농업경영체 등록을 하지 아니한 경우 「조세특례제한법」제68조 에 따른 농업회사법인에 대한 법인세 감면규정을 적용할 수 있는지 여부

조특법 시행령 제65조 제5항은 영농조합법인에 대한 법인세 면제를 받기 위해서는 농어업경영체육성법에 따른 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 명확히 규정하고 있고, 이는 조특법 제68조 제5항의 위임에 따른 것이므로 농업경영체 등록확인서의 제출을 요구하는 것이 위임의 한계를 벗어난 것이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 2018.9.18. 영농에 필요한 종자, 종묘생산, 가공, 재배 및 종균배양사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 영농조합법인으로, 2018사업연도 법인세 신고 시 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제68조에 따른 농업회사법인에 대한 감면을 적용하여 법인세를 신고하였다.

나. 처분청은 OOO국세청장의 종합감사 과정에서 청구법인이 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」(이하 “농업경영체법”이라 한다)에 따른 농업경영체 등록 없이 농업회사법인에 대한 세액감면을 적용받은 사실이 확인됨에 따라 2019.9.6. 해당 감면을 배제하여 청구법인에 2018사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.12.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)조특법 제68조제1항에서 ‘농업회사법인의 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다’고 규정하고 있고 같은 조 제5항에서 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제65조 제5항에서 ‘법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다’고 규정하고 있는바, 조특법 시행령에서 모법인 조특법이 위임하고 있지 않은 감면요건을 새로이 창설하여 규정하고 있어 이는 명백히 위법한 규정에 해당한다.

(2) 청구법인의 대표이사인 AAA은 2000.5.15.부터 AAA이라는 상호로 작물재배업 등을 영위하다가 2012.5.21. 농업경영체 등록을 최초로 하였고, 2018.9.18. 청구법인을 설립하여 청구법인과 사업의 포괄적인 양도.양수계약에 따라 AAA의 사업 일체를 청구법인에 양도하였는바, 사업의 포괄적양수도에 의하여 개인사업자 AAA의 지위를 청구법인에게 승계토록 한 것이어서 실질적으로 청구법인은 농업경영체 등록을 한 것과 동일함에도 청구법인이 농업경영체 등록을 하지 않았다는 이유로 법인세 감면을 배제한 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1)조특법 제68조에서 농업회사법인에 대한 감면요건으로 농업경영체 등록확인서 제출을 규정하고 있으나, 청구법인은 세액감면을 적용받은 2018사업연도에 농업경영체법에 따른 농업경영체로 등록한 사실이 없다.

(2) 농업경영체 등록과 관련하여 국립농산물품질관리원에 ‘개인에서 농업회사법인으로 전환한 경우 기존의 개인자격으로 신청한 농업경영체 등록을 농업회사법인이 자동 승계한 것으로 볼 수 있는지’에 대해 문의한 결과 관련 규정상 농업경영체 등록은 농업인용 및 농업법인용으로 엄격하게 구분되어 있어 변동사항 발생 시 각각 등록하여야 함을 확인하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

농업경영체 등록을 하지 아니한 경우조특법 제68조에 따른 농업회사법인에 대한 법인세 감면규정을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2018.12.29. 법률 제16009호로 일부개정되기 전의 것)제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등)

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조제1항을 준용하여 감면한다.

⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 일부개정되기 전의 것)제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등)

⑤ 법 제68조 제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다.

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(2020.2.11. 법률 제16965호로 개정되기 전의 것)제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “농업경영체”란 농업인과 농업법인을 말한다.

7. “농어업경영체”란 농업경영체와 어업경영체를 말한다.제4조(농어업경영정보의 등록)

① 농어업·농어촌에 관련된 융자·보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 "농어업경영정보"라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.

1. 농업경영체 : 「농업·농촌 및 식품산업기본법」 제40조에 따른 농지·축사·임야·원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자·보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 "농업경영정보"라 한다)제8조(자금 지원 등의 제한) 중앙행정기관의 장은 다음 각 호에 해당하는 농어업경영체에 대하여는 농어업경영체의 육성 및 소득 안정 등을 위한 각종 지원의 전부 또는 일부를 제한할 수 있다.

1. 농어업경영정보를 등록하지 아니하거나 등록정보를 수정하지 아니한 농어업경영체

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실들이 확인된다.(가) 청구법인의 대표이사인 AAA은 2000.5.15. 개인사업체인 AAA을 개업하여, 2012.5.21. 농업경영체를 최초등록하였고, 2018.9.18. 청구법인(대표이사 AAA)을 설립한 후 2018.9.30. AAA의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 청구법인에 포괄적으로 양도하는 사업의 포괄적인 양도·양수 계약을 체결하였다.(나) 청구법인은 2019.3.31. 처분청에 2018사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고 시 농업회사법인에 대한 감면을 적용하여 법인세를 신고한 후 2019.12.16. 농업경영체를 최초등록하였는바, 국립농산물품질관리원장이 발급한 농업경영체 등록확인서에 의하면, 농지면적 및 농산물 생산내역이 AAA의 경영등록 내용과 다름이 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은조특법 시행령 제65조제5항이 조특법의 위임없이 감면요건을 새로이 창설하는 위법한 규정에 해당하고 개인사업자 AAA의 농업경영체 등록은 청구법인이 한 것과 동일하다는 주장이나,조특법 시행령 제65조제5항은 영농조합법인에 대한 법인세 면제를 받기 위해서는 농어업경영체법에 따른 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 명확히 규정하고 있고, 이는조특법 제68조제5항의 위임에 따른 것이므로 농업경영체 등록확인서의 제출을 요구하는 것이 위임의 한계를 벗어난 것이라고 보기 어려운 점, 청구법인이 2019.12.16. 농업경영체로 등록한 사실이 확인되므로 2018사업연도 법인세에 관하여 조특법상 영농조합법인에 관한 감면요건을 갖추지 못한 것으로 보이는 점, 개인사업자 AAA과 청구법인은 별개의 독립된 인격체이므로 AAA이 개인사업체 운영 당시 농업경영체를 등록하고 이후 청구법인에 사업양도를 하였다 하여 이를 청구법인이 농업경영체를 등록한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 농업회사법인에 대한 감면을 배제하여 청구법인에 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.