쟁점부동산이 비업무용 부동산에 해당되는지 여부(경정)

주택신축용 토지에 대한 수차례의 입지심의와 토목ㆍ건축심의, 사업계획승인신청 및 (취하)가 반복된 과정으로 보아 그 사업계획승인신청이 최종 반려된 날로부터 3년간은 비업무용 토지에서 제외함.

1. 원처분 개요건설업·주택신축판매업을 영위하는 청구법인은 1989.12.27 별지기재내역의 토지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 소유하고 있다.처분청은 쟁점부동산이 비업무용 부동산에 해당되는 것으로 보고 그에 해당하는 지급이자 및 유지관리비(종합소득세)를 손금불산입하여 95.5.1 청구법인에게 아래와 같이 1992사업년도(사업년도는 1.1～12.31, 이하 같다), 1993사업년도 및 1994사업년도분 법인세를 부과하였다.

사업년도

손금불산입액

고지세액(법인세)

1992

지급이자 1,213,245,079

607,633,080

종합토지세 62,655,930

1993

지급이자 764,896,792

371,136,940

종합토지세 102,909,930

1994

지급이자 628,069,714

241,050,920

계

2,771,777,445

1,219,820,940

청구법인은 이에 불복하여 95.6.19 심사청구를 거쳐 95.9.25 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장청구법인은 주택신축사업을 하기 위하여 쟁점부동산을 취득하기 2년전부터 3차에 걸친 입지심의신청 끝에 동 심의를 통과하고 토목심의 및 건축심의를 통과한 후 사업계획승인신청을 하였으나 관할관청인 서초구청의 강요에 의하여 취하를 한 뒤 다시 사업계획승인신청을 하였으나 2차례에 걸쳐 관할관청이 부당한 사유로 반려하였으며, 이에 대하여 사업계획승인신청 반려처분 취소청구소송을 진행하고 있는 바, 이는 주택신축판매를 전문으로 하는 영리법인임에도 주택신축용 토지로 취득한 쟁점부동산을 주택건설에 사용하지 못하는데에 청구법인이 사업을 위하여 최선의 노력을 다하였음에도 행정관청이 뚜렷한 이유없이 승인절차를 지연시켜 사실상 건축을 제한한 것으로 이에는 정당한 사유가 있는 것이므로 법인세법상 비업무용 부동산에서 제외하여야 한다.또한 비업무용 부동산에 대하여법인세법 제18조의3제1항 제1호에서 “당해 법인의 업무와 직접관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 부동산”으로 규정하고 있고 94.3.12 개정된 시행규칙 제18조 제3항 제1호 및 제12호에서 기한내 업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 경우를 제외하도록 규정한 취지와 청구법인이 주택신축판매라는 확고한 목적을 가지고 사업을 추진한 경위를 보면 쟁점부동산을 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 소유하고 있는 것이 아님이 분명하므로 어느모로 보나 쟁점부동산은 비업무용 부동산에 해당되지 아니한다.

나. 국세청장 의견청구법인의 입지심의, 사업계획승인신청 등에 대한 반려사유가 청구법인이 관련법에 정하는 제반요건을 갖추지 못한 사유에 의한 것이라고 보이며, 청구법인이 서초구청장을 상대로 제기한 민영주택건설 사업계획승인신청반려처분 취소소송에 대한 서울고등법원의 판결에서도 청구법인이 신청한 사업계획의 취하 및 반려사유가 청구법인이 시행하는 사업이 여론의 악화 및 법규정에 의한 시설기준에 미달하기 때문인 사실을 알 수 있으므로 청구법인이 정당한 사유로 사업에 착수하지 못하였다는 주장을 받아들일 수 없고, 법인세법령에 정한 비업무용 부동산의 범위 및 판정기준에 입각하여 처분청이 쟁점부동산을 비업무용 부동산으로 본데는 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구는 쟁점부동산이 비업무용 부동산에 해당되는지 여부에 대하여 다툼이 있다.

나. 90.12.31개정이전의법인세법 제18조의3제1항 제3호에서는 당해 법인의 업무에 직접관련이 없는 부동산을 보유하고 있는 내국법인이 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 금액은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고, 90.12.31 개정이전의 같은 법 시행령 제43조의2 제5항에서는 「법 제18조의3 제1항 제3호에서 “당해 법인의 업무에 직접관련 없는 부동산”이라 함은 당해 부동산 취득후 경과한 기간, 당해 부동산으로부터 발생하는 수입금액, 건물등의 면적, 당해 법인의 업무와의 관련정도 등을 감안하여 재무부령이 정하는 부동산(이하 “비업무용 부동산”이라 한다)을 말한다.」고 규정하고 있으며, 90.12.31 개정된법인세법 제18조의3제1항에서는 당해 법인의 업무와 직접관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 금액을 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고, 90.12.31 개정된같은법 시행령 제43조의2제1항에서 「법 제18조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용 부동산 등”이라 한다)을 말한다.

