부동산이 비업무용부동산 및 업무무관자산에 해당하는지 여부와 처분청의 그 판정기준의 적용이 적정한지 여부(경정)

폐업으로 업무용이 안되게 된 경우는 그 폐업일로부터 2년간은 비업무용 부동산에서 제외됨.

1. 사실 및 처분개요청구법인은 경기도 안양시 OO동 OOOOO에 본점을 두고 페인트 등을 제조하는 법인인데, 70.10.1부터 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOOO 대지 13,306㎡와 동 지상의 건물 17,968.96㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에서 프라스틱 제조업을 함께 영위하다가, 89.7.1 청구외 주식회사 OOO에 토지, 건물(구축물)을 제외한 일체의 재산 및 영업상의 권리의무를 양도하고 동 프라스틱 제조업을 폐업하였다.처분청은 90.1.1-90.12.31 사업년도에 청구법인이 쟁점부동산을 위 주식회사 OOO에게 임대하고 임대료로 542,600,000원을 받았는 바, 임대용 부동산으로 하여 동 사업년도말 현재의 부동산가액(토지의 경우에는 90.12.31 현재 고시된 개별공시지가를 적용하였다)에 대한 임대수입금액비율이 100분의 7에 미달하므로 비업무용부동산에 해당하는 것으로 판정하여 이에 관련된 지급이자를 손금불산입하고, 아울러 쟁점부동산이 업무무관자산에 해당한다고 보아 이에 대한 감가상각비 및 재산세를 손금불산입하여 95.2.1 청구법인에게 90.1.1-90.12.31 사업년도분 법인세 741,981,970원 및 동 방위세 139,600,150원을 결정고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 95.3.30 심사청구를 거쳐 95.7.25 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 89.7.1 쟁점부동산에서 영위하던 프라스틱 제조업을 폐업하였는 바,법인세법 시행규칙 제18조제4항 제3호에 의하면 “법인이 사업의 일부 또는 전부를 휴업·폐업 또는 이전함에 따라 업무용부동산에 해당하지 아니하게 된 부동산으로서 그 휴업·폐업 또는 이전일로부터 2년이 경과되지 아니한 것”은법인세법 시행규칙 제18조제3항의 규정에 불구하고(법인세법 시행규칙 제18조제3항의 규정에 의하여 비업무용부동산에 해당한다 하더라도) 비업무용부동산으로 보지 아니하도록 규정되어 있으므로 쟁점부동산은 90.1.1-90.12.31 사업년도에는 비업무용부동산에 해당하지 아니한다. 처분청과 같이 쟁점부동산을 임대용 부동산으로 보아 동 부동산가액에 대한 임대수입금액비율이 100분의 7에 미달한다고 하여 비업무용부동산으로 판정하는 경우에는 청구법인이 쟁점부동산을 전혀 사용하지 아니하면 2년간 비업무용부동산에서 제외되고, 이를 임대하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 오히려 비업무용부동산에 해당할 수도 있으므로 비업무용부동산의 개념 및 입법취지에 모순된다.

(2) 청구법인은 90.1.1-90.12.31 사업년도초에 쟁점부동산에 대하여 기준 임대수입금액비율을 상회하도록 적정 임대료를 책정하였으나, 90.4.4 법인세법 시행규칙을 개정하면서 임대수입금액비율 기준을 100분의 5에서 100분의 7로 상향조정하고, 임대수입금액비율 계산의 기초가 되는 토지가액을 과세시가표준액(배율방법에 의한 가액)에서 사업년도 종료일 현재의 개별공시지가를 적용하도록 변경함으로써 쟁점부동산은 결국 임대수입금액비율 기준에 미달하게 되었는 바, 위와 같이 납세자의 법적안정성과 예측가능성을 침해하는 것은 부당하므로, 90년도 개별공시지가가 90.8.30 고시되었고 그 이전에는 과세시가표준액(배율방법에 의한 가액)이 적용되었던 점을 고려하여 임대수입금액비율 계산의 기초가 되는 토지가액은 90.1.1-90.12.31 사업년도에는 적어도 과세시가표준액(배율방법에 의한 가액)과 개별공시지가를 그 기간에 따라 적용하는 것이 타당하다.

(3) 쟁점부동산이 비업무용부동산에 해당한다 하더라도 동 임대수입금액을 익금에 산입하여 법인세를 과세하는 바, 이에 대한 감가상각비 및 재산세 등은 전액 손금에 산입하여야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 법인이 사업의 일부를 폐업하였다 하더라도 공장 등을 다른 법인에게 임대하는 경우에는 임대용 부동산으로 보아 비업무용부동산 해당여부를 판정한다. 따라서 쟁점부동산은 부동산가액에 대한 임대수입금액비율이 100분의 7에 미달하므로 비업무용부동산에 해당한다.

