쟁점주택의 취득시기를 등기접수일로 보아 1세대1주택 비과세를 배제한 처분이 정당한지 여부(취소)

환지 청산금 과도금 미납으로 환지촉탁등기가 이루어지지 않아 소유권이전등기를 할 수 없다가 환지등기촉탁이 이루어진 후 청구인 명의로 취득등기를 한 사실을 인정할 수 있고, 쟁점주택의 취득시기를 위 잔금청산일로 보면 비과세요건에 충족되므로 양도소득세는 비과세하는 것이 타당한 것으로 판단됨

1. 원처분개요 청구인이 92.12.12 인천광역시 북구 OO동 OOOOO(구지번 OOOOO) OOOO OO OOOO 대지 156㎡ 및 건물 69.95㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도한 데 대하여 처분청은 쟁점주택의 취득시 잔금청산일이 확인되지 아니한다 하여 등기접수일(89.2.24)을 그 취득시기로 보고 5년이상 보유요건을 갖추지 못한 것으로 보아 1세대1주택 비과세를 배제하고 95.7.18 청구인에게 92년귀속분 양도소득세 14,105,020원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.9.18 심사청구를 거쳐 95.12.7 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구인은 87.9.16 청구외 OOO과 쟁점주택의 취득계약을 체결하고 87.10.17 잔금을 청산하였으나 그 취득등기가 89.2.24 에야 이루어진 것은, 취득당시는 토지구획정리사업지구내에 편입되어 있던 쟁점토지에 대한 환지확정(87.4.23) 후 청산과도금(28,280,000원)의 미납으로 새로운 지번에 대한 등기촉탁이 이루어지지 않은 상태에 있었는 바, 88.12.13 위 청산과도금이 납부되어 88.12.22 비로소 쟁점주택에 대한 등기촉탁이 이루어지고 곧바로 청구인이 취득등기를 한 데 기인하므로 쟁점주택의 취득시기를 잔금청산일로 보아 1세대1주택의 양도로 비과세하여야 한다.

나. 국세청장 의견 쟁점주택의 등기부등본에 의하면 청구인은 쟁점주택을 89.2.24 취득하고 92.12.12 양도하여 5년 미만 보유한 사실이 확인되는 반면, 청구인은 쟁점주택의 취득당시 잔금청산일이 87.10.17 이라고 주장만 하고 있을 뿐 이를 입증할 만한 객관적이고 명백한 증빙제시가 없으므로 등기접수일을 취득시기로 보아 1세대1주택 비과세를 배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택의 취득시기를 등기접수일로 보아 1세대1주택 비과세를 배제한 처분의 당부를 가린다.

나. 관련법령

자산의 양도 또는 취득시기를 규정하고 있는 소득세법 제27조 및 그 위임을 받은 같은법시행령 제53조 제1항에 의하면 동항 각호의 경우를 제외하고는 당해자산의 대금을 청산한 날을 양도 및 취득시기의 원칙으로 하되, 그 제1호에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다”고 규정하고 있고, 위 같은법 제5조 제6호 (자)목은 대통령령이 정하는 1세대1주택(대통령령이 정하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 양도소득은 비과세한다고 규정하고, 이를 받은 같은법시행령 제15조 제1항에서 소득세법 제5조 제6호 (자)에서 “1세대1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년 이상 거주하는 것으로 한다고 하면서, 그 단서 제2호에서 당해주택의 보유기간이 5년이상으로서 거주자가 재무부령이 정하는 바에 의하여 1세대1주택임을 입증하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구인이 쟁점주택 양도당시 쟁점주택 외에 다른 주택을 보유하고 있지 아니한 사실에 대하여는 다툼이 없다. 쟁점주택은 79.11.26 사업시행인가된 OO토지구획정리사업지구내에 편입된 종전 지번인 인천광역시 북구 OO동 OOOOO 에서 현재 지번인 같은 동 OOOOO로 87.4.23 환지처분된 것으로서, 쟁점주택의 전 소유자인 청구외 OOO 등 토지소유자들의 환지처분에 따른 청산과도금 미납으로 환지등기촉탁이 미루어지다가, 88.12.13 동 청산과도금이 납부된 후 88.12.22 비로소 환지등기촉탁이 이루어지고 89.2.24 청구인에게 이전등기된 사실은 등기부등본 및 인천광역시가 청구인에게 회신한 공문(지적 58407-1933, 95.9.28)에 의하여 확인된다. 한편 청구인에게 쟁점주택을 양도한 청구외 OOO에 대하여 남인천세무서는 당초 그 양도일(청구인으로서는 취득일)을 등기접수일(89.2.24)로 보아 양도 당시 쟁점주택외에 88.4.10 취득한 인천광역시 남동구 OO동 OOOOO OOOOOO OO OOOO를 소유하고 있다 하여 동인에게 양도소득세를 과세하였다가, 동인이 제시한 매매계약서(계약금 : 87.9.16 1,300,000원, 중도금 : 87.10.1 5,000,000원, 잔금 : 87.10.17 4,200,000원, 매매대금 합계: 10,500,000원) 및 대금지급영수증(각 청구인이 제시한 것과 동일함)에 의하여 등기접수일보다 잔금청산일(87.10.17)이 먼저 이루어진 것이 확인된다 하여 1세대1주택 비과세 규정을 적용, 93.5.17 위 양도소득세를 결정취소한 사실이 위 같은 세무서의 양도소득세결정결의서에 의하여 확인된다.

위 각 확인되는 사실들에 “사업시행자는 환지처분으로 인하여 토지 등에 관한 권리에 변동이 있을 때에는 환지처분 공고후 지체없이 등기를 촉탁하여야 하고 동 촉탁등기가 있을 때까지는 다른 등기를 할 수 없다”고 규정하고 있는 토지구획정리사업법 제65조 의 규정을 더하여 살펴보면, 청구인은 쟁점주택을 환지처분 후인 87.10.17 잔금을 청산하고 취득하였으나 환지에 따른 청산금과도금 미납으로 환지촉탁등기가 이루어지지 않아 청구인 명의로 소유권이전등기를 할 수 없다가 88.12.22 환지등기촉탁이 이루어진 후 비로소 청구인 명의로 취득등기를 한 사실을 인정할 수 있고, 따라서 쟁점주택의 취득시기를 위 잔금청산일인 87.10.17로 보면 그 양도일인 92.12.12 까지 전시규정에 의한 1세대1주택 비과세요건인 5년이상 보유요건에 충족되므로 이 건 양도소득세는 비과세하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.