1. 취득후 일정한 기간이 경과할 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산

2. 업무에 필요한 적정한 기준면적을 초과하여 보유하는 부동산

3. 부동산을 이용하여 얻은 수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달하는 부동산

4. 법인의 주된 사업에 사용되지 아니하는 부동산으로서 과다보유의 소지가 있는 부동산

5. 업무에 적합한 시설기준을 갖추지 못하였거나 업무와의 관련정도가 적은 부동산」을 규정하고 있고, 제3항(94.12.31 개정이전의 것)에서는 「제1항의 규정에 의한 비업무용 부동산 등의 판정기준에 관하여는 재무부령으로 정한다.」고 규정하고 있다.한편, 같은 법 시행규칙 제18조 제3항에서 영 제43조의2 제5항에서 “비업무용 부동산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다고 하고 그 제12호(94.11.8 개정, 재무부령 제2006호)에서 「매매용 부동산. 다만, 다음 각목의 부동산으로서 당해 부동산을 취득한 후 2년이 경과되지 아니한 것(도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 취득한 후 2년이 경과한 것과 주택 등 건물의 신축용 토지를 취득한 후 2년이내에 공사에 착공하고 공사가 진행중인 것을 포함한다)을 제외한다.」고 규정하고 당해 규정은 부칙 제4항에 의하여 94.11.8 시행후 결정하는 과세표준 및 세액분부터 적용하도록 규정하고 있으며, 제4항 제1호에서 부동산의 취득후 법령에 의하여 사용이 제한되거나 금지된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이 경과되지 아니한 부동산은 제3항에 불구하고 비업무용 부동산으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

다. 사실관계

를 본다이 건 심판청구의 심리자료로 청구법인과 처분청이 제시한 제반 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(1) 청구법인은 쟁점부동산을 취득하기 이전에 토지소유자의 사용승인을 받아 쟁점토지상에 9～15층 아파트 2동 275세대(28평형 125세대, 31평 150세대 건축연면적 29,580.128㎡)의 신축을 위한 입지심의신청을 서울특별시장에게 하였으며, 이에 대하여 서울특별시장은 쟁점토지가 임상이 양호하고 주변이 단독주택지로서 민원발생소지가 많아 아파트 건립부지로는 부적합한 것으로 판단된다 하여 개발유보의 결정을 한 후 87.12.31 청구법인에게 통지(서울특별시 주기 30411-01437, 87.12.31)하였다.

(2) 청구법인은 서초구청장에게 위 서울특별시장에 대한 신청과 같은 내용의 주택신축을 위한 입지심의신청을 하였고 서초구청장은 서울특별시 개발유보결정 이후 상황 및 조건의 변동이 없고, 임상이 양호하며 주변이 단독주택지로서 민원발생소지가 많아 아파트건립부지로는 부적합한 것으로 판단된다는 이유로 88.4.2 청구법인의 입지 심의신청을 반려하였다.

(3) 청구법인은 앞의 서울특별시장 및 서초구청장에 대한 입지심의신청내용에 비하여 건축면적을 대폭 축소하고 건물층수를 낮춘 건축규모[지하1층 지상3층 16동 16세대의 단독주택, 지하1층 지상 3층 3동 54세대의 연립주택, 합계 19동 70세대(국민주택규모이하주택 45세대); 건축연면적 15,084.91㎡]의 입지심의신청을 하자 서초구청장은 사업승인이 가능하다는 결정(서초구주택 30411-1609, 90.3.30)을 하여 90.3.31 입지심의에 통과되었다.

(4) 위 입지심의통과에 따라 90.7.7과 90.7.24 토목심의 및 건축계획심의신청이 각각 승인되었다.

