공익사업을 위하여 수용된 쟁점토지의 양도시기를 수용개시일이 아닌 소유권이전등기접수일로 보아야 한다는 청구주장의 당부

2010.2.18. 「소득세법 시행령」 제162조 제1항이 개정되면서 공익사업을 위한 토지 등을 수용하는 경우 지급하는 수용보상금에 대한 토지소유주들의 불복여부에 따라 양도시기가 달라지는 문제를 해소하기 위하여 수용개시일에 토지 등의 소유권이 양도되는 것으로 간주하도록 잔금청산일, 수용개시일, 소유권이전등기접수일 중 빠른 날을 양도시기로 보도록 개정되었고, 수용보상금에 대한 불복에 대하여는 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제7호 단서의 적용대상으로 규정되어 있지 않은 것으로 보인다. 이 건의 경우, 쟁점토지에 대한 보상금은 행정소송을 거쳐 증액된 것으로 나타나므로 쟁점토지의 대금을 청산한 날은 보상금이 확정된 행정소송의 판결확정일이라 하겠다. 따라서 쟁점토지는 수용개시일, 소유권이전등기접수일, 잔금청산일 중 빠른 날인 수용개시일을 양도시기로 보아야 하는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지의 양도일을 수용개시일로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. AㆍBㆍC(이하 모두 합하여 “청구인들”이라 한다)은 공동으로 소유하고 있던 부산광역시 OOO 토지 1,627㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가 부산광역시가 시행하는 ‘OOO 보상사업’에 편입되자, 중앙토지수용위원회에 수용재결 신청하였고, 중앙토지수용위원회는 2021.5.13. 2021.7.7.을 수용개시일로 하여 보상금을 OOO원으로 결정하였다.

나. 청구인들은 2021.6.23. 서울행정법원에 ‘수용재결처분 취소 등에 대한 소송’을 제기하였고, 서울행정법원은 2023.11.28. 보상금을 OOO원으로 판결하였다.

다. 한편, 청구인들은 2020.7.30. 부산광역시장을 피고로 하여 부산지방법원에 ‘도시계획시설사업 시행자 지정 및 실시계획인가 고시 무효 확인 소송’을 제기하였고, 이에 대하여 대법원은 2023.9.7. 원고(청구인들) 패소 판결을 하였다.

라. 청구인들은 2024.8.22. 쟁점토지의 수용개시일(2021.7.7.)을 쟁점토지의 양도시기로 하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 기한후신고ㆍ납부하였고, 2024.10.30. 처분청에 쟁점토지의 양도시기는 수용개시일(2021.7.7.)이 아닌 소유권이전등기접수일(2024.7.31.)이므로 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급해달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.1.16. 이를 거부하였다.

마. 청구인들은 이에 불복하여 2025.2.13. 각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

쟁점토지의 양도시기는 소유권이전등기접수일(2024.7.31.)이므로, 처분청의 경정청구 거부통지는 취소되어야 한다.

(1) 청구인들은 부산광역시장을 피고로 하여 부산지방법원에 ‘도시계획시설사업 시행자 지정 및 실시계획인가 고시 무효 확인 소송’을 제기하여 패소하였고(부산지방법원 2020.11.27. 선고 OOO 판결), 이에 부산고등법원에 항소하여 승소하였으나(부산고등법원 2022.5.27. 선고 OOO 판결), 대법원에서 패소하여 판결이 확정되었다(대법원 2023.9.7. 선고 OOO 판결).

(2) 또한, 청구인들은 부산광역시장과 중앙토지수용위원회를 피고로 하여 서울행정법원에 ‘수용재결처분 취소 등에 대한 소송’을 제기하였고, 서울행정법원은 2023.11.28. 청구인들의 주장을 일부 인정하여 쟁점토지의 보상금을 수용재결 보상금(OOO원)에서 OOO원을 증액된 OOO원으로 판결하였다(서울행정법원 2023.11.28. 선고 OOO 판결).

(3) 청구인들은 위에서 언급한 바와 같이 2020.7.30. ‘도시계획시설사업 시행자 지정 및 실시계획인가 고시 무효 확인 소송’을 제기하여 2022.5.27. 부산고등법원 항소심에서 승소 판결을 받았고, 2023.9.7. 대법원에서 패소 확정판결을 받았으므로, 소송이 한창 진행 중이던 2021.7.7.(수용개시일)을 쟁점토지의 양도시기로 보아 청구인들에게 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

(4) 이러한 억울하고 부당한 사례를 구제하기 위하여 ‘양도소득세 집행기준’(98-162-6)은 행정소송을 제기한 경우 수용자산의 양도시기는 수용재결에 따른 소유권이전등기접수일로 규정하고 있음에도 불구하고, 처분청은 수용개시일을 양도시기로 보아 청구인들의 경정청구를 거부하였다.

나. 처분청 의견

쟁점토지의 양도시기를 수용개시일(2021.7.7.)로 보아, 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 타당하다.

(1) 소득세법령에 따르면, 쟁점토지의 양도시기는 수용개시일로 보아야 한다.(가) 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제7호는 “「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날”을 양도시기로 한다고 명시하고 있다.(나) 기획재정부는 2010.2.18. 대통령령 제22034호로 「소득세법 시행령」을 일부 개정하면서, 제162조 제1항 제7호를 신설하여 공익사업 수용에 대한 양도시기를 보완하였고, 위 조항의 개정 취지는 보상금에 대한 불복 여부에 따라 양도시기가 달라지는 문제를 해소하기 위한 것이라고 밝히고 있다.(다) 따라서, 쟁점토지의 양도시기는 소유권이전등기접수일이 아닌 대금청산일, 수용개시일, 소유권이전등기접수일 중 가장 빠른 날인 수용개시일로 보아야 한다.

