쟁점주식의 양도시기가 잠정합의가액을 수취한 때인지 아니면 거래가액이 확정되고 정산이 완료된 대금정산일인지 여부

계약금을 최대한 많이 지급하는 입찰자를 우선희망자로 선정하고, 매수인은 우선협상자로 선정되기 위해 예상 매매대금의 거의 전액을 계약금으로 지급하면서 입찰한 것으로 보이는 점, ????고속도로 통행료수입 보장비율 및 통행료 수준이 결정되어야만 정확한 매매대금이 확정되고, 그 내용이 결정되기도 전에 대금청산이나 쟁점주식의 소유권이 이전되었다고 볼 수는 없는 점, 주무관청인 ???는 20XX.XX.XX. 쟁점회사와 변경실시협약을 체결 하여 그 협약을 통해 비로소 주주변경에 동의한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있음

1. 처분개요

가.처분청은 2013.9.2.부터 2014.7.7.까지 청구법인에 대한 법인사업자조사를 실시한결과, 청구법인이OOO로주식회사(이하 “쟁점회사”라 한다)의 발행주식 6,923,491주(지분 22.47%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 주식회사 OOO에 사후정산조건으로 양도한 데 대하여쟁점주식 양도시점은 매매대금을 정산한 때인 2012.12.27.이 아니라 매매계약 체결 직후 OOO을 수령한 때인 2011.12.6.이라고 보아 쟁점주식 처분이익 OOO을 2011사업연도에익금산입하고2014.9.1. 청구법인에게 2011사업연도법인세 OOO,2011년 4분기 증권거래세 OOO을 각 경정·고지하고, 2012사업연도법인세 OOO, 2012년 4분기 증권거래세 OOO을 환급하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2014.11.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「법인세법 시행령」제68조제1항 제3호에서 상품 등 외 자산의양도시기는 그 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다고 규정하고 있고, 매매대금을 증감할 수 있도록약정한 매매계약에 있어서 대금청산일은 당사자 사이의 합의및 계약상 조건달성 등을 통하여 매매대금이 확정된 이후 정산이이루어지거나또는 정산할 필요가 없어져 더 이상 대금청산의 여지가없게된 때로 보아야 할 것OOO인바, 이 건 매매계약체결 및 잠정매매대금 지급 당시에는 사업의통행료수입보장비율OOO, 통행료조정등을예측할 수없어, 청구법인을 포함한 매도인들은 매수인과“쟁점회사와OOO 간 통행료 수입보장비율 및 통행료 수준이 결정되면, 그 때를 매매완결일로 정하여 실제 확정된 매매대금에 의해 대금을정산하고, 동 정산시점에 쟁점주식의 소유권을 이전”하기로 합의하였고,실시협약이매도인 및 매수인이 동의하는 내용으로 변경되지 않을 경우계약의 해제 가능성이 있었으며, 이 건 매매계약이 2011.11.30.체결되고매수인은 2011.12.6. 입찰 때에 제시한 바에 따라 OOO을계약금으로지급한 것이므로 청구법인에게 OOO은 계약금 성격의“선수금”에 해당하고,2012년 확정된 매매대금은 약 OOO으로 잠정매매대금에비해 변동률이 15%OOO에 이르는 점, 2012.12.31.까지 매매거래가이루어지지 않을 경우 기 수령한 잠정매매대금과 관련이자 반환이 예정되어 있고 이를 담보하기 위하여 OOO을 매수인에게교부하였으며 이와 관련된 OOO 발행비용으로약 OOO의수수료를 지급한 점 등에 비추어 매매대금이 정산된2012.12.27.을 쟁점주식의양도시기로 보아야 할 것이다.

(2) 청구법인을 포함한 매도인들이 쟁점회사의주식을 매매하는 행위는민간투자사업 기본계획의자금재조달에 해당하고, 자금재조달인경우에는 자금재조달로 발생하는 이익을 측정하여 주무관청과 사업자가이익을 공유하도록규정되어 있으며, 주무관청은 자금재조달로 발생하는 공유이익으로통행료가 인하되도록 변경실시협약을 체결하며 이를 승인하고 있는바, 이처럼 쟁점주식 양도는 민간투자사업 기본계획상 OOO주무관청인 OOO의 승인을 요하는 사항이고,승인까지 통상 1년 이상의 상당한 시일이 소요되며,합의를 거쳐 확정매매가액이 최종 결정된다. 따라서, 주무관청인 OOO는2012.12.27. 쟁점회사와 OOO을 체결하고, 그 협약을 통해비로소 주주변경에 동의하였으므로, 위 조건이 성취되기 전인 2011년 12월 계약금 OOO을 받은 때에 쟁점주식을 ‘양도’하였다고 보기 어렵다.