(5) 청구법인은 위 심의의 통과에 따라 90.9.19, 91.1.14 및 92.4.3 주택건축을 위한 사업계획승인신청을 하였다가 각각 취하하였다.한편, 위 사업계획승인신청의 취하에 대하여 청구법인은 당시 서초구청 주택과 담당직원 청구외 OOO과 청구법인의 사업담당 전무이사인 청구외 OOO의 공증된 확인서를 제출하면서 90.9.19, 91.1.14, 91.4.3 각각 신청하였던 사업계획승인신청을 청구법인이 자진취하한 것으로 되어 있음에도 당해 취하가 허가관청의 강요에 의한 것이라고 주장하였는 바, 청구외 OOO의 확인서(92.6.27인증, OO합동법률사무소 등부1992-1148)에는 1991년 2월 서초구청 주택계 주임으로 근무하는 동안 91.1.14 및 91.4.3 청구법인의 사업계획승인신청에 대하여 사업계획승인조건을 부하는 등 업무를 추진하던중 승인권자의 방침이라는 상급자의 지시에 의하여 청구법인에 강력히 종용, 자진취하토록 하였다고 진술하고 있으며, 청구외 OOO의 확인서(92.6.26인증, OO합동법률사무소 등부 1992-1141)에서는 청구법인의 3회에 걸친 사업계획승인신청에 대하여 서초구청이 인근주민동의서 징구 등 조건을 부쳐 사업시행을 사실상 불가하도록 하겠다는 등의 강력한 종용에 의하여 신청을 취하하였지 회사가 자의에 의하여 취하한 것은 아니라고 확인하고 있다.

(6) 92.4.27 청구법인은 90.3.30 통과된 입지심의내용보다 신축주택수를 줄인 단독주택 20세대, 연립주택 32세대, 연면적 10,513㎡의 사업계획승인신청을 4번째로 하였으며, 이에 대하여 서초구청장은 주차장 설치의무가 강화된 주택건설기준 등에 관한 규정(91.1.15, 대통령령 제13252호)이 91.3.6 시행됨에 따라 신청된 민영주택건설사업계획이 공동주택의 지하층 주거용도(주택)가 불허되고 주차대수 59대 부족, 어린이놀이터 31㎡부족, 기준척도 부적합 등의 이유로 사업계획을 승인하지 아니하였다(서초구 주택 30411-730, 92.5.16).

(7) 청구법인은 92.5.16 반려된 사업계획승인신청의 반려사유를 보완하고 건축규모를 다시 줄여 단독주택 18세대, 연립주택 24세대, 연면적 9,674㎡의 사업계획승인신청서를 94.1.27 다시 제출하자 서초구청장은 이번에는 소송진행중인 사건에 대하여 확정판결이 없는 상태에서 사업계획승인신청서 제출이 불가하며, 소송에 관계없이 신청서 제출시 현행법규정에 의한 입지심의와 필요적 심의를 다시 선행한 후에야 사업승인신청 가능하다는 이유로 동 사업계획을 승인하지 아니하였다.(서초구 주택 58511-239, 94.2.14)

(8) 한편 청구법인은 서초구청장의 92.5.16 사업계획승인신청반려처분에 대한 취소소송을 제기하였다가 패소하고 다시 94.2.14 반려처분에 대한 취소소송을 제기하여 현재 소송에 계류중이다.

라. 위 사실관계를 종합하여 볼 때첫째, 청구법인은 쟁점토지를 취득하기 이전부터 당해 토지상에 아파트를 건축하기 위하여 입지심의를 신청하는 등 3회에 걸쳐 입지심의신청을 한 끝에 당해 심의를 통과하였으며, 이어 토목심의 및 건축계획심의까지 통과한 후 사업계획승인신청을 하였으며, 사업계획승인신청을 하였다가 이를 취하하는 과정을 3회반복한 후에도 계속하여 사업계획승인신청을 하여 총 5회의 사업계획승인신청을 한 사실로 보아 쟁점토지를 주택의 신축판매목적없이 단순히 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하고 있다고 보이지 아니하며,둘째, 1, 2차의 입지심의에서 임상이 양호하고 주변이 단독주택지로서 민원발생의 소지가 많다는 이유로 아파트의 건립에 반대하는 심의결과가 있자, 청구법인은 그 건축규모를 대폭축소하여 지상 9층 및 15층의 아파트를 지상3층 이하의 연립주택 및 단독주택의 신축으로 건축계획을 변경하였고 이에 따라 건축심의가 통과되어 주변환경과 민원의 발생소지를 피하기 위한 노력을 하였고 이후의 심의 및 승인신청시에도 계속하여 건축규모를 축소하였으며, 사업계획의 승인신청을 취하하였음에도 불구하고 3회에 걸쳐 계속하여 승인신청, 취하를 반복하였고, 4번째 사업계획승인신청에 대하여 서초구청장이 주차장 설치의무가 강화된 주택건설기준 등에 관한 규정(91.1.15, 대통령령 제13252호)이 91.3.6 시행됨에 따라 신청된 민영주택건설사업계획이 공동주택의 지하층, 주거용도(주택)가 불허되고 주차대수 59대 부족, 어린이놀이터 31㎡부족, 기준척도 부적합 등을 이유로 반려한데 대하여 청구법인은 그 반려사유를 보완하여 재차 사업계획승인신청을 한 사실, 서초구청장의 사업계획승인신청 반려처분에 대하여 청구법인은 그 부당함을 주장하면서 소송을 제기한 사실을 볼 때, 쟁점토지상에 주택의 신축에