(2) 청구인들은 ‘양도소득세 집행기준’(98-162-6)을 청구주장의 근거로 제시하고 있으나, 이는 ‘양도소득세 집행기준’을 왜곡하여 해석한 것이다.(가) ‘양도소득세 집행기준’(98-162-6)은 동 집행기준을 처음 마련한 2010년부터 현재까지 문구 수정 없이 계속하여 존속해 온 것으로, 수용개시일에 대한 별도의 언급 없이, 행정소송 제기로 인하여 보상금 증액이 결정되더라도 그 이전에 소유권이전등기가 이루어진 경우 소송 결과에 따라 양도시기가 변경되지 않는다는 것을 나타내는 것이지, 행정소송이 제기되었을 경우 수용자산의 양도시기를 무조건 소유권이전등기접수일로 보라는 의미가 아니다.(나) 또한, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제45조 제1항도 “사업시행자는 수용의 개시일에 토지나 물건의 소유권을 취득하며, 그 토지나 물건에 대한 다른 권리는 이와 동시에 소멸한다”고 규정하고 있는바, 수용개시일에 소유권이 양도된 것으로 간주하고 있다.(다) 따라서, 쟁점토지의 양도는 ‘매매원인 무효의 소’ 경우와 같이 ‘수용재결처분 취소 등’에 대하여 법원에서 인용 판결되었을 경우, 기 신고ㆍ납부한 양도소득세에 대하여 경정청구를 제기하여야 할 사항으로 보이는바, 법원 판결이 날 때까지 그 결과를 기다려 양도시기가 결정된다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

공익사업을 위하여 수용된 쟁점토지의 양도시기를 수용개시일이 아닌 소유권이전등기접수일로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.(가) 청구인들은 쟁점토지의 수용개시일(2021.7.7.)을 쟁점토지의 양도시기로 하여 2024.8.22. 아래 ＜표1＞과 같이 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 기한후신고ㆍ납부한 것으로 나타난다.

＜표1＞

양도소득세 기한후신고ㆍ납부내역OOO(나) 쟁점토지 수용과 관련하여 진행된 소송 사건 등을 시간순으로 정리하면 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞

쟁점토지 수용 관련 소송사건 등 정리OOO(다) 중앙토지수용위원회는 2021.5.13. 쟁점토지의 손실보상금을 OOO원으로 하여 수용 개시한 것으로 확인된다.(라) 청구인들은 부산광역시장과 중앙토지수용위원회를 피고로 하여 서울행정법원에 수용재결처분 취소 등에 대한 소송을 제기하였고, 서울행정법원은 2023.11.28. 청구인들의 주장을 일부 인정하여 쟁점토지의 보상금을 수용재결 보상금(OOO원)에서 OOO원을 증액된 OOO원으로 판결한 것으로 확인된다.(마) 2010.2.18. 대통령령 제22034호로 「소득세법 시행령」이 일부 개정되면서 제162조 제1항 제7호가 신설되었는바, 개정 전후의 조문은 아래 ＜표3＞과 같고, 기획재정부 보도자료(2009년 세제개편 후속조치)에 따르면, 보상금에 대한 불복 여부에 따라 양도시기가 달라지는 문제를 해소하기 위하여 위 규정을 개정하였다고 설명하고 있다.

＜표3＞

개정 전후 조문 비교

개정 전

(2010.2.18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것)

개정 후

(2010.2.18. 대통령령 제22034호로 개정된 것)

제162조(양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1.∼

6. (생 략)

제162조(양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조에 따른 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우 외에는 해당 자산의 대금(해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1.∼

6. (생 략)

7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.2010.2.18. 「소득세법 시행령」 제162조 제1항이 개정되면서 공익사업을 위한 토지 등을 수용하는 경우 지급하는 수용보상금에 대한 토지소유주들의 불복여부에 따라 양도시기가 달라지는 문제를 해소하기 위하여 수용개시일에 토지 등의 소유권이 양도되는 것으로 간주하도록 잔금청산일, 수용개시일, 소유권이전등기접수일 중 빠른 날이 양도시기에 해당하도록 하되, 수용보상금에 대한 다툼에 대하여는 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제7호 단서의 적용대상으로 규정되어 있지 않은 것으로 보인다(조심 2022서8215, 2023.3.7., 같은 뜻임).그런데, 이 건의 경우 중앙토지수용위원회의 2021.5.13.자 수용재결에 따라 2021.7.7. 쟁점토지의 수용이 개시되었고, 2024.7.31. 관련 소유권이전등기 접수가 이루어졌으며, 쟁점토지에 대한 보상금은 행정소송을 거쳐 증액된 것으로 나타나므로, 쟁점토지의 대금을 청산한 날은 보상금이 확정된 행정소송의 판결확정일(2023.11.28.)로 보아야 할 것이다(조심 2021중6693, 2022.5.17., 같은 뜻임).그렇다면, 쟁점토지의 양도시기는 수용개시일, 소유권이전등기접수일, 잔금청산일 중 빠른 날인 수용개시일(2021.7.7.)로 보아야 할 것이므로, 처분청이 쟁점토지의 양도일을 수용개시일로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련 법령

(1) 소득세법제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(2) 소득세법 시행령제162조(양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

(3) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제45조(권리의 취득ㆍ소멸 및 제한)

① 사업시행자는 수용의 개시일에 토지나 물건의 소유권을 취득하며, 그 토지나 물건에 관한 다른 권리는 이와 동시에 소멸한다.