(2) 임대수입금액비율 계산의 기초가 되는 토지가액의 경우에 사업년도말 현재의 개별공시지가를 적용하도록법인세법 시행규칙 제18조제8항에 규정되어 있으므로 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

(3)법인세법 시행규칙 제18조제3항 내지 제11항의 규정에 의하여 비업무용부동산에 해당하는 경우 동시에 업무무관자산에 해당하므로 이에 관련된 감가상각비 및 재산세 등은 손금에 산입할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점부동산이 비업무용부동산 및 업무무관자산에 해당하는지 여부와 처분청의 그 판정기준의 적용이 적정한지 여부를 가리는데 있다.

나.법인세법 제18조의3제1항에서 「다음 각호의 1에 해당하는 자산을 보유하고 있는 내국법인이 각사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 다음 각호의 자산합계액 한도내에서 대통령령이 정하는 금액은 각사업년도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 다른 법인의 주식(출자금액을 포함하며 대통령령이 정하는 주식은 제외한다)

2. 제20조의 규정에 의한 특수관계있는 자에게 업무와 직접관련없이 지급한 가지급금 등

3. 당해 법인의 업무에 직접관련없는 부동산」이라고 규정하면서, 같은조 제3항에서 「제1항 제2호 및 제3호에 규정한 자산의 범위는 대통령령으로 정한다」고 규정하고,같은법 시행령 제43조의2제5항에서 「법 제18조의3 제1항 제3호에서 “당해 법인의 업무에 직접관련없는 부동산”이라 함은 당해 부동산 취득후 경과한 기간, 당해 부동산으로부터 발생하는 수입금액, 건설 등의 면적, 당해 법인의 업무와의 관련정도 등을 감안하여 재무부령이 정하는 부동산(이하 “비업무용부동산”이라 한다)을 말한다」고 규정하고 있다. 법인세법 시행규칙 제18조제3항에서 「령 제43조의2 제5항에서 “비업무용부동산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다」고 규정하고, 그 제11호에서 「임대(전세권 또는 지상권 설정계약에 의한 부동산의 사용을 포함한다)에 쓰이고 있는 부동산(소득세법 시행령 제15조제5항의 규정에 의한 고급주택 외의 주택 및 그 부속토지와 법령의 규정 또는 법령에 의한 주무부장관의 승인 등에 의하여 임대료가 제한된 부동산을 제외한다)으로서 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 7에 미달하는 부동산과 임대에 쓰이고 있는 건축물이 없는 토지(건축물의 부속토지로서 제2호의 규정에 의한 기준면적을 초과하는 부분을 포함하며, 정부가 인가한 외국인투자의 조건에 따라 외국인과 합작투자를 하는 자가 그 외국인투자기업에 건축물의 부속토지를 임대하는 경우에 있어서 제2호의 규정에 의한 기준면적 이내의 토지를 제외한다)」를 열거하고 있다.

법인세법 시행규칙 제18조제4항에서 「다음 각호의 1에 해당하는 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다」고 규정하고, 그 제3호에서 「법인이 사업의 일부 또는 전부를 휴업·폐업 또는 이전함에 따라 업무용부동산에 해당하지 아니하게 된 부동산으로서 그 휴업·폐업 또는 이전일로부터 2년이 경과되지 아니한 것」을 열거하고 있다.

다. 비업무용부동산과 관련한 규정의 체계를 살펴보면,법인세법 시행규칙 제18조제3항 각호에서 일단 부동산의 용도별로 비업무용부동산 판정기준을 열거하고, 같은조 제4항에서 세부적으로 비업무용부동산에서 제외되는 경우를 열거하고 있다. 따라서 법인이 보유하고 있는 부동산이법인세법 시행규칙 제18조제3항 각호의 규정에 의하여 비업무용부동산에 해당하는 경우에는 일단 비업무용부동산에 해당하는 것이나, 같은조 제4항 각호에서 규정한 사유에 해당하는 경우에는 “제3항의 규정에 불구하고” 비업무용부동산으로 보지 아니하는 것을 알 수 있다. 쟁점부동산의 경우 공장용 건축물의 부속토지에 해당하고 동시에 임대용 부동산에도 해당하게 되므로 일단법인세법 시행규칙 제18조제3항 제2호 가목과 제11호의 규정을 적용받게 되나, 아울러 청구법인은 70.10.1부터 영위하던 프라스틱 제조업을 폐업하였으므로 같은조 제4항 제3호의 규정을 함께 적용받게 된다고 할 것인데, 앞에서 살펴본 바와 같이 법인세법 시행규칙 제3항과 제4항에 동시에 해당하는 경우에는 “제3항의 규정에 불구하고” 제4항의 규정에 의하여 비업무용부동산으로 보지 아니하므로, 사업의 일부 또는 전부를 휴업·폐업 또는 이전함에 따라 업무용부동산에 해당하지 아니하게 된 부동산으로서 그 휴업·폐업 또는 이전일로부터 2년이 경과되지 아니한 부동산을 법인이 비록 동 기간내에 토지 등의 효율적 이용을 위하여 다른 용도로 사용한다고 할지라도 그 용도를 기준으로법인세법 시행규칙 제18조제3항 각호의 규정을 적용하여 비업무용부동산 해당여부를 판정하는 것은 아니라고 판단된다.