착공하여 당해 토지를 업무용으로 사용하지 못한데 대하여 청구법인을 탓하기 어렵다고 보이며,셋째,법인세법 제18조의3, 같은 법 시행령 제43조의2 및 같은 법 시행규칙 제18조 제3항 등의 규정에 의하면 취득한 날로부터 일정기간이 경과된 토지로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 비업무용 부동산을 취득 관리함으로써 생기는 비용과 보유에 관련된 지급이자는 손금에 불산입하도록 규정하고 있는 바, 이와 같이 법인이 타인자본으로 비업무용 부동산을 취득하여 보유하는 것을 규제하는 위 각 법령의 기본적인 입법취지는 법인의 차입금의 비효율적인 운용으로 인한 과세소득의 잠식현상을 방지하고 기업자금의 합리적운용을 유도하기 위한 것이므로 궁극적으로는 세법상의 규제를 통하여 기업이 투기목적으로 부동산을 보유하는 것을 억제하는 데 있다고 할 것인데, 앞에서 본 법인세법시행규칙의 규정형식과 동 시행규칙 제18조 제4항 규정의 개정과정을 보면, 당초 법인의 비업무용부동산의 적용대상에서 제외되는 부동산의 범위를 제1호에서 제10호까지로 하여 86.3.31 재무부령 제1671호로 신설하였다가 87.12.31 재무부령 제1736호, 90.4.4 재무부령 제1818호, 1990.10.22 재무부령 제1835호, 92.6.30 재무부령 제1887호로 개정하면서, 경제상황의 변화 등에 따라 그 제외범위를 확대하여 부당한 경우를 시정해 왔으며, 94.3.12. 개정(재무부령 제1968호)된 같은 법 시행규칙 제18조 제3항 제1호 및 제12호 등에서 “도시계획법에 의한 도시계획의 변경등 정당한 사유로 일정기간내에 사용하지 못한 경우”를 비업무용 부동산 판정에서 제외하도록 규정하여 부동산을 보유하고 있는 법인이 당해 법인으로서는 불가피한 사정으로 인하여 부동산을 업무용에 사용하지 못한 사유를 인정하고 있으며,넷째,

청구법인의 경우 쟁점부동산을 취득한 후 당해 토지에 주택을 신축, 분양하기 위해서 지속적인 노력을 한 사실이 인정되고 영리법인으로서 당해 사업이 시행되지 못함으로 인한 손실을 더하여 비업무용 부동산으로 판정됨으로 인한 과세로 이중의 손실을 당하게 되는 점을 종합하여 볼 때,청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 관계법령에 의하여 그 사용이 직접 금지되거나 제한된 경우가 아니라 하더라도, 그 사용이 금지 또는 제한의 판단에 있어서 형식보다는 실질적인 면을 보아 행정관청의 행정지침, 행정지도 또는 행정처분의 지연 등으로 인하여 동 사업(건축)의 추진이 부득이 지연된 경우로서 이는 전시법인세법 시행규칙 제18조제4항 제1호에 상당하는 경우라 할 것이고, 수차례의 입지심의에서 결국 통과되었고 사업계획승인신청 및 취하의 반복끝에 신청한 사업계획승인신청이 반려된 92.5.16에 쟁점부동산의 사용제한에 상당하는 사유가 있었다고 보아야 하므로 이날부터 3년간은 쟁점토지를 법인의 비업무용 부동산의 적용대상에서 제외하는 것이 타당한 것으로 판단된다(국심 94서1741, 95.2.7; 국심 93서3076 합동회의; 대법원 93누19788, 94.2.8 외 다수 같은 뜻).

마. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.