(3) 처분청은 매매계약 제8조, 제9조 등의 규정에 근거하여 잠정매매대금 지급 이후 매수인이 쟁점주식의 실질적인 의결권을 행사하였다는 의견이나, 매매계약 제7.4조에서 “매매완결일에 매수인이 각 매도인으로부터 해당 주식을 표창하는 주권을 인도받는 경우, 매수인은 해당 주식에 대하여 아무런 부담이 없는 완전한 소유권을 취득할 수있다”고 규정하고 있고, 쟁점주식의 실물이전과 명의개서는 매매완료를합의한 2012.12.27. 이후 이루어졌으며, 매매계약서에서 매도인들이 매수인과 사전에 합의한 바에 따라 의결권 등을 행사한다는 내용의 규정은 매도인이 매수인 모르게 주식가치를 해하는 것을 방지하기 위한것으로서 매수인에게 사전협의와 동의를 구하는 조항을 추가하는것은주식거래시 일반적인 일이고, 쟁점회사는 매매계약체결이후에도매도인에 의해 운영되었으며, 매수인은 주주총회·이사회안건에대하여 합의대상이었을 뿐 의결권을 행사할수는없었으므로확정매매대금 정산 이전에 매수인이 쟁점회사의 실질적인의결권을 행사하였다고 보기 어렵다.또한, 처분청이 제시하는 선결정례 등은 대금의 사후정산 이전에 주권의 명의개서가 완료되고 회사 경영권이 매수인에게 양도된 사실관계를 전제로 한 것으로서 잠정매매대금을 수수한 것 때문에 양도로본 것이 아니라, 그 때에 이미 주식의 소유권 자체가 매수자에게 이전되었음이 명확하여 그 때에 주식이 ‘양도’된 것으로 볼 수밖에없는 사례들이었으나, 이 건은 매매대금이 확정된 후매매대금을 정산하면서주권의 명의개서와 경영권을 이전하였으므로 사실관계가 위 선결정례 등과 전혀 다르다.

따라서, 쟁점주식의 매매대금 청산, 명의개서 및 사용수익은 확정매매대금 수령일인 2012.12.27. 이후 이루어졌으므로 2011사업연도를쟁점주식 처분이익의 귀속시기로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「법인세법」상 상품 등 외의 자산의 양도시기는대금청산일·이전등기일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 하는 것이고, 이 때‘대금청산일’이란 일반적으로 매매목적물의 반대급부가 완전히 지급된시점을 말하는 것이나, 이 건과 같이 사후정산조건부 매매의 경우대금지급당시 확정할 수 없는 사안을 고려하여 단순히 사후정산의무만매매당사자가 가지는 것으로 그 정산조건의 이행여부가 매매목적물의 이전의사에 앞선다고 볼 수는 없으며,「법인세법 기본통칙」40-71…13, 세법해석례 등에서잠정매매가액으로 매매대금을 지급하고사후 정산하는 경우 그 잠정매매대금을 청산한날, 주식을 인도한날, 또는 명의개서일 중 빠른 날이 속하는 사업연도를귀속시기로 보는 것으로동일하게 해석하고 있는데, 이러한 해석은 잠정매매대금으로 매매목적물의 가치에 상응하는 금전을 수취하였음에도소액의정산차액을 이유로 대금지급이 청산되지 않았다고 하여 임의로손익의 귀속시기를 조작하는 행위를 차단하여 회계처리 및 세법집행의안전성을 도모하기 위한 것이다.

쟁점회사 주식 매각에 참여한 OOO의OOO자료에 의하면, 잠정매매대금이현 실시협약을 기준으로 산정한 것임을 알 수 있고, 쟁점주식의 잠정매매대금 OOO 대비 확정매매대금이 OOO으로 비율이85.4%수준이어서 그 차이가 작으며, 잠정매매대금이 확정매매대금보다많아2011년 당시 매매대금을 덜 수령한 것이 아니라 매매대금을반환하였으므로잠정매매대금은 입찰안내서·인수가격계제안서 등에표기된계약금의 성격이 아니라 총 매매대금으로 보아야 할 것이고, 매매계약서에 잠정매매대금에 대하여 ‘매매대금’이라고 표현하고 있을 뿐 아니라 각 당사자의 하자로 인하여 계약이 취소되는 경우 잠정매매대금에 대하여 위약금을 지불하게 되어 있어 계약사항 이행 즉소유권이전노력에 대한 구속력이 있으며, 잠정매매대금이 2011년 12월전액 수수되었으므로 대금청산이 완료된 것으로 보아야 하고, 사후 정산을 통한 매매대금 확정과 정산차액은 2012사업연도 손금으로 산입하여야 할 것이다.

