일반과세자로 사업자등록을 한 부동산임대업자인 청구인을 공급가액 미달을 이유로 95.1기부터 기산하여 과세특례유형에 해당되게 된 것으로 보아 재고납부세액을 가산하여 고지한 처분이 정당한지 여부(기각)

부가가치세법 규정상 일반 과세자로 사업자등록을 한 사업자가 과세특례기준에 해당되는 경우에는 과세특례 포기신고를 하도록 하고 있고, 일반과세자가 과세특례자로 전환될 때는 처분청에서 과세유형 전환통지를 할 필요가 없는 것으로 규정하고 있으므로, 과세특례자로 변경된 날 현재의 감가상각자산에 대하여 재고매입세액을 가산하여 청구인에게 고지한 과세는 달리 잘못이 없음

1. 처분개요

청구인이 93.8.6 일반과세자(업종:부동산 임대)로 사업자 등록을 한 후, 94.2.3 경기도 수원시 권선구 OOO동 OOO 소재 OOO빌딩 1,166.59㎡(지하1층, 지상4층;이하 “쟁점 건물”이라 한다)을 준공하여 94년 1월부터 쟁점건물 전체를 임대에 공하면서 94년 1기분 부가가치세 매출금액을 8,340,180원으로 최초로 신고한 사실이 있다. 처분청에서는 청구인의 94년 1기분 공급대가를 년으로 환산한 금액이 36,000,000원에 미달하고 청구인이 법정기간내에 과세특례 포기도 하지 아니하였다고 하여 95년 1기부터 과세특례자로 유형전환된 것으로 보아 재고납부세액을 가산하여 96.2.1 청구인에게 95년 1기분 부가가치세 33,751,510원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.3.30 심사청구를 거쳐 96.7.10 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장의견 가. 청구인주장 청구인이 일반과세사업자로 사업자등록을 받아 계속 부가가치세 신고 및 납부를 하여 왔으며 비록 청구인의 착오로 법정기한(94.12.20)보다 6개월 늦게 과세특례포기신고서를 제출하였으나 이는 조세포탈의 의도가 없음에도 불구하고 처분청에서 일방적으로 과세특례자로 취급하여 환급세액을 추징하는 것은 부당하다.

나. 국세청장의견 부가가치세법 규정상 일반 과세자로 사업자등록을 한 사업자가 과세특례기준에 해당되는 경우에는 과세특례 포기신고를 하도록 하고 있고, 일반과세자가 과세특례자로 전환될 때는 처분청에서 과세유형 전환통지를 할 필요가 없는 것으로 규정하고 있으므로, 과세특례자로 변경된 날 현재의 감가상각자산에 대하여 재고매입세액을 가산하여 청구인에게 고지한 이건 과세는 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

일반과세자로 사업자등록을 한 부동산임대업자인 청구인을 공급가액 미달을 이유로 95.1기부터 기산하여 과세특례유형에 해당되게 된 것으로 보아 재고납부세액을 가산하여 고지한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 그 쟁점이 있다.

나. 관계법령 부가가치세법 제25조 (과세특례), 제30조(과세특례의 포기)과, 제74조의 2(과세특례 및 일반 과세의 적용시기), 제74조의 4 제3항(과세특례 전환시의 세액계산 특례)의 내용을 모아보면, 일반 과세자로 사업자등록을 한 사업자가 과세특례기준에 해당되는 경우에는 그 전달 20일까지 과세특례 포기신고를 하여야 하며, 일반과세자가 공급가액 미달로 과세특례자로 전환될 때는 처분청에서 과세유형 전환통지에 관계없이 유형전환되고 신규로 사업을 개시하는 경우, 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 기산하여 그 다음 1과세기간까지 과세특례자로 유형전환되도록 하고 있으며, 과세특례자로 유형전환시에는 변경된 날 현재의 감가상각자산에 대하여 부가가치세법 시행규칙 제74조의 4 제3항 규정에 의하여 계산한 재고납부세액을 가산하여 납부하도록 하고 있다. 한편, 부가가치세법 시행령 제74조 제2항 제5호(과세특례의 범위), 같은 법 시행규칙 제23조의 2 제3항(과세특례의 적용범위)과 같은 법 시행령 부칙(94.12.31 대통령령 제14471호) 제4조와 같은 법 시행규칙 부칙(93..12.31 재무부령 제1957호) 제1조의 내용을 종합하여 보면, 부동산 임대업으로서 총리령이 정하는 것(특별시 및 광역시 지역에 소재하는 부동산 임대사업장을 영위하는 사업으로서 국세청장이 정하는 규모 이상의 사업)은 과세특례자의 범위에서 제외되도록 하고 있으며 위 개정령은 95.1.1부터 시행하도록 하고 있다.

다. 심리

1) 먼저, 부동산 임대업을 영위하는 청구인의 경우 과세특례 배제업종으로 보아야 하는지 여부에 관하여 살펴본다. 위 개정법률에 의하여 부동산 임대업으로서 총리령이 정하는 것(특별시 및 광역시 지역에 소재하는 부동산 임대사업장을 영위하는 사업으로서 국세청장이 정하는 규모 이상의 사업)은 과세특례자의 범위에서 제외되도록 하고 있으며 위 개정령은 95.1.1부터 시행하도록 하고 있으나, 동 시행규칙의 위임에 근거한 국세청장의 고시가 심판청구일 현재까지 없는 상태임이 확인되고 있다. 따라서, 심판청구일 현재까지 부동산 임대업의 경우에는 과세특례자로 유형전환이 가능한 것으로 해석된다 할 것이다.

2) 과세특례의 포기는 법정기한내에 신고하는 경우에 한하여 적용하는 것이며, 과세특례자가 과세특례의 포기신고를 함이 없이 일반과세자로 부가가치세 신고를 한 것만으로는 과세특례자의 규정의 적용을 배제할 수 없는 것인 바, 청구인은 법정기한내에 과세특례포기신고를 한 바가 없고, 청구인은 94년 1기 부가가치세 확정신고시 매출 과세표준을 8,340,180원으로 신고하였으므로 위 법령의 규정에 따라 청구인에게는 95년 1기부터 부가가치세 과세특례자의 규정이 적용되는 것이며, 또한 같은법 시행령 제74조의2 제3항의 규정에 의해 일반사업자에서 과세특례자로 과세유형이 전환되는 경우에는 그 통지여부가 과세유형전환의 효력에 미치는 영향이 없으며 별도의 통지가 없어도 과세특례자로 인정하여 기공제된 매입세액에 대하여 재고납부세액을 계산적용할 수 있다고 판단되므로 (동지 대법 89누 766, 1989.8.8외 다수) 처분청이 청구인에게 이 건 부가가치세를 경정고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

라. 결론 이 건 심판청구는 이를 심리한 바, 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.