사용이 가능하였다고 보아야 할 것이다.

(3) 청구법인은 쟁점토지가 ’91.1.8 농경지로 준공된 이후 정부측에서 농업용수 공급을 지연한 관계로 본격적인 영농에 공하지 못하였으므로 쟁점토지를 농경지로 볼 수 없다는 주장이나, 농수산부장관의 쟁점토지에 대한 공유수면매립면허 및 준공인가시 농업용수공급시설(용수로)을 정부에서 한다는 근거조항 등이 없고 ’97.12.15 농수산부장관이 청구법인에게 동 법인의 부담으로 농업용수 개발사업(인천용수간선 확장공사)을 시행하도록 인가한 점으로 보면 농업용수 공급책임이 당초 정부에 있었다고 보기 어려우며, 청구법인이 증빙자료로 제시한 쟁점토지에 대한 연도별 시험영농면적을 보면, ’91년～’95년 기간중 벼, 보리, 채소 등 재배면적이 다음과 같이 매년 증가한 것으로 되어 있는 바,연도별 시험영농면적(단위: 평)

’91

’92

’93

’94

’95

165,000

249,000

253,000

281,660

289,600

이와 같이 쟁점토지가 준공된 연도인 ’91년부터 영농에 공하기 시작한 사실이 확인되고 있어 농업용수 공급시설의 미비로 본격적인 영농을 할 수 없었다는 이유만으로 쟁점토지가 ’91년 당시 농경지가 아니었다고 단정할 수는 없다 하겠다.위 사실을 종합하여 보면, 쟁점토지의 경우 당초 농경지 조성목적으로 공유수면을 매립하여 ’91.1.8 농수산부장관으로부터 준공인가를 받아 전·답으로 소유권 보존등기를 하였을 뿐만 아니라 ’91년부터 영농에 공하기 시작한 사실이 확인되고 있으므로 처분청이 쟁점토지를 농경지로 보아법인세법 제18조의 3제2항 제3호의 규정을 적용하여 업무무관자산에 관련된 지급이자를 손금불산입한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 쟁점②에 대하여

(1) 청구법인은 쟁점토지를 농경지로 본다 하더라도 처분청이 적용한 이 건 처분근거규정인법인세법 제18조의 3제2항 제3호(업무무관자산 관련규정)의 규정중 그 단서규정(괄호내의 부분)에서 같은조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 부동산은 제외하는 것으로 되어 있어 이 건 경우법인세법 제18조의 3제1항 제1호(비업무용부동산 관련규정)와 동 규정의 위임규정인법인세법 시행령 제43조의 2제1항 및법인세법 시행규칙 제18조제4항 제12호의 규정을 적용하면 공유수면매립지의 경우 소유권을 취득한 날부터 4년간은 비업무용부동산에서 제외하는 것으로 규정되어 있으므로 ’94사업년도까지는 쟁점토지보유에 대하여 과세할 수 없다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다.

(2) 청구법인이 적용을 주장하는법인세법 제18조의 3제1항 제1호의 규정과 그 위임규정인법인세법 시행령 제43조의 2제1항 제1호 및법인세법 시행규칙 제18조제3항 제5호·제4항 제12호의 규정은 비업무용부동산에 관련된 규정으로서 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 농경지의 경우 비업무용부동산에 해당하나 공유수면매립지의 경우는 소유권을 취득한 날부터 4년간은 비업무용부동산으로 보지 아니하여 지급이자 손금불산입대상에서 제외한다는 취지이며, 한편 처분청이 이 건 처분시 적용한법인세법 제18조의 3제2항 제3호의 규정과 그 위임규정인법인세법 시행령 제43조의 2제5항·제11항의 규정은 차입금 과다법인(차입금이 자기자본의 2배이상 보유법인)이 다른 법인의 주식, 특수관계자에 대한 가지급금, 기타 농경지, 임야 등 업무무관자산에 준하는 부동산을 보유한 경우 과세유예기간 없이 취득시부터 지급이자 손금불산입함으로써 기업의 차입의존도를 줄여 재무구조개선을 유도하려는 취지의 규정인 바, 이와 같이 이 건 적용의 다툼이 되고 있는 위법인세법 제18조의 3제1항과 같은조 제2항의 규정은 그 적용대상과 규제목적 등이 서로 다른 별도의 규정으로 보아야 할 것이다.

(3) 청구법인은 쟁점토지의 경우법인세법 제18조의 3제2항의 규정을 적용하더라도 그 제3호의 단서규정(괄호부분)에 의하여 같은조 제1항의 적용대상이라는 주장이나, 위에서 살펴본 바와 같이법인세법 제18조의 3제2항의 규정에 의하여 지급이자를 손금불산입하는 것은 같은조 제1항의 비업무용부동산에 대한 지급이자 손금불산입규정과는 별도로 차입금 과다법인이 다른 법인의 주식이나 특정한 부동산을 보유하는 것을 규제하기 위한 것으로서 같은조 제2항 제3호 괄호내의 제외규정은 하나의 부동산 가액에 상당하는 차입금에 대한 지급이자를 이중으로 손금불산입하지 아니한다는 취지의 규정이므로 청구주장은 이유없다 할 것이다. (재정경제원 예규, 법인 46012-67, ’95.5.30 같은 뜻임)위와 같이 청구법인의 경우 건설업을 영위하는 차입금 과다법인으로서 쟁점토지가 쟁점①에서 심리한 바와 같이 ’91.1.8 현재 농경지에 해당하므로 처분청이법인세법 제18조의 3제2항 제3호의 규정에 의하여 이 건 업무무관자산 관련 지급이자에 대하여 손금불산입한 처분은 적법타당하다고 판단된다.

마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.