(2) 「법인세법」상 손익귀속시기와 「증권거래세법」의 양도시기는 조건부 거래의 경우에도 대금청산일·인도일·명의개서일 중 빠른 날로 하는 것이며, 매매계약에 대한 주무관청의 승인은 매매계약일 이전에 완료되었다고 보이므로 본 계약의 선결조건이라 볼 수 없다.민간투자사업 추진 일반지침 제26조에 의한 사전승인 요청은원칙적으로승인대상으로, 승인 제외사유도 매수인의 재무상태,신용도,관리능력 등 계약일 이전에 검토할 사항이지 계약일 이후 검토하여승인받을 사항에 해당하지 않고, 2010.12.24. OOO에 지분매각 및 매각이익의 처리에 대하여 사전보고가 있었으며, 청구의 원인이 된 쟁점회사의 주식 매매는 매도인OOO과 매수인인 주식회사 OOO 간에 매매계약이체결되었는데 매도인 중 OOO의 출자자가 OOO임을 감안할 때 OOO의 사전승인이 불분명한 상태에서 이 건 매매계약이 체결되었다고 볼 수 없으며, 이 건 계약시 통행료 등의 실시협약 결과에따른1주당 매매가격을 사전에 협의하여 ‘매매대금조정표’를 작성·합의하였고,결과가 조정표의 범위를 벗어나는 경우까지 가정하여합의기준을마련하였는바, 제2차 변경실시협약은 매매계약 성립의선결조건이아니라 단순히 영업권 재산정을 위한 정산조건으로 봄이타당하다하겠다.

(3) 잠정매매대금의 수령 외에도 매매계약서상 실질적인 주권이 매매계약일에 매수인에게 이전되었으므로 2011사업연도를 귀속시기로 보는 것이 타당하다.이 건 매매계약에 잠정매매대금 지급 이후 매도인은 주주총회,이사회 등에 대한 의결권을 사전에 매수법인의 합의를 구해 행사하도록되어 있어 매도인은 의결권 행사의 대리인에 불과하고, 신주발생·배당·감자와 같은 주주권이 매수인의 동의 없이는 모두 제한되었으며,단순히 매매 완결일까지의 운영권은 매도인이 가지고 있지만 손해배상의무는 물론 주요 경영결정 사항인 차입, 투자, 자산의 취득·처분, 신규고용 등은 매수인의 동의하에 가능하도록 명시해 놓았는바, 이는주주권의 명의이전 절차는 이행하지 않았지만 실질적인 운영권및주권이매수인에게 이전된 것으로 보이고, 이와 같이 실질적인 주권이매매계약일에 이전되었으므로 잠정매매대금의 수령을 대금청산일로 볼 것인지는 별론으로 하더라도 쟁점주식의 귀속시기는 2011년으로 보는 것이 타당하고, 청구법인이 쟁점회사의 운영권을 가지고 주권을 계속 행사하였다는 주장은 근거 없는 주장이며, 명의이전 행위절차가없었더라도 실질적인 주주권 행사가 가능한 상태라면 이는 사실상명의이전으로보아 계약시점을 양도시기로 보는 것이 실질과세의 원칙에부합한다는 취지의 선결정례가 다수 존재한다. 따라서, 실질적인주권이2011년에 매수인에게 이전되었다고 판단되어 잠정매매대금 수령일인2011사업연도를 귀속시기로 보아 경정한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식 처분이익의 익금귀속사업연도가 잠정 합의가액을 수취한때인지,거래가액이 확정되고 정산이 완료된 대금청산일인지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법제40조(손익의 귀속사업연도)

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도)

① 법 제40조 제1항 및제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)처분청과 청구법인이 제시한 심리자료 등에 의하면, 청구법인은2011년 5월 쟁점회사 발행 주식 6,923,491주(지분 22.47%)를 매각하고자입찰을 진행하였고, 2011.11.30. 낙찰자로 선정된 주식회사 OOO과 주식 매매계약을 체결하였으며, 2011.12.6. 주식회사 OOO으로부터 OOO을 수령하였고, 당시 OOO 주식회사, 주식회사 OOO, OOO 주식회사, OOO 주식회사,OOO 등 5개사들도 함께 쟁점회사 주식 매각절차를 진행하였다.또한, 쟁점회사는 2012.12.27. OOO와 2차 변경실시협약을체결하여OOO을 확정하였고,청구법인은 2012.12.27. 이 건 매매계약에서 정한 산식에OOO 통행료수입보장비율과 통행료 수준을 대입하여 확정된매매대금 OOO과 매매계약 체결 무렵 수령하였던금액의 차액을 매수인에게 반환(연 6%의 약정이자 포함)하여 정산을 완료하였으며, 2013.1.14. 쟁점주식의 명의개서를 완료한 것으로 확인된다.