법인이 부동산을 상당한 기간 동안 업무에 직접 사용하여 비업무용부동산에 해당하지 아니하더라도 사업의 일부 또는 전부를 휴업·폐업 또는 이전하는 경우에는 그 부동산을 사용하지 못하거나 본래의 용도가 아닌 다른 용도로 사용하게 됨으로 인하여 비업무용부동산에 해당하게 되는 경우가 발생할 수 있을 것이므로 위법인세법 시행규칙 제18조제4항 제3호의 규정에 의하여 2년의 유예기간 동안 같은조 제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니하는 것이라고 할 것인데, 만약, 법인이 그 부동산을 본래의 용도가 아닌 다른 용도로 사용하였다고 하여법인세법 시행규칙 제18조제3항 각호의 규정을 적용하여 비업무용부동산에 해당하는 것으로 보게 되면 아무런 용도로 사용하지 아니하는 부동산은 2년의 유예기간 동안 비업무용부동산으로 보지 아니하고, 오히려 부동산을 다른 용도로 사용하여 더 효율적으로 이용하는 경우에는 비업무용부동산으로 보게 되는 모순이 발생하게 된다.

라. 청구법인의 경우 70.10.1부터 쟁점부동산을 프라스틱 제조업을 영위하는데 사용하였으며, 임대용 부동산으로 사용하기 이전에는 비업무용부동산으로 판정받은 사실이 없고, 쟁점부동산의 경우 90.1.1을 기준으로 할 때 부동산가액에 대한 임대수입금액비율이 그 당시의 기준인 100분의 5를 휠씬 상회하였으나(100분의 10에 상당하다) 90.4.4 법인세법 시행규칙의 개정으로 인하여 임대수입금액비율이 100분의 7에 미달하게 되었는 바, 결국 쟁점부동산이 90.1.1-90.12.31 사업년도에법인세법 시행규칙 제18조제3항의 규정에 의하여 비업무용부동산에 해당하게 된 것은 법인세법 시행규칙이 개정되는 과정에서 상당한 기간 동안 프라스틱 제조업에 사용되던 쟁점부동산이 동 사업의 폐업으로 인하여 본래의 용도에 사용하지 못하게 된데서 비롯된 것으로 인정된다.청구법인이 제출한 89.2.10자 사업 양도양수 계약서, 89.2.28자 주주총회 의사록 등에 의하면 청구법인은 89.7.1부터 주식회사 OOO에게 토지, 건물(구축물)을 제외한 일체의 재산 및 영업상의 권리의무를 양도하기로 계약한 사실을 인정할 수 있고, 사업자등록증 사본에 의하면 주식회사 OOO는 쟁점부동산 소재지에서 프라스틱 제조업을 영위하는 것으로 하여 OO세무서에 89.7.1자로 사업자등록을 한 사실이 확인된다(사업자등록번호 : OOOOOOOOOOOO).

따라서, 청구법인의 보유기간과 그 용도, 앞에서 살펴본 관련 규정의 취지 등을 고려하여 볼 때 쟁점부동산은 청구법인이 프라스틱 제조업을 폐업한 89.7.1부터 2년간 비업무용부동산으로 보지 아니하는 것이 타당하므로 90.1.1-90.12.31 사업년도에는 비업무용부동산에서 제외된다고 할 것이고, 비업무용부동산에 해당함을 전제로 하여 관련 지급이자와 감가상각비 및 재산세등을 손금불산입하여 과세한 것은 부당하다고 판단된다(임대수입금액비율의 계산방법과 쟁점부동산이 업무무관자산에 해당하는지 여부는 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다).

마. 이 건 심판청구는 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.