(2) 쟁점주식 매각은 경쟁 입찰방식으로 이루어졌으며, 동 매각과 관련한 2011.5.17.자 입찰안내서에 의하면, 통행료 및 통행료 수입보장비율이 변화된다는 전제하에 인수가격을 제안하도록 하였고, 우선협상대상자는 입찰참가자 중 선정기준에 의거 가장 높은 평가를 받은 자로 선정되며 선정기준은 가격요소가 90%, 비가격요소가 10%인데, 계약금 비율이 높을수록 평점에서 유리할 수 있으며, 평점의 20%를계약금 수준으로 평가하고, 계약금은 매매체결일로부터 3영업일 이내에제안금액을 현금으로 납입해야 하고 잔금은 주식매매계약서상 최종매매대금에서 계약금을 공제한 잔금을 매매완결일에 일시납입해야 하며,매매완결일은 2012.12.30.이고, 매매완결이 2012.12.30. 이루어진다는 전제하에 매매대금을 산정하며, 이전에 이루어진 경우에도 동일한금액을 지급해야 한다고 기재된 것으로 나타난다.

(3)청구법인을 포함한 매도인들이 2011.11.30.주식회사OOO과체결한 쟁점회사 주식에 대한 매매계약의 주요 내용은 아래와같다.

(4) OOO와 쟁점회사 간에 2004.9.14. OOO이 체결된 후, 2010.7.30. 1차 변경실시협약, 2012.12.27.2차 변경실시협약을 체결하였고, 실시협약에는 총사업비·공사비·사업수익률·기준사용료·사용료 수입보장 및 환수기준 등이 규정되어 있다.

(5) 청구법인은2012.12.31.까지 매매거래가 이루어지지 않을 경우기 수령한잠정매매대금과 관련이자 반환이 예정되어 있고 이를 담보하기위하여OOO을 매수인에게 교부하였는데, 이와 관련된OOO주식회사OOO에 의하면,보험계약자는청구법인, 피보험자는 주식회사 OOO이고,보험기간은 2011.12.1.부터 2012.12.31.까지이며,보증내용은 ‘주식 매매대금 반환(이자포함) 및 정산대금 초과금 반환(이자포함) 지급보증’이고,보험료는 OOO인 것으로 기재되어 있다.

(6)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 입찰안내서에 통행료 및 통행료 수입 보장비율이 변화된다는 전제하에 인수가격을제안하도록 되어 있고 우선협상자는 입찰참가자 중 선정기준에 의거 가장 높은 평가를 받은 자로 선정되며 선정기준은 가격요소가 90%, 비가격요소가 10%이고 예상 매매완결일이 2012.12.30.인 것으로 나타나는 점, 계약금을 최대한 많이 지급하는 입찰자를 우선희망자로 선정하고, 매수인은 우선협상자로 선정되기 위해 예상 매매대금의 거의 전액을 계약금으로 지급하면서 입찰한 것으로 보이는 점, OOO 통행료수입 보장비율 및 통행료 수준이 결정되어야만 정확한 매매대금이 확정되고, 그 내용이 결정되기도 전에 대금청산이나쟁점주식의 소유권이 이전되었다고 볼 수 없는 점, 2012.12.31.까지 ‘변경실시협약’이 체결되지 않아 통행료 및 통행료수입보장비율이 확정되지 아니하고 매매거래가 이루어지지 않을경우기수령한 잠정매매대금과 관련이자 반환이 예정되어 있고 이를담보하기 위하여 OOO를 매수인에게 교부하였으며 이와 관련된 OOO발행비용이 OOO에 이르는 점, 민간투자사업 기본계획상OOO주무관청인 OOO의 동의를 요하는 사항이고 주무관청인OOO는 2012.12.27. 쟁점회사와 2차 변경실시협약을 체결하여 그 협약을 통해 비로소 주주변경에 동의한 것으로 보이는 점 등에 비추어 잠정매매대금 수령일인 2011.12.6.에쟁점주식이인도되었거나 사용수익되었다고 보기는 어렵다 할 것이고,매매대금이 정산된 2012.12.27.을 쟁점주식의 양도시기로 봄이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점주식 양도시점을 매매대금을 정산한 때인 2012.12.27.이 아니라 매매계약 체결 직후 OOO을 수령한 때인 2011.12.6.이라고 보아 청구법인에게 이 건 법인세 및 증권거래세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.